Долгое время верил Мазепе и новый российский государь Петр I. И поначалу это доверие гетман вполне оправдывал. На Украине он развернул бурную деятельность в духе петровских реформ: отливал пушки, посылал молодых людей из шляхетских семей учиться за границу, открывал типографии, строил новые крепости, превратил Киево-Могилянскую коллегию в академию. В то время награды и титулы на Мазепу сыпались как из рога изобилия: в 1700 г. Петр I сделал его вторым кавалером ордена Андрея Первозваного; король Польши Август II наградил орденом Белого Орла; а австрийский император Иосиф I присвоил титул князя Священной Римской империи. Благодаря безграничному доверию Петра I гетман обезопасил себя от такого смертельного оружия, как доносы, которые приходили на петровского любимца десятками. Его обвиняли в угнетении простых людей, казнокрадстве, взяточничестве и конечно же в прелюбодеянии. Что касается казнокрадства, то официальных расследований не проводилось, но то, что Мазепа был одним из крупнейших землевладельцев не только на Украине, но и в России, и золота имел предостаточно, факт широко известный.
С одним из таких доносов связана драматическая история, которая по накалу страстей не уступает нынешним латиноамериканским сериалам. А именно: история любви гетмана Мазепы к 16-летней Матрене Кочубей. Ее отец, генеральный судья Василий Кочубей был давним войсковым товарищем Мазепы, еще со времен гетманства Петра Дорошенко. Богатству Кочубея завидовали многие, но наибольшее восхищение вызывала его дочь Матрена, крестница Мазепы. Ее красоте Пушкин, не без романтической восторженности, посвятил в поэме «Полтава» такие строки:
Мазепе было уже за шестьдесят, когда он влюбился в Матрену, решив непременно на ней жениться. Он засыпал свою возлюбленную дорогими подарками и даже пытался сочинять ей поэмы. Но старый Кочубей и слышать не хотел о свадьбе. Не говоря уже о разнице в возрасте, имелась и другая, не менее веская причина, препятствовавшая этому союзу. Православная церковь строго запрещала браки между крестным отцом и его крестницей. А кроме того, репутация Мазепы как соблазнителя женщин никак не могла вдохновить Кочубея на подобный мезальянс. Так или иначе, но, получив от родителей Матрены категорический отказ, Мазепа не придумал ничего лучшего, как выкрасть крестницу (по другим сведениям, девушка сама убежала из дома к пленившему ее престарелому суженому). Друзья посоветовали убитому горем отцу обратиться за помощью к царю. На свою беду, Кочубей послушался их совета. Он написал донос Петру, где говорилось о тайных переговорах гетмана с польским королем Станиславом Лещинским и шведским королем Карлом XII. А кроме того, прилагалась жалоба на посягательства Мазепы на его дочь. Прочитав послание генерального судьи, Петр I, как обычно, предоставил возможность самому Мазепе разобраться с жалобщиком. После чего Кочубей был подвергнут суровым пыткам и 15 июля 1708 г. казнен под Белой Церковью.
После гибели Кочубея Мазепе пришлось отступиться от Матрены, но любить ее он не перестал. В доказательство этой любви сохранилось несколько писем, в которых престарелый ухажер на все лады превозносит красоту и добродетели Матрены, скорбно сетуя на силы, препятствующие воссоединению влюбленных. Вот один из образчиков чувственных излияний влюбленного гетмана: «Моя любимая Мотронька! Поклон мой отдаю Вашей милости, мое серденько, а при поклоне посылаю Вашей милости гостинец — книжечку и колечко бриллиантовое, прошу эту благодарность принять, а меня в любви своей непременно прятать. Даст Бог, на лучшее надеюсь, а затем целую уста коралловые, ручки беленькие и все членики тельца твоего беленького, моя возлюбленная». В таком же сентиментально-слащавом духе написаны все послания Мазепы к своей «любимой Мотроньке».
Из исторических хроник известно, что очаровательная панна Мотря, так и не вкусившая любовных прелестей неистового поклонника, в конце концов благополучно вышла замуж.