До тех пор, пока члены многочисленного семейства Минамото находились в опале, они были единодушны в своей ненависти к соперникам. Но как только им стала сопутствовать удача, старые распри и соперничество усилились. Каждая из ветвей великой семьи стала претендовать на лидерство. Занявший Киото Ёсинака объявил себя военным лидером — сэий тайсёгуном, но Ёритомо направил в столицу армию во главе с братьями Ёсицунэ и Нориёри. Войска Ёсинака были разгромлены, а сам он убит. Затем настала очередь других Минамото, осмелившихся оспаривать статус предводителя. Ёритомо не желал видеть рядом с собой сильных соперников и использовал любую возможность, чтобы их уничтожить. Через полгода после смерти Ёсинака погиб глава ветви Кай Итидзё Тадаёри (он был обвинен в подготовке мятежа), затем пришла очередь лидера Минамото из Синано Иноуэ Мицумори. Был убит сын Ёсинака, женатый на дочери Ёритомо… Список жертв Ёритомо все увеличивался. Даже окончательная победа над Тайра (1185) не смягчила его сердца. Ёритомо объявил своим врагом Ёсицунэ — одного из своих самых преданных союзников — и конфисковал его владения.
О Ёсицунэ следует упомянуть особо. Хотя он и не стал сёгуном, но был одним из самых выдающихся представителей этой семьи, великим самураем, который прославился беспримерной храбростью и блестящим талантом полководца. Минамото-но Ёсицунэ (1159–1189) родился за год до того, как был убит его отец Минамото-но Ёсимото, знаменитый полководец и глава клана. Как и многие дети опальных аристократов, он был сослан в монастырь. По преданию, он провел там всю свою юность, изучая сутры и постигая воинское искусство, причем его учителями были мифические существа — тэнгу. Тем не менее монахом он так и не стал. Как только Ёритомо поднял восстание против Тайра, он сбежал из монастыря и примкнул к войскам. Благодаря своим исключительным способностям и решительности он неоднократно выигрывал сражения, даже в тех случаях, когда враг превосходил его численно во много раз. В немилость к Ёритомо он попал из-за навета своего подчиненного, Кадзихары Кагэтоки, который сумел убедить сёгуна в том, что Ёсицунэ собирается претендовать на его место. Несколько лет Ёсицунэ удавалось скрываться. Он пытался найти пристанище в разных городах, но в конце концов нашелся предатель, который указал преследователям дом беглеца. Когда дом был окружен подосланными Ёритомо самураями, Ёсицунэ покончил с собой. Вместе с ним покончила с собой и его жена, а их верный слуга Канэфуса, обливаясь слезами, убил детей Ёсицунэ, десятидневную девочку и пятилетнего мальчика. О Ёсицунэ впоследствии было написано и сыграно множество пьес для японского театра.
Ёритомо, избавившись от возможных соперников, приступил к созданию собственного правительства, независимого от органов власти императора. В 1192 году он создал правительство самураев, состоящее из самураев и правящее ради самураев. Разумеется, во главе этого правительства встал он сам. В том же году император даровал ему высший военный титул — сэий тайсёгун («великий воевода — каратель варваров»). В древней Японии так называлась одна из временных военных должностей главнокомандующего (тайсёгуна) армией государства. Сэйи тайсёгуном назначались некоторые полководцы, направленные императором для сражения с «варварами» (эмиси) — племенами айнов, в те времена заселявших северо-восток страны. Первым, кто получил это звание, был Отомо Отомаро, которому император Камму приказал идти в поход на эмиси в 794 году. После прихода к власти Минамото Япония почти на 700 лет получила новую форму государственности — сёгунат.
Основатель династии Минамото умер в 1199 году, не оставив после себя достойных преемников. Да и могло ли быть иначе — ведь лучшие из лучших представителей клана Минамото уничтожались по его приказу! Поэтому новым сёгуном стал его старший сын Ёрииэ (1182–1204), не обладавший ни талантами, ни волей отца. Гораздо более сильные противники быстро втянули его в безнадежную политическую борьбу. К тому же в 1203 году его постигла тяжелая болезнь, которая резко уменьшила его шансы на победу. А в 1105 году, в результате заговора своей матери — Ходзё Масако — Ёрииэ был убит.
Третьим сёгуном из династии Минамото стал Минамото-но Санэтомо (1192–1219). Он был человеком совершено другого склада, чем его предшественники. Минамото-но Санэтомо увлекался поэзией, писал стихи в классическом стиле вака, собирался в путешествие в Китай на парусном корабле и напоминал скорее придворного прежних времен, чем самурая. Невозможно без волнения читать написанные им строки: