Столь же нелегким оказался путь домой эскадры, покинувшей Бокко-ди-Каттаро, а также других судов, не успевших присоединиться к Сенявину (6 кораблей, 4 фрегата, 5 корветов, 3 брига, 1 катер). В связи с началом войны против Англии русские суда 28 декабря 1807 г. укрылись в гаванях Триеста, Венеции, Корфу, Тулона, где их блокировал английский флот. Почти два года пришлось провести здесь русским экипажам, в том числе двум ротам 2-го морского полка. В конце концов, 27 сентября 1809 г. по соглашению с французским правительством все суда были проданы Франции. Их команды собрались в Триесте, откуда в марте 1810 г. они отправились пешим порядком в Россию. 17 сентября 1810 г. в Кронштадт вернулась сборная команда 2-го морского полка из Венеции и Триеста под начальством полковника Марина: 8 офицеров, 12 унтер-офицеров, 5 музыкантов и 198 рядовых. 2 ноября 1810 г. дополнительно из Тулона пришла партия майора Маркова. В конце 1810 г. за границей оставалась еще солдатская команда на шлюпе «Шпицберген». Во время штормов в октябре 1807 г. он отстал от эскадры Сенявина и вынужден был укрыться в испанском порту Виго, а затем в заливе у местечка Портелла. Англичане не позволили «Шпицбергену» пройти в Лиссабон. Лишь через 5 лет, в июле 1812 г., шлюп продали с аукциона, а подпоручик Р.Р. Тареев с 22 рядовыми смог вернуться на английском транспорте в Россию.
Параллельно с этими событиями в дальних морях военные действия разворачивались и в непосредственной близости от Петербурга. Поскольку 2-й морской полк находился на кораблях Д.Н. Сенявина, для усиления обороны Кронштадта на Котлин перевели из Ревеля 3-й морской полк. Здесь его солдаты вместе с 1-м полком занимали караулы, состояли при орудиях, а также участвовали в строительстве новых укреплений. С началом кампании 1808 года 1-й морской полк оставили на берегу для обороны Кронштадта, а 3-й отправили на эскадру адмирала П.И. Ханыкова (9 кораблей, 7 фрегатов, 4 корвета, 6 шлюпов, 2 брига, 4 плавучие батареи).