Часть придворных, намеревавшихся использовать новую веру во внутренней борьбе за власть, сочувствовала новому учению. Согласно более поздним данным, секта объединяла к концу XV века не менее полутора тысяч человек. Иван III сам временно «склонил слух» к ней. Еврейская энциклопедия предполагает, что Иван III «не выступал против ереси из политических соображений. С помощью Схарии он надеялся усилить свое влияние в Литве», а кроме того, хотел сохранить расположение влиятельных крымских евреев: «князя и владетеля Таманьского полуострова Захарии де Гвизольфи» и крымского еврея Хози Кокоса, близкого к хану Менгли-Ги-рею. Важен и тот факт, что невестка царя Ивана III Елена была на стороне еретиков. Ее поддерживали могущественные сановники, а Иван III торжественно провозгласил Дмитрия, сына Елены, наследником великокняжеского престола.
Кто знает, что могло бы случиться в русском государстве, если бы Дмитрий стал великим князем, а вокруг него сгруппировались люди, придерживавшиеся «ереси жидовствующих»? Об этом много писали и говорили в России. Это напугало в свое время и церковь, и правителей. Существует даже предположение, что резко отрицательное отношение к иудаизму и к евреям в Московской Руси, неизвестное там до начала XVI века, сложилось именно тогда, в период борьбы с «ересью жидовствующих».
Но торжество Елены и ее приверженцев было непродолжительным. Влиятельного дьяка Федора Курицына уже не было в живых. Иван III из-за семейных неурядиц охладел к своей невестке Елене, заключил ее с сыном в темницу и в 1502 году назначил наследником своего сына Василия. Вместе с этим пришел конец влиянию жидовствующих при дворе великого князя.
Первым из представителей православной церкви активную борьбу с жидовствующими начал в 1487 году новгородский архиепископ Геннадий (Гонзов), которому донесли, что еретики совершили надругательство над иконами («бросали иконы в нечистые места, некоторые святые лики кусали они зубами, как бешеные псы, некоторые разбивали»). По приказу Геннадия группа жидовствующих за чинимые святотатства была «бита кнутом», но высокопоставленные покровители еретического учения не допустили его полного осуждения. Геннадий, стремясь искоренить ересь, начал активное преследование еретиков. У арестованных были обнаружены тетради, по которым они «молились по-жидовски» (возможно, «Псалтырь Федора Жид овина», которая была, по существу, русским переводом ивритского текста еврейского молитвенника). Часть еретиков под пытками отреклась от ереси, часть бежала в Москву, где нашла покровительство великого князя. Геннадий прислал в Москву несомненные доказательства их ереси и продолжал розыск и обличение до тех пор, пока для анализа сложившегося положения не был собран в 1490 году церковный собор. За год до этого новым митрополитом Руси стал архимандрит Зосима, и Новгородский архиепископ Геннадий потребовал от него предать «ересь жидовствующих» проклятию, приведя в пример испанскую инквизицию. Геннадий призывал поступить с еретиками, подобно «гишпанскому» (испанскому) королю, очистившему «веру и землю свою» огнем инквизиции, не зная, что сам митрополит Зосима был уже тайно склонен к ереси (впоследствии митрополита Зосиму назвали «вторым Иудой»).
В октябре 1490 года святитель Геннадий направил антиеретическое послание к митрополиту, а затем — послание к Ростовскому, Суздальскому, Тверскому и Пермскому архиереям, убеждая их требовать безотлагательного созыва Собора и самого строгого суда над еретиками.
На соборе 1490 года «ересь жидовствующих» подверглась осуждению, а ее сторонники были названы «сущими прелестниками и отступниками веры Христовой». «Сии отступники злословят Христа и Богоматерь, плюют на кресты, называют иконы болванами, грызут оныя зубами, повергают в места нечистые, не верят ни Царству Небесному, ни воскресению мертвых и, безмолвствуя при усердных христианах, дерзостно развращают слабых». «Из [соборного] приговора видно, что жидовствующие не признавали Иисуса Христа Сыном Божиим… учили, что Мессия еще не явился… почитали ветхозаветную субботу „паче Воскресения Христова“».