Косвенным подтверждением гибели Бормана стали сведения, сообщенные на допросе лидером движения гитлерюгенд Артуром Аксманом. Он утверждал, что бежал из рейхсканцелярии вместе с ним и еще несколькими приближенными фюрера — врачом Людвигом Штумпфеггером и пилотом Хансом Бауром. Неподалеку от моста Вайдендамм они попали под мощный огонь русских. Аксман, укрывшийся в воронке от снаряда, видел лежащего рядом с ним в яме Бормана. К утру все беглецы, посрывав с мундиров знаки различия и побросав оружие, двинулись на запад, вдоль железнодорожных путей. Но в районе Инвалиденштрассе они наткнулись на советских солдат, которые приняли их за дезертиров из фольксштурма, отнеслись к ним добродушно и даже угостили сигаретами. Однако Борман и Штурмпфеггер отнеслись к русским настороженно и при первой же возможности постарались сбежать в сторону берлинской университетской клиники Шарите. Вскоре за ними последовал и Аксман со своим адъютантом. Неподалеку от станции они обнаружили лежащие на дороге тела своих товарищей. Позднее, вспоминая этот день, Аксман рассказал: «Мы склонились на колени и узнали обоих, Мартина Бормана и доктора Штурмпфеггера. Ошибки быть не могло. Оба лежали на спине… Я обратился к Борману, дотронулся до него, стал тормошить. Он не дышал». Однако на Нюрнбергском процессе на эти показания Аксмана почему-то внимания не обратили. Как не приняли во внимание и сведения, полученные от личного шофера
Бормана, Эриха Клемке. Он сообщил, что видел рейхеляйтера в последний раз в ночь на 2 мая 1945 года и считает, что он вряд ли смог бы вырваться из горящего города. К тому же он видел, как к группе людей, в которой тот находился, подошло несколько советских танков и взяло ее «в клещи». На его глазах первая машина, у которой оказался Борман, была взорвана снарядом. Клемке не видел, погиб ли при этом рейхсляйтер, но считал, что при взрыве такой большой силы по-другому и быть не могло. Однако судей это не убедило: ведь свидетель мог и обманывать их, помогая Борману скрыться. Поэтому 1 октября 1946 года «наци № 2» был заочно вынесен смертный приговор.
В 1973 году семья преступника дала пробы ткани для проведения сравнительного анализа с ДНК останков. Но поскольку кости неизвестного, найденного на Инвалиденштрассе, пребывали в плачевном состоянии, выделить ДНК из клеточного ядра не удалось. Тогда ученые из Института судебной медицины при Мюнхенском университете решили выделить так называемые митохондральные ДНК. Получив исходный биологический материал из останков, они провели его сравнительный анализ с забором крови у родственников Бормана по материнской линии. Он показал их родство. На основании этого 11 апреля 1973 года правительство ФРГ объявило: скелет человека, обнаруженный в Западном Берлине в декабре 1972 года, принадлежал Мартину Борману. Родственники получили возможность произвести тайное захоронение останков заместителя Адольфа Гитлера, чтобы «не превращать могилу в место паломничества неонацистов», и не сообщили о том, будет ли Борман предан земле или его пепел развеют над Германией.
Но многие исследователи считают, что, скорее всего, в начале 1970-х годов ЦРУ, парагвайское правительство (именно в Парагвае умер «наци № 2» в 1959 г.) и западногерманская разведка заключили соглашение, по которому останки Бормана были эксгумированы и тайно доставлены в Берлин. Здесь их перезахоронили, а затем «случайно» обнаружили в нужном месте в 1972 году, чтобы убедить весь мир, будто они все 27 послевоенных лет пролежали в берлинской земле и что слухи о сотрудничестве Бормана с союзническими разведками абсолютно беспочвенны.
В Европе и в Латинской Америке более популярной оказалась версия о том, что заместитель фюрера остался жив. Считают, что Борман мог покинуть Берлин на одной из сверхсекретных подводных лодок и оказаться у берегов Латинской Америки. Тем более, что подобные задачи стояли в учебном плане немецких подводников. В 1973 году писатель и бывший спецагент Ладислав Фараго утверждал, что Борман живет в Аргентине и якобы является миллионером, хотя никаких «веских улик», доказывающих это, не приводил. Его якобы видели также в Бразилии и Чили, где он и умер от рака кишечника. Затем география местонахождения Бормана расширилась: по слухам, он был замечен в Испанском Марокко, итальянском Больцано, в Египте и даже в Австралии. Рассказывали также, что бывший рейсхляйтер после войны вел жизнь скромного егеря в чешском Хомутове. О том, что Борману якобы удалось спастись, заявил на допросе в 1960 году и один из организаторов массового истребления евреев в годы войны, нацистский преступник Адольф Эйхман. Вплоть до конца 1970-х годов в руках спецслужб разных стран оказывались похожие на Бормана субъекты. Спасало «двойников» то, что известны настоящие отпечатки пальцев нацистского преступника.