14 июля 1789 года в Париже пала Бастилия, ее штурмом взяли горожане. Вслед за этим революционные настроения охватили всю Францию. В стране повсеместно формировались отряды Национальной гвардии; в королевской же армии дисциплина падала с каждым часом, началось массовое дезертирство солдат. Тем не менее Бернадот сохранил верность присяге; он даже сумел спасти своего командира полка, которого национальные гвардейцы собирались повесить на первом же фонаре. Интересно, что при этом сержант… поддерживал идеалы революции! Возможно, во многом им двигал трезвый расчет: ведь именно такая ситуация открывала перед ним широкие перспективы. Лозунг «Свобода, равенство и братство» он воспринял буквально. А для того чтобы убедить окружающих (а возможно, и самого себя) в своей преданности революционным идеалам, Жан Батист сделал себе татуировку «Смерть царям и тиранам». Комизм этой надписи он, похоже, вполне оценил спустя два десятка лет…
Первый офицерский чин сублейтенанта Бернадот получил весной 1792 года. Тогда же его перевели служить в 36-й пехотный полк, который квартировал в Бретани. После того как 20 апреля того же года началась война Франции с Австрией (позднее к ней присоединилась Пруссия), полк перебросили в Страсбург, в распоряжение командующего Рейнской армией. Следующие два года для Бернадота стали непрерывной чередой сражений. Вместе с тем беарнец, отличавшийся безупречной храбростью, выказывавший преданность революции и, к тому же, имевший профессиональный опыт и блестящие способности военного, начал быстро продвигаться вверх по карьерной лестнице: в середине лета 1793 года он получил чин капитана, в августе — полковника, а в апреле следующего года стал бригадным генералом. В битве при Флерюсе Жан Батист командовал дивизией. Впереди у него было участие в кампаниях на Майне и в Италии, которые принесли несостоявшемуся адвокату славу генерала, абсолютно нетерпимого к мародерству и недисциплинированности.
В 1797 году Бернадот познакомился с Наполеоном Бонапартом и даже завязал с будущим императором вполне дружеские отношения. Однако очень скоро отношения между военачальниками испортились: оба были довольно амбициозны и откровенно соперничали.
В январе — августе следующего года Жан Батист получил назначение в Вену в качестве официального посла Франции. После возвращения в Париж 17 августа он женился на той самой Дезире Клари, дочери своего марсельского квартирного хозяина, которая успела побывать невестой Наполеона. Старшая сестра Дезире, Жюли, была супругой брата Бонапарта, Жозефа.
Однако Жан Батист не мог долго наслаждаться относительно спокойной столичной жизнью. Воинский долг призвал его в действующую армию, и зиму 1798/99 года бравый генерал провел в Германии. Тогда же о Бернадоте заговорили как об одном из самых выдающихся генералов Французской республики. Поэтому никто не удивился, узнав, что с июля 1799 года беарнец стал новым военным министром страны. Но руководителей Директории (особенно одного из них — Эмманюэля Сьейеса) стали беспокоить якобинские связи Бернадота и его огромная популярность как среди военных, так и среди гражданского населения. Поэтому в сентябре 1799 года Жана Батиста спешно отправили, от греха подальше, в отставку.
Бывший министр очень быстро отплатил злопыхателям. В перевороте Восемнадцатого брюмера он, хоть и не поддержал Наполеона, отказался даже пальцем шевельнуть для того, чтобы спасти Директорию. В итоге в 1800–1802 годах генерал занимал пост государственного советника и командующего войсками Западной Франции. В этом качестве Бернадоту пришлось заниматься подавлением восстания в Вандее (1800) и отбиваться от обвинений в причастности к Рейнскому заговору (распространению антинаполеоновских памфлетов).
В январе 1803 года Жан Батист снова был назначен послом — на этот раз он должен был отправиться в Соединенные Штаты Америки. Но поскольку Франция как раз вступила в войну с Англией, миссию решили отложить. Генерал почти год провел в Париже в бездействии. Нельзя сказать, чтобы это радовало столь активную личность. Когда же 18 мая 1804 года Бонапарт провозгласил себя императором, беарнец, взвесив все «за» и «против», выразил лояльность новому монарху. В благодарность Наполеон даровал Жану Батисту звание маршала Франции и уже в июне отправил его в качестве своего наместника в Ганновер. Там Бернадот впервые продемонстрировал свои возможности экономиста, политика и юриста, проведя ряд преобразований системы налогообложения.