В огне и дыму пожаров на улицах Анапы завязался беспорядочный бой. Турки и черкесы перемешались с гренадерами, мушкетерами и моряками. Все вокруг стреляли, кололи, рубили напропалую. Предчувствуя печальный конец, анапский паша вместе с приближенными кинул гарнизон, сел на судно и попытался скрыться морем. Но командир фрегата «Воин» капитан-лейтенант С.В. Подгаецкий оказался начеку и сразу же бросился в преследование. Не надеясь спастись, турки зажгли свое судно, а сами на гребных лодках вернулись к берегу. В это время в Анапу с ходу ворвался авангард дюка де Ришелье, усиливший общую неразбериху. Не видя друг друга в дыму, десант и пехота даже обменялись несколькими залпами. К счастью, недоразумение быстро выяснилось, а само побоище скоро прекратилось, так как большая часть гарнизона бежала или оказалась истреблена. После штурма в крепости нашли более сотни вражеских трупов. Интересно, что сухопутное начальство неодобрительно расценило самостоятельный захват Анапы десантом, как желание С.А. Пустошкина
Во время штурма Анапы прапорщик 4-го морского полка Макар Пелявский, 4 рядовых и 1 барабанщик погибли, 2 унтер-офицера и 10 рядовых были ранены. Десант захватил в крепости 86 медных и 12 чугунных пушек, а также множество припасов. Солдаты и моряки разрушили укрепления Анапы, засыпали колодцы, погрузили трофеи на корабли, а оставшееся имущество уничтожили. 12 мая 1807 г. эскадра С.А. Пустошкина триумфально вернулась в Севастополь. За храбрость и предприимчивость Александр I наградил капитан-лейтенантов Ф.М. Маслова и С.В. Подгаецкого, мичманов И.П. Неверовского и Ф.А. Юрьева орденом Св. Георгия 4-го класса. 6 офицеров 4-го морского полка так же получили боевые ордена, а шеф полка генерал-майор И.П. Говоров — орден Св. Анны 1-й степени. Мушкетеры Власов, Фадеев, Семенов и каптенармус Кусков, сопровождавшие мичмана И.П. Неверовского при поднятии кайзер-флага, заслужили Знаки отличия Военного ордена Св. Георгия.
25 июня (7 июля) 1807 г. после тяжелого поражения русской армии при Фридланде Александру I пришлось заключить с Наполеоном невыгодный Тильзитский мирный договор. По его условиям Россия при посредничестве Франции начала мирные переговоры с Турцией. Боевые действия временно прекратились. 12 августа 1807 г. в Слободзее уполномоченные России и Турции подписали перемирие. Хотя император, недовольный выработанными условиями, отказался ратифицировать перемирие, считая его недействительным, обе стороны продолжали воздерживаться от боевых операций. Только 21 марта 1809 г. Александр I объявил о возобновлении военных действий. Но Черноморский флот в основном сосредоточился на охране Крыма, лишь изредка совершая набеги вдоль турецкого побережья. Так, вечером 1 октября 1809 г. фрегат «Лилия», крейсировавший возле крепости Варна, спустил два катера, которые атаковали три небольших турецких судна и захватили одно из них. Утром 2 октября фрегат таким же образом перехватил еще одно судно с командой турок, посланной из Константинополя на усиление гарнизона Варны. В плен сдались 2 офицера и 85 турецких солдат с 2 знаменами. В этом смелом набеге отличились поручик 4-го морского полка И.К. Сибилев, подпоручик И.Ф. Тебенков и 16 солдат.
Следующая кампания 1810 года стала самой славной и одновременно самой неудачной для 4-го морского полка. Сначала решено было покончить с приверженным Турции абхазским князем Аслан-беем (см. стр. 321). Турки помогли ему превратить прибрежный городок Сухум-Кале в сильную крепость, прислали небольшой гарнизон, а также два корабля и несколько судов, планируя перевезти часть горцев в Батум. 19 июня 1810 г. для покорения Сухум-Кале из Севастополя вышел отряд судов капитан-лейтенанта П.А. де Додта: 66-пушечный корабль «Варахаил», 32-пушечный фрегат «Воин», требака «Константин» и 2 канонерские лодки. На их борту разместился батальон Шевандина (1-й мушкетерский) и часть артиллерийской команды 4-го морского полка — всего 872 человека и 2 пушки.
При слабом ветре и штилях отряд лишь вечером 7 июля подошел к Сухум-Кале. Отсутствие ветра не позволило войти в залив, и отряду пришлось держаться в море. Только вечером 9 июля, буксируя суда гребными баркасами, де Додту удалось подвести их к крепости на расстояние пушечного выстрела. Морские артиллеристы сразу же открыли огонь. В результате интенсивной бомбардировки они подбили многие крепостные пушки, а бастионные амбразуры разрушили.