Кресло понтифика Косса занимал недолго. Но надо отдать справедливость «джентльмену удачи», назвавшемуся Иоанном XXIII. Он попытался бороться за единство церкви. В ноябре 1414 года в вольном имперском городе Констанц под председательством папы Иоанна XXIII открылся церковный собор, где поставили вопрос об упразднении «троепапства». Однако созыв собора стал роковой ошибкой Коссы. Дело в том, что новый понтифик не утратил пиратских привычек: он накапливал огромные богатства, в частности, наладив грандиозный «бизнес» на индульгенциях — письменных отпущениях грехов, развязывал грабительские войны, предавался неимоверному распутству. В конце концов о чудовищных пороках папы заговорили и простолюдины, и князья, и короли. В ходе заседаний собора Иоанн XXIII понял, что его бурные похождения и неприглядные дела стали достоянием широкой гласности. Папский престол под ним зашатался, и он все больше и больше терял почву под ногами. Иоанн XXIII тайно отправил гонца к своему союзнику герцогу Фридриху Австрийскому с просьбой дать ему убежище в случае бегства из Констанца.
Собор в Констанце постановил, что отныне высшим церковным органом станет съезд церковных иерархов (то есть собор), которому будет подчиняться и папа. И папа решился на крайнюю меру. 20 марта 1415 года, почувствовав шаткость своего положения, Иоанн XXIII, переодетый конюхом, тайно выехал из города и направился в Шафхаузен, резиденцию Фридриха Австрийского. Приехав туда и расположившись в неприступной городской крепости, он отправил письмо императору Сигизмунду, в котором сообщал о своем бегстве. Иоанн XXIII рассчитывал на то, что это известие приведет к роспуску собора, поскольку на нем отсутствовал папа. Но собор не распустили, а к папе направили для переговоров послов, которые должны были убедить его вернуться в Констанц, а также напомнить о том, что еще совсем недавно папа обещал отречься от престола, если это будет выгодно Церкви. В Констанце считали, что наступил именно такой момент.
Но Иоанн XXIII потребовал за свое отречение высокую плату: сохранить за ним Болонью и прилегающие к ней земли. Также он должен был остаться кардиналом с доходом в тридцать тысяч золотых дукатов в год, ему должны были выдать индульгенцию с прощением всех его грехов — не только совершенных, но и тех, которые он может совершить в будущем. Выслушав папу, послы тотчас отбыли в Констанц, где обо всем доложили императору Сигизмунду. Император, человек решительный, приказал немедленно готовиться к войне с Фридрихом Австрийским. Сигизмунда поддержали церковные иерархи, по настоянию которых собор предал Фридриха анафеме. А спустя некоторое время войско Сигизмунда, насчитывавшее тридцать тысяч воинов, выступило в направлении Шафхаузена. Иоанн XXIII и Фридрих Австрийский бежали из города, а сам город сдался на милость имперских войск, которые стали разорять и грабить владения Фридриха.
Тем временем в Констанце продолжались заседания собора, и два из них были посвящены допросам свидетелей по обвинению Коссы. Свидетели давали такие показания, что даже видавшие виды следователи не решились внести их в обвинительный акт. Собор предъявил Иоанну XXIII обвинения из 72 пунктов, среди которых были: продажа церковных постов и санов, прелюбодеяния с женой брата, с собственной дочерью и внучкой, развращение тысяч женщин, в том числе монахинь (300 любовниц в одной Болонье!), мужеложство, угнетение бедняков, убийства, нарушение всех законов, неверие…
Однако эти обвинения предъявить было некому, поскольку Иоанн XXIII все еще находился на свободе. Обладая колоссальным состоянием, он привлек на свою сторону некоторых крупных феодалов, в том числе правителей Бургундии и Лотарингии. Но силы все же были неравны, и скоро союзники папы один за другим стали сдаваться Сигизмунду. 17 мая 1415 года Иоанн XXIII был пленен во Фрибурге, куда он бежал из Шафхаузена. А еще раньше, 14 мая 1415 года, на специальном заседании собора папа Иоанн XXIII был лишен всех прав и передан в руки правосудия. 29 мая суд вынес окончательное решение по делу Иоанна XXIII. В нем бывший папа назывался неисправимым грешником, безнравственным распутником, вором, убийцей, кровосмесителем, нарушителем мира и единства Церкви.
Коссу заключили в Готлебенскую крепость, находившуюся в швейцарском городе Тургау. Папу-расстригу ожидала камера-одиночка с единственным окном, выходившим в крепостной коридор.
Всякое общение с миром запрещалось, и единственным, кош теперь видел Косса, был тюремный надзиратель, приносивший заключенному пищу.
Новый папа Мартин V приказал перевести своего бывшего друга в еще более надежное узилище. 17 мая бывший папа был предан под неусыпный надзор давнего врага Коссы Людвига III, курфюрста Пфальцского, который заточил его в крепость Мангейм. Условия содержания в Мангейме были очень суровы. Коссу охраняли два немца. Узник же не знал немецкого языка, и заключение превратилось для него в пытку. Если бы не Има, которая, подкупая тюремщиков, навещала Коссу, он вряд ли бы выдержал обрушившееся на него испытание.