Дьяк Иван Тимофеев, автор «Временника» (начало XVII века), так же считал Годунова виновником смерти царя Феодора и называл его рабом, отравившим своего господина. В «Истории Государства Российского» Карамзин приводит выписки из летописей: «Глаголют же неции, яко прият смерть государь царь от Борисова злохитоства, от смертоноснаго зелия». Действительно, «зелия» в останках царя Феодора обнаружено более чем достаточно для летального исхода: содержание мышьяка превышает норму в 10 раз.
Были отравлены (причем факт отравления не вызывает у исследователей сомнения) мать царя Иоанна Грозного, великая княгиня Елена Глинская, и первая, самая любимая жена царя — Анастасия Романовна.
Если принять во внимание, что были отравлены практически все близкие родственники царя, можно сделать однозначный вывод. Царь был прав — потомков Рюрика на русском престоле целенаправленно уничтожали. Некоторые жертвы отравлены ртутью, другие — мышьяком, а есть и такие, в чьих останках содержатся смертельные дозы как мышьяка, так и ртути. Если десятикратное превышение нормы по мышьяку в останках великой княгини Елены однозначно подтверждает отравление, то почему такое же превышение нормы в останках царя Феодора Иоанновича (при том, что и у первой, и у второго показания по ртути практически в норме) не является таким же неопровержимым свидетельством отравления?
Если учесть, что мышьяк действует быстро, при больших дозах — практически мгновенно, а ртуть ведет к постепенному отравлению организма, то из приведенных выше цифр можно сделать определенные выводы. Когда цареубийцам нечего было опасаться, они использовали мышьяк. Так было во время детства царя Иоанна. Его мать, великую княгиню Елену, отравили мышьяком, так как высокопоставленным преступникам никто уже не мог угрожать серьезным расследованием. Ее муж, великий князь Василий III, отец царя Иоанна, умер за пять лет до этого, а сам Иоанн Васильевич был слишком мал — в момент смерти матери ему исполнилось всего 8 лет.
С прискорбием надо признать, что никто из претендентов на трон — ни Шуйские, ни Романовы, ни тем более Годунов — не горел желанием выяснить причины смерти царя Феодора Иоанновича.
Совсем иначе обстояло дело с отравлением Ивана Грозного и его старшего сына. Здесь врагам приходилось действовать предельно осторожно, чтобы не навлечь на себя ни малейшего подозрения со стороны родственников, наследника престола и приближенных. И государя и царевича травили медленно, быть может, действительно на протяжении одного-двух десятилетий. Недаром царевич Иоанн был болезненным и задумался о смерти достаточно рано — в 16 лет. Владыка Иоанн (Снычев) пишет: «Еще в 1570 году болезненный и благочестивый царевич… пожаловал в Кирилло-Белозерский монастырь… вклад в 1000 рублей… он сопроводил вклад условием, что сможет, при желании, постричься в монастырь, а в случае его смерти его будут поминать».
Интересно отметить, что незадолго до этого, в 1569 году, был раскрыт серьезный заговор против царской семьи. Этот момент и
может служить точкой отсчета — ведь не известно, удалось или не удалось подсыпать яд. В этом же, 1569 году умирает вторая жена царя, Мария Темрюковна, и он считает, что ее отравили. Сам царь чувствует себя не слишком хорошо, а шестнадцатилетний царевич болеет и задумывается о смерти. Длительный, многолетний период «болезненности» — общего ухудшения состояния здоровья — в конце 1581 года завершился кризисом, продлившимся около двух недель, после чего царевич умер. Наличие в его организме дозы ртути, в 32 раза превышающей норму, едва ли оставляет сомнение в причине этой загадочной «болезненности».
Но царь мог только подозревать об истинных причинах гибели наследника престола. Заслуживает внимания то обстоятельство, что вскоре он отдалил от себя Бориса Годунова. Однако в следующем, 1582 году Антонио Поссеви заявляет венецианской сеньории о близкой смерти государя, а спустя полтора года царь Иоанн умирает. Причем так же, как и в случае со старшим сыном, смерти царя предшествует длительный период «болезненности», с характерным для отравления ртутью выпадением волос, проблемами опорнодвигательного аппарата, а на последнем этапе — дисфункцией почек и других внутренних органов. Но первопричиной смерти все равно остается огромное — в 32 с лишним раза — превышение нормы по ртути.
Не исключено и то, что раздраженные «живучестью» царя — он был высокого роста (около 1,8 м) и «обладал значительной физической силой» — отравители под конец решились действовать более нагло. Об этом свидетельствуют многочисленные известия современников. Был ли это дерзкий, вызвавший сердечный приступ ответ, или же Богдан Бельский бросил последнюю порцию яда в прописанное врачом для царя лекарство, как пишет Исаак Масса, но результат был один — царь умер.