«…По возможности исключить воздействие авиации противника и поддержать наступление сухопутных войск на направлениях главных ударов, а именно: войска группы армий „Центр“ и войска левого фланга группы армии „Юг“, действующие на направлении главного удара.
На первом этапе операции ВВС должны сосредоточить все свои усилия на борьбе с авиацией противника и на непосредственной поддержке сухопутных войск».
Такая постановка задач привела к тому, что действовавший на прибалтийском направлении 1-й воздушный флот генерал-полковника А. Келлера был самым малочисленным. В его составе был только один I авиакорпус, предназначенный для поддержки действий 16-й и 18-й армий, а в особенности 4-й танковой группы. Он насчитывал 412 самолетов (из них 341 исправный). Всего же с учетом войсковой авиации в подчинении 1-го воздушного флота было 675 самолетов разных типов. Организационно I авиакорпус разделялся на 9 групп бомбардировщиков (примерно 270 самолетов), 3 2/3 групп истребителей (110 самолетов), 5 эскадрилий дальних разведчиков (50 самолетов), 1 группа транспортной авиации (30 самолетов). Соответственно армейская авиация была представлена 4 эскадрильями дальних разведчиков (40 самолетов), 11 эскадрильями ближних разведчиков (110 самолетов) и 3 связными эскадрильями (30 самолетов). Прохождение разграничительной линии групп армий «Центр» и «Север» по территории Прибалтийского особого военного округа привело к тому, что ВВС ПрибОВО также противостоял VIII авиакорпус 2-го воздушного флота (подчиненного группе армий «Центр»). Это прибавляло к силам 1-го воздушного флота еще около 560 боевых самолетов, существенно менявших баланс сил сторон в воздухе.
К началу нападения Германии на Советский Союз военно-воздушные силы Прибалтийского особого военного округа состояли из пяти смешанных авиационных дивизий — 4-я комбрига А. Н. Соколова (195 исправных самолетов), 6-й полковника И. Л. Федорова (208 самолетов), 7-й полковника П. М. Петрова (199 самолетов), 8-й полковника В. А. Гущина (150 самолетов) и 57-й полковника К. А. Катичева (242 самолета). Таким образом, всего в составе пяти авиадивизий было 877 самолетов (529 истребителей, 288 бомбардировщиков, 60 штурмовиков). Приведена численность боеготовых самолетов. Общее число боевых машин, разумеется, было больше. В частности, общая численность авиапарка соединения полковника Гущина составляла 316 самолетов. Всего в составе ПрибОВО насчитывалось около 1200 самолетов.
Прибалтийский военный округ не был приоритетным направлением в советских военных планах, и поэтому в очереди на получение новой техники он занимал не первое и даже не второе место. Наиболее распространенными типами самолетов в авиасоединениях округа были бомбардировщики СБ (439 единиц) и истребители И-153 (364 единицы). Заметим, что наиболее многочисленным типом истребителя был даже не И-16, а биплан И-153. Из общего ряда выбивались только 15-й и 31-й истребительные авиаполки 8-й авиадивизии, успевшие получить новейшие МиГ-1 и МиГ-3. 31-му истребительному авиаполку в какой-то мере даже повезло: ему были отправлены 31 МиГ 25 января 1941 г., а поставка новых истребителей завершилась 19 февраля 1941 г. Соответственно при наличии на 22 июня 31 МиГ-1 и 32 МиГ-3 на них были подготовлены 58 летчиков включая командира полка майора П. А. Путивко. То есть почти каждый самолет имел подготовленного пилота. Еще 20 летчиков полка были подготовлены к самостоятельным полетам на МиГах, но не успели до войны вылететь самостоятельно (они вступили в войну на И-16). Впрочем, получение МиГов первых серий также заставило летчиков полной ложкой хлебнуть все «детские болезни» новых самолетов.
Еще одним слабым местом ВВС ПрибОВО была аэродромная сеть. В отчете о боевой деятельности ВВС Северо-Западного фронта, написанном летом 1942 г., система базирования в июне 1941 г. была охарактеризована следующим образом: «К началу военных действий военно-воздушные силы Прибалтийского особого военного округа имели до 70 аэродромов, из которых было постоянных — 21, оперативных — 49. На 23 аэродромах строились бетонные взлетно-посадочные полосы, но к началу военных действий ни на одном аэродроме работы закончены небыли. Часть оперативных аэродромов только перед войной была сдана строительными батальонами в эксплуатацию и представляла собой голое поле с рядом временных построек полевого типа».
Первый удар по аэродромам Прибалтики последовал еще до начала артиллерийской подготовки. Тяжелые истребители Bf-110 из 5-го эскадрильи ZG-26 уже в 2:50 пересекли границу и через 5 мин сбросили бомбы на аэродром Алитус. Эта атака не дала особого эффекта: на аэродроме Алитус базировались лишь несколько истребителей 15-го и 31-го полков 8-й смешанной авиадивизии При-6ОВО.