Прошло совсем немного времени после несостоявшейся дуэли, и Кустурица вновь ошеломил публику: на международном фестивале в Белграде режиссер набросился с кулаками на лидера Нового Сербского Правого движения Небоша Пайкича. Сцена получилась довольно комичной и долго обсуждалась в прессе: Кустурица избивает политика, а жена Пайкича лупит режиссера дамской сумочкой по голове. Но нашего героя не тревожила скандальная репутация – он был самим собой и не считал кого-либо или что-либо вправе мешать ему в этом.
В 1995 году на экраны вышел очередной фильм знаменитого режиссера – «Подземелье», одна из самых известных работ мастера. В этой картине Кустурица обращается к очень близкой ему теме – теме войны в Югославии. Картина вызвала крайне негативную реакцию в его родной Боснии, режиссера обвиняли в политической некорректности и просербском настрое. Дело дошло до крайностей – его мать выгнали из сараевского дома режиссера, а сам дом был занят Фондом боснийских писателей, а позже и вовсе уничтожен. Нападки критиков, осуждавших режиссера за поддержку не тех сил, которые поддерживает весь остальной мир, не помешали «Подземелью» получить «Золотую пальмовую ветвь» в Каннах. Однако эмоциональный режиссер был не на шутку обижен таким отношением соотечественников к своей работе и объявил о своем уходе из кинематографа.
После «ухода из кинематографа» Эмир Кустурица переселился в дом в пригороде Парижа и начал сотрудничество с немецким телевидением, для которого делал проект о цыганской музыке, и много времени уделял собственной группе. Но разлука с кинематографом оказалась недолгой. В 1998 году вышел в свет один из самых известных, веселых и светлых фильмов режиссера – «Черная кошка, белый кот». Картина получила приз за режиссуру на Венецианском кинофестивале. Однако критики все не унимались. На этот раз они ставили в вину Кустурице то, что он снимает «пир во время чумы» и уходит в призрачный мир цыганского счастья, в то время как на его родной земле идет война. На самом деле режиссер именно этого и добивался. Он устал от политики и постоянной борьбы, он хотел создать утопию, хотя бы на экране воплотить счастье в чистом виде, и ему это вполне удалось. А цыгане, к которым у режиссера особое отношение, помогли создать Кустурице нужную атмосферу фильма: «Цыгане – совершенно особые люди. Они маргиналы. А я обожаю маргиналов, у них жизнь и сознание незамутненное, почти детское, они не участвуют в этой нашей запрограммированной жизни. Для цыган существуют только деньги, любовь, семья. И все. Ничего лишнего».
Следующий фильм знаменитого режиссера, вышедший на экраны в 2004 году, спустя шесть лет после «Черной кошки», как и большинство предыдущих картин, вновь стал сенсацией. Его съемки длились целых 14 месяцев. Кустурица так комментирует столь длительный процесс: «Некоторым писателям нужно 14 месяцев, чтобы написать роман, а мне – чтобы снять картину. Объяснить это мое неумение быстро делать кино мне трудно. Могу лишь сказать, что пользуюсь привилегией тщательно работать над фильмами. Это – огромное счастье». И действительно – позволить снимать каждую сцену по 15–20 дублей может далеко не каждый, даже самый знаменитый, режиссер. Кустурица старается сделать каждый кадр живым и совершенным: «…я хочу, чтобы каждый кадр был шедевром. А в фильме примерно 2000 кадров. Значит, мне нужно 2000 шедевров». Возможно, именно благодаря такому подходу картины Кустурицы буквально дышат жизнью, они наполнены мелочами, которые составляют целостную картину и дают ощущение полной реальности происходящего на экране. Ведь режиссер ради пяти минут совершенства на экране может снимать сутками один и тот же эпизод, за легкостью каждой сцены фильма стоит долгая и кропотливая работа.