24 сентября (как это указано в документе Хилленкоттера) президент Трумэн издал специальное распоряжение по организации совершенно секретного исследования проблемы НЛО под наименованием «Мэджестик-12». Оно было возложено на группу, состоящую из двенадцати человек. Это были известные политические, военные и научные деятели США: первый директор созданного в 1947 г. ЦРУ Р. Хилленкоттер, председатель Национального комитета по оборонным исследованиям и один из руководителей Манхэттенского проекта доктор В. Буш, министр обороны Дж. Форрестол, начальник Управления материально-технического снабжения генерал-лейтенант
Н. Туайнинг, начальник штаба ВВС генерал X. Вандерберг, нейрофизиолог и биофизик доктор Д. Бронк, руководитель Национального совета по аэронавтике доктор Дж. Хайсейкер, бывший директор Центральной разведывательной группы (предшественницы ЦРУ) адмирал С. Сауэрс, специальный представитель президента Трумэна Г. Грей, астроном и астрофизик доктор Д. Мензел, руководитель секретного ракетного центра в Альбукерке генерал-майор Р. Монтегю и один из крупнейших специалистов по земному магнетизму и ионосфере геофизик доктор Л. Беркнер. Вследствие смерти министра Форрестола 22 мая 1949 г. его место в группе до 1 августа 1950 г. оставалось вакантным, а потом было замещено генералом Вальтером Б. Смитом. Таким образом, уже из самого состава этой группы видно, какую важную роль в исследовании НЛО в США с самого начала играло ЦРУ, которое контролировало все работы, проводимые в этой области.
Основными задачами проекта «Мажестик-12» были:
1. Обнаружение и вывоз всех найденных материалов иностранного или инопланетного происхождения для дальнейшего изучения.
2. Обнаружение и взятие под контроль всех существ инопланетного происхождения или их останков (группа доктора Буша ввела временный термин «Внеземное биологическое существо — ВБС» для обозначения этих существ, имея в виду его дальнейшее уточнение на последующих стадиях изучения).
3. Хранение и исследование всех материалов.
4. Создание специальных групп для проведения различных мероприятий.
5. Разработка и проведение секретных операций совместно с ЦРУ по доставке с территорий других государств в США технологического оборудования и существ внеземного происхождения.
6. Соблюдение секретности при выполнении вышеуказанных мероприятий.
Причиной особого режима секретности были опасения, что информация о НЛО вызовет нежелательный резонанс среди общественности.
(Впоследствии вокруг деятельности группы «Мажестик-12» ходило много слухов, даже самых фантастических. Есть и такие, которые приписывают ей роль чуть ли не тайного всеземного правительства, контролирующего всю мировую политику, а также сотрудничество с инопланетянами.)
В 1947 г. в подведомственном ВВС США Центре авиационно-технической разведки (АТ1С) была создана группа, занимавшаяся анализом сообщений о «летающих тарелках». Согласно сообщению на пресс-конференции в 1952 г. начальника разведки ВВС генерал-майора Джона Самфорда, «ВВС почитают непреложным долгом опознавать, изучать любую вещь, оказавшуюся в воздушном пространстве. <…> В силу этого обязательства еще в 1947 году мы создали проект „Сайн“, а затем как его продолжение другую, более представительную разветвленную организацию, изучившую около двух тысяч подобных донесений…». А в 1949 г. начал работу секретный проект «Градж». Памятуя о большом числе не получивших объяснения случаев наблюдения НЛО, унаследованных от проекта «Сайн», в «Градже» действовала негласная политика отрицания существования НЛО: все описываемые случаи объяснялись наблюдением известных науке атмосферных или астрономических явлений, а кроме того, галлюцинациями или иллюзиями. Детали в показаниях очевидцев, противоречившие таким выводам, игнорировались. Однако 23 % достоверных случаев все равно не удалось дать вразумительного объяснения.
В это же время, в декабре 1947 г., министр обороны США Форрестол дал указание ВВС организовать исследование НЛО, и эта работа под кодовым названием «Знак» была поручена группе офицеров научно-технического центра ВВС на авиабазе Райт-Паттерсон. Проект «Знак» преследовал две цели: во-первых, выяснить, представляет ли НЛО угрозу для США, во-вторых, рассмотреть возможности использования научных и технических данных, полученных в результате этих исследований. В июне 1948 г. эта группа представила начальнику штаба генералу Ванденбергу отчет (рассекреченный в 1985 г.) под названием «Оценка ситуации», в котором был сделан вывод о том, что НЛО не могут быть секретным оружием какой-либо страны и, по-видимому, имеют внеземное происхождение. Было собрано десятки надежных свидетельств, в том числе от военных. Многие из наблюдений были получены по официальным каналам: информация об объектах поступала в ВВС, ВМФ и армейские части, которые в 1948 году были дислоцированы по всему миру.