В апреле 1804 г. морским полкам пожаловали знамена образца 1803 года, по два на каждый батальон. Одно из 6 знамен, имевшее белое квадратное полотнище (142х142 см), считалось полковым и находилось в гренадерском батальоне. Остальные 5 знамен являлись батальонными «цветными». Их полотнище было сшито из синего креста и белых углов. В середину креста вшивался круг из оранжевого шелка в окружении золотых ветвей с лентами и короной. На круге краской был изображен черный двуглавый орел с золотыми коронами, клювами и молниями в лапах. В синих углах помещались золотые вензеля Александра I с ветвями и короной. На черном древке длиной 331 см крепилось латунное навершие в виде плоского ажурного копья с двуглавым орлом внутри. К навершию привязывались две серебряные кисти на тканой серебряной тесьме. В отличие от полевых частей, морские полки не всегда брали свои знамена в боевые походы. Так, в 1809 году во время русско-шведской войны инспектор морских полков генерал-майор П.С. Ширков сообщил полкам, что «
После неудачных кампаний 1805 г. и 1806–1807 гг. началась очередная реформа обмундирования. В марте 1807 г. в морских полках по примеру армейской пехоты изменили прическу солдат. Волосы теперь стали стричь под гребенку, но пудрить их прекратили только через два года.
В 1807 году в гренадерских батальонах морских полков конические шапки заменили суконными цилиндрами, как у мушкетеров, но с густым черным султаном и латунной гранаткой над козырьком. У унтер-офицеров султаны имели белую верхушку с желтой продольной полосой, а барабанщикам и флейтщикам гренадерских батальонов султаны полагались красные. «Потеряв» свои конические шапки, гренадеры старались как можно быстрее получить новые отличия. Не дожидаясь изготовления казенных султанов, они начали сами плести их, обрезая хвосты у обозных лошадей. В связи с этим шеф 3-го морского полка генерал- майор Д.П. Неверовский категорически потребовал
В 1808 году для морских солдат утвердили новые образцы некоторых вещей, которые поступили в полки в январе 1809 г. Вместо суконных панталон, заправленных в сапоги, были введены длинные панталоны с кожаными крагами (