Кроме того, Иван Иванович был крупным землевладельцем (он имел примерно 20 тысяч десятин земли). В его селах Мельники и Медведовка помимо стекольного и сахарного заводов функционировали паровая и водяная мельницы. В селах Новая Осота, Старая Осота, Яновка (Ивановка) у Фундуклея тоже были имения. На свои средства в Яновке он построил церковь, в Старой Осоте – еще один сахарный завод, немного позже неподалеку от имений – в Александровке – железнодорожную станцию. (8 октября 2005 года на здании железнодорожной станции Фундуклеевка в поселке городского типа Александровка открыта мемориальная доска, увековечивающая память И. И. Фундуклея.)
Далеко за пределами мест деятельности Ивана Ивановича распространилась слава о нем как о способном организаторе, прогрессивно мыслящем человеке, удачливом предпринимателе и щедром человеке. Неравнодушный к чужим деньгам киевский генерал-губернатор Дмитрий Гаврилович Бибиков тоже заинтересовался Фундуклеем, но только не его деловыми качествами, а кошельком и щедростью. Как только он проведал, что в Житомире появился чиновник-миллионер, то тут же начал хлопотать о его новом назначении и преуспел в этом. По высочайшему императорскому указу 12 апреля 1839 года статский советник Фундуклей занял почетное место киевского гражданского губернатора. Назначая этого кристально честного человека на столь важный пост, Николай I сказал: «Этому уж точно денег не надобно – своих девать некуда». И не ошибся: Фундуклей сам взяток не брал и другим не давал этого делать. Гражданский губернатор, вечно стеснительно сующий деньги нуждающимся, быстро заработал любовь своих подчиненных, которым выплачивал из своего кармана отдельное жалованье (до 12 тысяч рублей) лишь для того, чтобы те не соблазнялись взятками.
Неуклюже, словно стесняясь своих добрых поступков, и не для чужих глаз, Фундуклей, как мог, помогал своим землякам. Про неповторимую манеру гражданского губернатора тихонько совать в руки просителей крупные ассигнации один из его современников вспоминал так: «Он много делал добра, много помогал бедным, но как-то так, что это было незаметно. Бибиков давал три копейки с шумом, с эффектом, а Фундуклей, казалось, никому не давал, но я сам раз видел, как к нему подошла бедная благородная вдова, старушка, и показала ему требование уплатить 300 рублей долгу. Фундуклей, проходя мимо, сунул ей в руку 2000 рублей, и никто не заметил, кроме меня, а старушка приняла их без удивления, должно быть, не в первый раз». (Для справки: в то время годовое жалованье, например, горничной составляло 36 рублей в год.)
Подобных просителей у губернатора было множество, создавалось такое впечатление, что на его попечении находился чуть ли не весь город. А однажды он еще выкупил своего нерадивого подчиненного Попова, который «одолжил» из казны значительную сумму. «У Фундуклея в канцелярии, – пишет мемуарист, – заведовал полицейскою частью и паспортами весьма способный чиновник Попов. Это был крошечный человек, плешивый, с загнутым кверху носом, но умный и способный. Мы прозвали его Сократом. Этот Сократ начал строить большой каменный дом и уже подвел под него крышу. Вдруг оказывается, что у Сократа недостаток казенных денег 20 тысяч. Фундуклей, зная, что Попов не пьет, не играет, спросил: «Где деньги?» Сократ признался, что выстроил на них дом, надеясь выручить более и пополнить казну. Фундуклей признал его поступок только неосторожным, внес за Попова деньги, оставив его на службе, а дом взял себе».
После этого события жители Клева настроились на переезд губернатора из служебного помещения на Липках в более пристойные апартаменты, но не тут-то было. Ни дня не прожил Фундуклей в этом добротном доме (теперь угол Б. Хмельницкого и Пушкинской). Позже, служа Отечеству уже в Польше, он безвозмездно передал это здание для первой в Российской империи общедоступной женской гимназии, названной «за глаза» Фундуклеевской (впоследствии переименована в Киево-Подольскую), и выделял для ее нужд по 1200 рублей ежегодно. В Фундуклеевской гимназии учились поэтесса Анна Ахматова, оперная звезда Ксения Держинская, историк Наталья Полонская-Василенко (ее труды по истории Украины сейчас переизданы и очень популярны), просветитель и общественный деятель София Русова и многие другие.