Среди самых загадочных источников была и алхимия — деятельность, окутанная тайной, нацеленная на превращение неблагородных металлов в золото и серебро, а кроме того, на создание жизни в лаборатории, чем явно граничила с ересью. У Босха алхимия наделяется негативными, демоническими свойствами и атрибуты ее часто отождествляются с символами похоти: совокупление нередко изображается внутри стеклянной колбы или в воде — намек на алхимические транстмутации. Нет никаких сомнений в том, что Босх был сведущ в алхимической теории, по крайней мере, осведомлен об основных ее понятиях. Он осуждал идеи алхимиков, но знал их. Зубчатые башни, полые внутри деревья, пожары — это одновременно символы ада и смерти и намек на огонь алхимиков; герметичный же сосуд или плавильный горн — это еще и эмблемы черной магии и дьявола. Из всех грехов у похоти, пожалуй, больше всего символических обозначений, начиная с вишни и других «сладострастных» плодов: винограда, граната, клубники, яблока. Легко узнать сексуальные символы: мужские — это все заостренные предметы: рог, стрела, волынка, часто намекающая на противоестественный грех; женские — все, что вбирает в себя: круг, пузырь, раковина моллюска, кувшин (обозначающий также дьявола, который выпрыгивает из него во время шабаша), полумесяц (намекающий еще и на ислам, а значит, с точки зрения Босха, на ересь).
Присутствует тут и целый бестиарий «нечистых» животных, почерпнутый из Библии и средневековой символики: верблюд, заяц, свинья, лошадь, аист и множество других; нельзя не назвать также змею, хотя встречается она у Босха не так уж часто. Сова — вестница дьявола и одновременно символ мудрости. Жаба, в алхимии обозначающая серу, — это символ дьявола и смерти, как и все сухое: деревья, скелеты животных.
Другие часто встречающиеся символы: лестница, обозначающая путь к познанию в алхимии или символизирующая физическое соитие; перевернутая воронка — атрибут мошенничества или ложной мудрости; ключ (познание или половой орган), часто не предназначенный для открывания; отрезанная нога, традиционно ассоциирующаяся с увечьями или пытками, а у Босха связанная еще и с ересью и магией.
Что касается разного рода нечисти, то тут фантазия Босха не знает границ. На его картинах Люцифер принимает мириады обличий: это традиционные черти с рогами, крыльями и хвостом, насекомые, полулюди-полуживотные, существа с частью тела, превращенной в символический предмет, антропоморфные машины, уродцы без туловища с одной огромной головой на ножках, восходящие к античным гротескным образам. Часто демоны изображаются с музыкальными инструментами, в основном духовыми, которые порой становятся частью их анатомии, превращаясь в нос-флейту или нос-трубу. Наконец, зеркало, традиционно дьявольский атрибут, связанный с магическими ритуалами, у Босха становится орудием искушения в жизни и осмеяния после смерти.
Картина «Извлечение камня глупости» представляет фольклорную линию в творчестве художника. На первый взгляд, здесь изображена обычная, правда, опасная операция, которую хирург почему-то проводит под открытым небом, водрузив себе на голову воронку. Вероятно, здесь высмеивается персонаж ярмарочного фарса — простачок или муж-рогоносец (книга, положенная на голову женщине, понималась как «руководство» для жуликов и обманщиков). Перевернутую воронку, надетую на голову хирурга, объясняли как намек на рассеянность ученого мужа, но в контексте фарса она скорее всего служит признаком обмана. По другой версии, закрытая книга на голове монахини и воронка хирурга соответственно символизируют, что знание бесполезно, когда имеешь дело с глупостью, и что врачевание подобного рода — шарлатанство. Голландское выражение «иметь камень в голове» означало «быть глупым, безумным, с головой не на месте». Сюжет удаления «камня глупости» прослеживается в голландских гравюрах, живописи и литературе вплоть до XVII века.
Орнаментальная надпись вверху и внизу гласит: «Мастер, удали камень. Меня зовут Лубберт Дас». Во времена Босха существовало поверье: сумасшедшего можно исцелить, если извлечь из его головы камни глупости. Лубберт — имя нарицательное, обозначающее слабоумного. Но на картине вопреки ожиданиям извлекается не камень, а цветок, еще один цветок лежит на столе. Установлено, что это тюльпаны, а в средневековой символике тюльпан подразумевал глупую доверчивость.
Картина «Корабль дураков» была верхней частью створки триптиха, нижним фрагментом которой ныне считается «Аллегория обжорства и сладострастия».