Последний раз Балаклавскому батальону довелось участвовать в боевых действиях во время Восточной войны. Правда, ее начало оказалось для двух рот, находившихся под командованием капитана Васильева в Новороссийске, крайне неудачным. В марте — апреле 1853 г. одна рота участвовала в экспедиции против восставших шапсугов, натухайцев и убыхов. Но в связи с невозможностью удержать слабые укрепления Черноморской береговой линии от совместной атаки горцев и сильного флота союзников, весной 1854 г. все ее гарнизоны, в том числе и Новороссийск, пришлось эвакуировать. В связи с этим наказной атаман Войска Донского генерал М.Г. Хомутов, которому поручили оборону Азовского моря, решил перевезти две роты греков в Керчь, поскольку «многие жители г. Керчи из греков изъявили готовность участвовать в защите сего города и, соединяясь с Балаклавцами, могли бы составить сильный батальон
». Доставить роты из Новороссийска на своих судах бесплатно вызвались греческие шкиперы Николай Лазари и Константин Карвуни. 26 апреля 1854 г. обе роты в составе 8 обер-офицеров, 16 унтер-офицеров и 142 рядовых погрузились на два судна и утром 27 апреля отправились из Новороссийска. Но вскоре суда попали в штиль, а в наступившем к вечеру тумане сбились с курса. Утром 28 апреля туман рассеялся, и греки увидели прямо перед собой идущую от Анапы вражескую эскадру — 2 английских и 4 французских паровых фрегата. Ситуация оказалась безвыходной. Союзники взяли роты в плен, распределили солдат и офицеров по своим пароходам и 19 мая доставили в Константинополь. Во время плавания французы относились к пленникам гораздо лучше англичан, которых они не стеснялись ругать, и даже на прощанье напоили греков вином. В Константинополе балаклавцев посадили в турецкую казарму. Англичане кормили их очень плохо, но выручали местные греческие купцы, снабжавшие пленников провиантом и даже деньгами.Николай I узнал о потере двух рот лишь 17 мая 1854 г. и с досадой написал на рапорте: «Крайне жаль, тем более что не было в том никакой нужды».
Желая исправить эту случайную неудачу, император велел обменять греков на захваченную 30 апреля 1854 г. английскую команду пароходо-фрегата «Тигр», севшего на мель около Одессы. Переговоры прошли удачно, и утром 28 июня две роты Балаклавского батальона доставили в Одессу. Но генерал-адъютант Н.Н. Анненков, исполнявший должность Новороссийского и Бессарабского генерал-губернатора, не спешил отправлять их в Крым, «принимая во внимание дальнее расстояние от Одессы до Балаклавы», а также «во избежание потери времени и совершения обхода в самую знойную пору». Анненков считал, что осенью роты можно будет спокойно переправить в Крым морем. До этого времени они стали нести службу в Одессе вместе с резервными войсками[57].
Отставной унтер-офицер Балаклавского греческого пехотного батальона Георгий Иванович Бамбука. Фотография 1901 г. За храбрость в сражениях Крымской войны награжден Знаками отличия Военного Ордена Св. Георгия 2-й, 3-й и 4-й степени.
Между тем война пришла в саму Балаклаву. После высадки союзников 2–6 сентября 1854 г. под Евпаторией крымские татары подняли мятеж. Ввиду явной угрозы вражеского десанта командир Балаклавского батальона полковник М.А. Манто решил эвакуировать семьи греков в глубь полуострова. В Симферополь и Бахчисарай из Балаклавы отправились свыше 627 человек, для охраны которых пришлось выделить одну из двух находившихся в Крыму рот. В районе Байдарских ворот на греков из засады напали татары. Но солдаты батальона отбили их и довели беженцев до русских пикетов возле Ялты. Впоследствии император пожаловал семьям Балаклавского батальона, потерявшим из-за оккупации все имущество, 15 тысяч рублей.