Террористическая деятельность ХАМАС была направлена не только против израильских военных и гражданских объектов, но и против мирного израильского населения и палестинцев, подозреваемых в симпатиях к правительству Израиля. Только в 1987 году организация признала за собой совершение 46 убийств палестинцев. При этом израильтяне утверждают, что список жертв больше, по крайней мере, в два раза.
В 1989 году Ясин был снова арестован и приговорен к пожизненному заключению за организацию похищения и убийства двух израильских солдат. Но, даже будучи в тюрьме, он продолжал поддерживать связь с руководством ХАМАС не только на Западном берегу Иордана и в секторе Газа, но и с филиалами в Иране и Судане. Связь осуществлялась через посетителей.
И если до ареста шейх Ясин уже был достаточно известен не только в секторе Газа, но и во всем мире, то находясь в тюрьме, в глазах его последователей и сочувствующих он постепенно превращался в великомученика. Теперь он стал самым популярным человеком в Палестине. Это не могло не беспокоить израильтян. Но убийство его было невозможным – это вызвало бы массовые беспорядки и новую волну террора в регионе. А выпустить Ясина на свободу они не решались.
Но в 1997 году, после восьми лет заключения в израильской тюрьме, узник был освобожден. Решающую роль в этом сыграл провал операции израильской разведки по ликвидации экстремиста Халеда Машааля. Агенты Моссада были захвачены палестинцами. Израильтянам пришлось обменять Ясина на своих людей.
Сразу же после освобождения в июле 1997 года Ахмеда Ясина депортировали в Иорданию. Оттуда он перебрался на территорию Временной палестинской автономии, а в начале марта следующего года выехал из страны. За четыре месяца он побывал в странах Персидского залива, Саудовской Аравии, Сирии, Судане и Иране. Целью посещения этих арабских государств было привлечение новых последователей ХАМАС и поиски новых путей финансирования. По некоторым сведениям, годовой бюджет ХАМАС составлял около 30 млн долларов, третья часть которых поступала из стран Западной Европы и Северной Америки.
Собрав за время своего турне около 300 млн долларов, шейх Ясин вернулся в сектор Газа. Это событие стало общенародным праздником, дом Ясина в Сабре стал местом паломничества десятков тысяч палестинцев. Засвидетельствовать свое почтение пришел даже председатель совета Палестинской автономии Ясир Арафат со своей супругой Сухой.
В это время возрастает напряжение в палестино-израильских отношениях и, как следствие, увеличивается волна террора. Только за 2000–2001 годы в терактах погибло более тысячи человек с обеих сторон. Власти Израиля начали кампанию по обезвреживанию движения ХАМАС. В октябре 2001 года перед зданием больницы в Наблусе израильскими агентами была взорвана машина с Айманом Халави – одним из лидеров движения исламского сопротивления, руководителем «Батальонов Изз ад-Дина аль-Кассама». В конце того же месяца ХАМАС объявил, что организацией налажено производство собственных ракет малой дальности «Кассам-1». Муса Абу Марзук, один из лидеров ХАМАС, заявил: «Израильтяне убивают людей и уничтожают палестинские дома при помощи танков. Было уничтожено семьдесят три дома, а люди не могли этому сопротивляться. Неужели оружие могут применять только израильтяне, но не палестинцы?». Теперь война принимала совсем другие масштабы.
В ноябре 2001 года ряды ХАМАС понесли еще несколько потерь. В собственном доме в Шиджайае израильскими силами безопасности был арестован Абед Раббо Абу Хусса, руководитель местного отделения террористической организации. Спустя несколько дней в результате обстрела израильской авиации погиб еще один из лидеров ХАМАС Махмуд Абу Хануд вместе с двумя своими заместителями. Собравшиеся на похороны палестинцы были настроены крайне враждебно по отношению к израильтянам, а ХАМАС объявил о мести. 28 ноября 22-летний боевик Усама Халас близ поселения Гош-Катиф бросил в израильский автобус несколько ручных гранат, а затем расстрелял его из автомата. Погиб один пассажир, трое были ранены. Затем последовало еще несколько терактов, жертвами которых стали около 30 человек. 2 декабря 2001 года израильские спецслужбы арестовали Сахера Сулеймана, готовившего в Тель-Авиве покушение на жизнь министра обороны страны Беньямина Бен-Элиэзера. Затем последовала волна арестов высокопоставленных лидеров и рядовых членов ХАМАС.
Ясир Арафат отдал приказ арестовать лидера ХАМАС шейха Ясина. 5 декабря 2001 года Ахмеда Ясина взяли под домашний арест. Его дом был окружен палестинскими полицейскими, а ему самому запретили любые контакты с внешним миром. Узнав об этом, несколько тысяч возмущенных последователей шейха во главе с вооруженными боевиками ХАМАС попытались вызволить его. Толпа забросала полицейских камнями, затем началась перестрелка. Но все-таки победу одержали люди Арафата, вооруженные автоматами.