В 1246 году Великим ханом был избран Гуюк — давний недруг Бату. Однако авторитет Бату как военного предводителя был так высок, что новый Великий хан был вынужден признать его своим соправителем в западных уделах. Однако на курултае, где был избран Гуюк, Бату не присутствовал. Чтобы показать, кто в доме хозяин, Гуюк в начале 1248 года потребовал от джехангира, чтобы тот прибыл к нему в Каракорум и выразил покорность новому владыке монголов. Наверное, дело кончилось бы войной, но, подобно Джучи, Гуюк как-то очень своевременно умер, возможно, от отравления. Вместо него Верховным правителем монголов был избран друг джехангира, Мункэ. Со временем отношения между двумя монгольскими лидерами обострились. Это было вызвано амбициями Бату, который не был склонен подчиняться кому бы то ни было. В свою очередь, Мункэ был недоволен слишком независимым характером правителя улуса Джучи. Однако оба не хотели распада Еке Монгол улуса, поэтому сдерживали свое недовольство. Но уже при внуке Бату, Менгу-Тимуре, Золотая Орда стала в 70-х годах XIII века полностью независимым государством.
Бату, носивший титул хана, был великим правителем. Недаром известный русский историк Л. Н. Гумилев сравнивал его с Карлом Великим, и не в пользу последнего. Ведь после смерти создателя империи франков его государство быстро распалось, а Золотая Орда на долгие годы пережила своего основателя.
Бату наследовал его старший сын Сартак. Он не был избран на курултае, а назначен наследником своим отцом Бату и впоследствии утвержден в должности правителя хаганом Мункэ. Однако на пути из Каракорума в Золотую Орду Сартак был отравлен. После него правили: Улагчи (1256–1258), младший брат Батыя Берке (1258–1266), потом внук джехангира, Менгу-Тимур (1267–1280) и др. Внук Менгу-Тимура Узбек (1312–1342) сумел добиться неограниченной личной власти, убивая своих соперников. Он же утвердил в улусе Джучи ислам в качестве государственной религии. Однако после смерти хана Узбека в государстве среди правящей элиты началась борьба за власть. Его внук Джанибек (1342–1357) был предательски убит. Когда-то единая и могучая держава постепенно приходила в упадок. Хан Тохтамыш сумел объединить Золотую Орду и в 1382 году возобновил набеги на Русь. Однако вскоре потерпел поражение от эмира Самарканда, завоевателя не менее знаменитого, чем Чингисхан — Тимура. Тот захватил столицу Золотой Орды Сарай и нанес Золотой Орде такой удар, от которого она уже не могла оправиться.
Кроме Бату и Орду у Джучи были и другие сыновья. По законам монголов они не могли наследовать отцу. Однако их потомки тоже получили свой кусок от необъятных владений старшего из Чингисидов.
Потомки младшего сына Джучи, Шейбани, с конца XV века правили в Западной Сибири. В Тюмени их власть сохранялась до 1598 года. Другая ветвь Шейбанидов осела в Мавераннахре (землях между Амударьей и Сырдарьей) и Хорезме. Здесь, по имени хана Узбека, их стали называть Узбекидами.
В 1359 году в Крыму обосновалась еще одна ветвь Джучидов. Вначале они подчинялись Тохтамышу, но постепенно обрели самостоятельность и создали одно из самых долговечных государств Чингисидов. Первым крымским ханом в XV веке стал Хаджи Гирей I (ум. в 1466 году). Родовым именем династии стало имя Гирей, произошедшее от искаженного наименования рода Кирей. Однако с 1475 года Гиреи попали в зависимость от турков-османов. При дворе турецкого султана постоянно находился кто-нибудь из семьи крымского хана в качестве заложника. А в 1783 году после присоединения полуострова к Российской империи Крымское ханство перестало существовать.
Второй сын Чингисхана, Джагатай (в 1242), получил земли Мавераннахра и Восточного Туркестана. Он слыл знатоком монгольского племенного права (ясы) и пользовался большим уважением соплеменников. Его потомки Джагатаиды со временем приняли ислам, но через какое-то время были изгнаны Тимуром из Мавераннахра. А те, кто получил в наследство Семиречье и бассейн реки Или, а также территории в бассейне реки Тарим на юг от Тянь-Шаня, долго оставались верны верованиям предков и правили до середины XVII века.