В январе 1941 г. кривая непрерывного карьерного роста Мерецкова сделала первый, пока еще вполне обратимый, изгиб. Сталин назначает на пост начальника Генштаба «восходящую звезду» советского генералитета, героя Халхин-Гола Г.К. Жукова. Отставка Мерецкова была более чем почетной. Он сохранил звание генерала армии и получил назначение на должность заместителя наркома обороны СССР по боевой подготовке войск. Накануне большой войны это был важнейший пост, назначение на который опять же свидетельствовало о полном доверии к Мерецкову со стороны Сталина и его ближайшего окружения, включая самого наркома обороны Тимошенко.
21 июня 1941 г. решением Политбюро ЦК (т.е. фактически — решением Сталина) Мерецков назначается полномочным представителем высшего командования Красной Армии на Северном фронте и немедленно уезжает к месту новой службы в Ленинград. 23 июня 1941 г., на второй день войны, создается Ставка Главнокомандования. При Ставке был образован институт «постоянных советников Ставки». Мерецков вошел в их число, наряду с такими доверенными людьми Сталина, как Молотов, Берия, Шапошников, Жданов, Кулик, Маленков, Мехлис…
Падение Мерецкова с вершин власти в слепящую тьму лубянских подвалов было молниеносным и ошеломляющим. 23 июня его отзывают из Ленинграда в Москву и через несколько дней (точная дата ареста неизвестна) передают в руки палачей НКГБ. Единственное, что можно сказать со всей определенностью, — это только то, что арест заместителя наркома обороны не мог произойти без прямой санкции самого «Хозяина». Никакие «бериевские сатрапы» такие вопросы самостоятельно не решали (не говоря уже о том, что в указанный период времени товарищ Берия прямого отношения к руководству НКГБ не имел). В начале сентября 1941 г. Мерецкова освобождают и прямо из тюремной камеры, снова в должности представителя Ставки, отправляют на Карельский фронт. Вскоре его назначают командующим 7-й армией, затем — Волховским и Карельским фронтами.
Здоровье и силы Мерецкова были безвозвратно подорваны. По распространенной исторической легенде. Сталин даже разрешал изувеченному пытками генералу докладывать сидя. Хрущев в своих мемуарах пишет:
Вокруг истории неожиданного ареста и еще более удивительного освобождения К.А. Мерецкова выросло много всяких легенд. В частности, приходится нередко читать о том, что «арест Мерецкова был предрешен задолго до июня 41-го». В качестве доказательства этого тезиса приводятся слухи о том, что к моменту ареста «следователи» уже накопили показания 40 человек о «вредительской деятельности» Мерецкова. Подобная «логика» основана, увы, на элементарном непонимании механизма функционирования сталинской диктатуры. На каждого без исключения
высшего военного или партийного сановника непрерывно копился компромат. Эта система была отлажена и поставлена на «поточное производство». Причем, по установленному в конце 30-х годов порядку, «особисты» регулярно докладывали высшим командирам Красной Армии «компромат», накопленный на их подчиненных. Разоблачительные «показания» 40 или 140 осведомителей, хранящиеся в секретном сейфе, были таким же неотъемлемым атрибутом образа жизни высшей сталинской номенклатуры, как и черный служебный автомобиль (марка которого строго ранжировалась в зависимости от занимаемого поста), госдача с инвентарными номерами на столах и диванах, закрытая для простых смертных поликлиника…