Новым командиром школы стал оберфюрер СС Кассиус Фрайхер фон Монтиньи (на должности до 8 ноября 1940 г.). Фон Монтиньи был человеком интереснейшей судьбы, сделавший сколь успешную, столь и оригинальную карьеру. В годы Первой мировой войны он служил в подводном флоте кайзермарине, командовал несколькими подводными лодками и заслужил Железные кресты II и I классов. После войны он служил в полиции и дослужился до звания полковника (оберста). В 1934 г. Монтиньи вступил в вермахт, где в 1935–1937 гг. служил на должности командира полка. 20 апреля 1937 г. его уволили из армии, после чего Пауль Хауссер привлек его для подготовки офицерских кадров СС. Как и многим другим, Монтиньи импонировала царящая в СС строгая дисциплина. До войны Монтиньи преподавал тактику в юнкерской школе СС в Брауншвейге, затем вступил в дивизию СС «Тотенкопф». Важно помнить, что Монтиньи, наравне с Феликсом Штайнером, принимал участие в разработке учебных программ для войск СС, так что его с полным правом можно назвать одним из «отцов» элитных частей усиления СС[119]. После тяжелой болезни он был вынужден оставить активную военную службу и был назначен командиром юнкерской школы СС в Бад-Тёльце. По одним данным, это случилось 27 мая 1940 г.[120], по другим — 1 сентября 1940 г.[121]. 8 ноября 1940 г. фон Монтиньи скончался от инфаркта.
Его преемником с 1 декабря 1940 г. стал штандартенфюрер СС Вернер Дорффлер-Шубанд. На этом посту он оставался до 10 августа 1942 г. Ветеран Первой мировой войны, Дорффлер-Шубанд вступил в СС 29 мая 1933 г. С 9 ноября 1934 г. по 1 декабря 1937 г. служил в Бад-Тёльце преподавателем тактики. Затем перешел в части усиления СС, с 1 апреля 1938 г. командовал I батальоном полка СС «Германия», с 1 мая 1939 г. — возглавил II батальон этого же полка. С этой должности Дорффлер-Шубанд и пришел командовать в Бад-Тёльце. С 25 августа 1942 г. он возглавил 8-й пехотный полк СС.
С 10 августа 1942 г. во главе школы встал бригадефюрер СС Лотар Дебес. Это был заслуженный ветеран Первой мировой войны и один из самых квалифицированных офицеров в войсках СС, показавший способности на службе и в тылу и на фронте. Ранее, с 1 января 1940 г. и до 1 января 1942 г., Дебес командовал юнкерской школой СС в Брауншвейге, так что после назначения в Бад-Тёльце он стал единственным офицером СС, который за свою карьеру командовал обеими классическими эсэсовскими офицерскими школами. Будучи еще командиром в Бад-Тёльце с 6 по 25 января 1943 г. он окончил курсы командиров дивизий в армейской танковой школе в Вюнсдорфе[122]. Это означало, что для Дебеса готовят новую командную должность и что в Бад-Тёльце он надолго не останется. Так и случилось: 15 февраля 1943 г.[123] (по другим данным — 26 января 1943 г.1, но это маловероятно), Дебес был переведен на должность командира только что начавшей формирование 10-й дивизии СС (будущей «Фрундсберг»).
В Бад-Тёльце Дебеса сменил бригадефюрер СС Готфрид Клингеманн, участник Первой мировой войны, капитан (гауптманн) кайзеровской армии и майор рейхсвера. До Бад-Тёльца Клингеманн командовал 2-й пехотной бригадой СС, 23 февраля 1943 г. за отличия на этом посту он был награжден Германским крестом в золоте. В Бад-Тёльце он оставался до 1 августа 1943 г., когда был переведен в Главное оперативное управление СС, начальником 2-й инспекции (пехота) в управленческой группе «Ц».
После этого во главе школы снова встал бригадефюрер СС Вернер Дорффлер-Шубанд. За это время он успел повоевать на Восточном фронте в рядах боевой группы СС «Фегелейн». Школой он командовал до 15 марта 1944 г., после чего возглавил управление подготовки командных кадров (Amt XI), в рамках Управленческой группы «В» Главного оперативного управления СС. На этом посту он оставался до 20 февраля 1945 г., а затем возглавил управление II Управленческой группы «А» Главного управления кадров СС.
15 марта 1944 г. командиром юнкерской школы СС в Бад-Тёльце был назначен оберштурмбаннфюрер СС Фриц Клингенберг. Интересно, что он был выпускником первого учебного класса школы и по званию сильно не дотягивал до генеральского чина. Клингенберг стал одним из самых успешных командиров юнкерской школы. Именно его заслуга в том, что на пятом году войны удалось сохранить высокий уровень подготовки будущих офицеров. Его заслугой также было создание и введение в практику многочисленных учебных программ для иностранных добровольцев. Не случайно П. Хауссер отметил, что под руководством Клингенберга «европейский характер школы особенно усилился»[124].
21 декабря 1944 г. Клингенбергу присвоили звание штандартенфюрера СС, а 12 января 1945 г. он был назначен командиром дивизии СС «Гетц фон Берлихинген», но в должность вступил лишь 21 января 1945 г.[125] 22 марта 1945 г. Фриц Клингенберг погиб в бою.