В ночь на 23 декабря, около 12 часов, в омскую областную тюрьму явился воинский отряд под командой капитана Рубцова и Барташевского, которые предъявили начальнику тюрьмы требование выдать им группы арестованных по представленному списку для конвоирования их в военно-полевой суд. Ордера председателя суда о приводе командиры отряда не представили. Так как накануне тюрьма была разгромлена и находилась под ведением недостаточно опытного военного караула, то дежурный караульный офицер не стал возражать против требования отряда и выдал Рубцову и Барташевскому требуемых лиц, ограничившись их приемной распиской. В список входили некоторые большевистские комиссары, в том числе интернационалист Н. А. Попов, активный деятель большевистских организаций, подлежавший военно-полевому суду. Однако Попов лежал в тифозном отделении тюремной больницы, куда офицеры не решались войти (присяжный поверенный Н. А. Попов, опаснейший большевистский деятель, через некоторое время был освобожден из тюрьмы по распоряжению омских судебных властей и взялся вновь за свое дело подготовки свержения власти. В начале 1920 года, после ареста адмирала «Политическим Центром» Попов был делегирован большевиками в следственную комиссию, допрашивавшую адмирала и Председателя Совета Министров Пепеляева. Последнего Попов допрашивал единолично (
Арестованных: Маевского, Кириенко, Девятова, Нила Фомина и др., в числе 13 человек, на грузовом автомобиле интендантского управления повезли в военно-полевой суд, помещавшийся в гарнизонном собрании в самом центре города. Председатель суда, просмотрев список приведенных арестованных, заявил, что об этих лицах никакого дела в производстве суда не имеется и что он не считает возможным их судить. Предстояло их отправить обратно.
Как удостоверяют данные следствия военного прокурора Кузнецова и сенатора Висковатова, в то же самое время происходило заседание военно-полевого суда и партию приговоренных к расстрелу отправляли для исполнения приговора. К этой партии присоединили часть приведенных из тюрьмы и повели в предместье Омска «загородную рощу», где всех расстреляли и похоронили в общей могиле. Другую же часть, приведенную Барташевским, увели на реку Иртыш, где их тоже расстреляли. На следующий день на берегу Иртыша нашли девять изуродованных трупов, среди которых были опознаны: Нил Фомин, Брудерер, Кириенко и др. Судебно-медицинским осмотром трупов было установлено, что убитым нанесено много сабельных ударов и штыковых ран во время завязавшейся борьбы. Очевидно, убитые отчаянно сопротивлялись.
Когда этот вопиющий факт стал известен в городе, общество пришло в крайнее возбуждение. Уже одно то, что убитые добровольно вернулись в тюрьму, исключало всякую необходимость не только казни, но и каких-либо других репрессий. Наконец, если бы убитые были казнены по приговору военно-полевого суда, то можно было бы, учитывая тогдашнюю обстановку, с этим примириться. Тут же произошла бессудная расправа над беззащитными людьми, не нужная никому, разве только злейшим врагам адмирала и его правительства. Естественно, что возмущение по поводу этого факта охватило в равной мере правительство, общественные организации и союзные миссии, к которым родственники убитых обращались с жалобами.
У Омского правительства оставался единственный выход из положения: привлечь виновных к суду и их покарать, чтобы дать удовлетворение возмущенному общественному мнению. По приказанию Верховного Правителя было назначено следствие на второй день после проишествия.
Адмирал в то время болел острым воспалением легких, имел температуру свыше 40 и почти не вставал с постели. Мятеж застал его в этом тяжелом состоянии. Об убийстве учредиловцев он узнал впервые из доклада Вологодского и Старынкевича и был настолько этим известием потрясен, что впал в бесчувственное состояние. Адмирал отдавал себе отчет, что этим фактом нанесен тяжелый удар престижу его власти и что для эсеров и большевиков он послужит материалом против омской власти. Из помещенных в конце настоящей главы выдержек из предсмертных показаний адмирала Колчака, данных Иркутской следственной комиссии