До сих пор Фуше блестяще разыгрывал свои карты, но в 1794 году его старый друг Робеспьер призвал его в Париж, чтобы предъявить счет за деятельность в Лионе. Робеспьер был главной движущей силой террора. По его приказу сотни голов летели с плеч, и казалось, что Фуше, которому он более не доверял, ожидает подобная участь. В последующие месяцы происходила напряженная борьба: в то время как Робеспьер открыто выступил против Фуше, обвиняя его в опасных амбициях и требуя его ареста, хитроумный Фуше действовал не так прямолинейно, заручаясь поддержкой тех, кто начинал уставать от диктаторской власти Робеспьера.
Фуше знал, что чем дольше продержится, тем больше недовольных граждан сможет привлечь на свою сторону. Необходимо было получить широкую поддержку, прежде чем открыто выступать против влиятельного и могущественного вождя. Фуше находил эту поддержку и среди умеренных, и среди якобинцев, играя на общем растущем страхе перед Робеспьером, — каждый боялся стать следующим, кто попадет на гильотину. Все расчеты Фуше оправдались, когда наступило 27 июля: Конвент выступил против Робеспьера, выкриками не дав ему закончить обычную длинную речь. Его арестовали, и спустя несколько дней в корзину гильотины упала голова не Фуше, а Робеспьера.
Вернувшись в Конвент после смерти Робеспьера, Фуше повел себя совершенно непредсказуемо: от него, как главы заговора против Робеспьера, ожидали, что он займет место среди умеренных, но, ко всеобщему изумлению, он снова сменил окраску, примкнув к радикальным якобинцам. Возможно, впервые в жизни он присоединился к меньшинству. Он ясно чувствовал скорое наступление реакции и понимал, что умеренные, которые казнили Робеспьера и сейчас собирались захватить власть, вскоре развернут новый виток террора, на сей раз направленного против радикалов. Таким образом, консолидируясь с якобинцами, Фуше связывал свое имя с жертвами, мучениками, каковыми им предстояло стать в близком будущем, то есть с людьми, которых объявят неповинными в тех бедах, что сотворили они сами.
Занять место в группе проигрывающих было, разумеется, очень рискованным гамбитом. Однако Фуше наверняка рассчитал, что ему удастся, избегая опасностей, исподволь влиять на общественное мнение и, настроив публику против умеренных, увидеть их падение. Так и случилось. Хотя в декабре 1795 года было приказано арестовать и гильотинировать Фуше, время для этого было упущено. Казни становились крайне непопулярны в народе, и Фуше еще раз пережил колебание маятника.
Власть перешла к новому правительству, Директории. Это, однако, было правление не якобинцев, а умеренных — но более умеренных, чем те, которые в недавнем прошлом возобновили политику террора.
Фуше, как радикалу, удалось сохранить жизнь, но пришлось уйти в тень. Долгие годы он терпеливо вел неприметное существование, не привлекая к себе внимания и дожидаясь, пока время сотрет из памяти людей неприятные чувства, связанные с ним. Затем он сблизился с Директорией и предложил себя в новом качестве: его страсть, сообщил он, это сбор секретной информации. Он стал платным осведомителем на правительственной службе, великолепно справлялся с работой и в 1799 году был вознагражден назначением на пост министра полиции. Теперь он не просто обладал властью распространять слежку на каждый уголок Франции, но и обязан был делать это по долгу службы. Нечего и говорить, что это безмерно усилило природный талант Фуше — способность безошибочно определять, куда ветер дует. Поэтому он вовремя определил новую тенденцию в обществе, связанную с именем Наполеона — дерзкого молодого генерала, в котором сразу же разглядел будущее Франции. Когда Наполеон инспирировал государственный переворот 9 ноября 1799 года, Фуше притворился спящим. Он проспал целый день. За эту косвенную поддержку — ведь, в конце концов, в его должностные обязанности входило именно предотвращение военных переворотов — Наполеон оставил ему пост министра полиции при новом режиме.
В последующие годы Наполеон все более полагался на Фуше и доверял ему. Он даже присвоил бывшему революционеру титул герцога Отранто и одарил его немалым состоянием. Однако к 1808 году Фуше, всегда улавливавший ветер перемен, почувствовал, что Наполеон уже не на подъеме. Его война против Испании, страны, не представлявшей угрозы для Франции, была признаком потери чувства меры. Фуше, который никогда не оставался на тонущем корабле, вступил с Талейраном в заговор с целью свержения Наполеона. Хотя заговор и потерпел неудачу — Талейран был уволен, — Фуше оставили на посту, но держали на коротком поводке. Он стал первым сигналом растущего недовольства императором, который, казалось, терял власть. К 1814 году была проиграна масштабная война, и власть Наполеона рухнула.