В первый день войны фашистская авиация нанесла мощный бомбовый удар на советские погранзаставы, Брестскую крепость и корабли Пинской флотилии, которые шли Днепровско-Бугским каналом на помощь 4-й армии Западного фронта. Бойцы Красной армии с ожесточенными боями отступали от Бреста. Немецкая авиация разбомбила шлюзы канала, и командующий Пинской речной флотилии контр-адмирал Д. Д. Рогачев принял решение вывести корабли на реку Припять. В результате этого перехода Пинская флотилия оказалась на стыке двух крупных групп немецких армий — «Юг» и «Центр», наступавших вдоль берегов Припяти. Пинская флотилия представляла собой внушительную силу. В ее состав входили современные мониторы, канонерские лодки, сторожевые корабли и бронекатера, вооруженные морскими орудиями и крупнокалиберными пулеметами. Сосредоточившись в Мозыре, корабли флотилии помогали переправлять сухопутные части через реку, прикрывали свои переправы и разрушали вражеские, высаживали десанты. Во второй половине июля фашистские части вышли к Днепру. В эти дни флотилия провела замечательную боевую операцию — ночной поход на позиции противника в районе села Гребени, где враг стянул большие свои силы и готовился форсировать Днепр. 3 августа 1941 года монитор «Левачев», плавучая база «Белоруссия» и два бронекатера под командой капитана 1-го ранга И. Л. Кравца скрытно приблизились к селу и открыли шквальный огонь по противнику из орудий и пулеметов. В свете пожаров было видно, как метались по селу застигнутые врасплох фашисты. При огневой поддержке кораблей флотилии бойцы сухопутных войск овладели селом Гребени. «Дали пить немцам из Днепра!» — шутили потом моряки. Более шестисот убитых и раненых гитлеровцев, автомашины с боеприпасами, мотоциклы, понтоны для переправы — таков итог совместной операции моряков и сухопутных войск на Днепре.
В конце августа немецко-фашистские войска подошли к Киеву. Моряки помогали нашим сухопутным войскам при переправе на левый берег Днепра севернее Клева. 15–19 сентября 1941 года Пинская флотилия вела свои последние бои под Киевом. Четыре монитора и катера расстреливали немецкие войска на переправе. Когда закончились все снаряды, моряки взорвали боевые корабли, подняв на них сигналы «Погибаю, но не сдаюсь!». Свыше шестисот моряков в районе Нежина в сухопутных боях обеспечивали отход 37-й армии. К 13 сентября в отряде осталось несколько десятков героических моряков. «С особым чувством перечитываешь строки приказа Военного совета Юго-Западного фронта от 10 сентября 1941 года, — писал в своих мемуарах адмирал Н. Г. Кузнецов, — что Пинская флотилия в борьбе с немецкими фашистами показала образцы мужества и отваги, не щадя ни крови, ни самой жизни…»
5 октября 1941 года нарком ВМФ Н. Г. Кузнецов подписал приказ о расформировании Пинской флотилии. Тогда еще никто не предполагал, что героическая флотилия будет воссоздана и проявит себя достойно в победе над врагом.
В июле 1941 года адмирал Н. Г. Кузнецов внес в Государственный Комитет Обороны предложение сформировать на Волге учебный отряд, который готовил бы личный состав для воюющих флотов. В дни наступления немцев на Москву этот отряд преобразовали в Волжскую военную флотилию, которая готовилась к боевым действиям в бассейне Волги. В состав флотилии вошли семь канонерских лодок, переоборудованных из речных судов, 15 бронекатеров, около 30 тральщиков и две плавучие батареи. Своевременность и обоснованность решения наркома ВМФ подтвердили дальнейшие события. В 1942 году противник предпринял крупное наступление на Волге. Волжская флотилия сыграла огромную роль в организации движения судов на главной речной магистрали страны, а затем и в битве за Сталинград.
За сравнительно короткое время немцы сбросили в Волгу до 350 мин. Возникла серьезная угроза для судоходства. Новые электромагнитные мины требовали особых средств борьбы с ними. Самым напряженным месяцем для Волжской флотилии стал август 1942 года. Пятьсот постов наблюдения, десятки вооруженных судов и катеров вели почти круглосуточное траление мин, а выбор обходных фарватеров с трудом обеспечивал судоходство на реке.
Особенно трудные задачи приходилось решать заместителю командующего флотилией контр-адмиралу Б. В. Хорошхину. Ему поручили возглавить бригаду тральщиков, которая работала на самых опасных участках. Когда ниже Сталинграда образовалась «пробка», Хорошхин направил свой бронекатер именно туда. При подходе к местечку Никольское раздался сильный взрыв, и объятый пламенем бронекатер исчез в воде. Погибла вся команда вместе с отважным адмиралом. По существу, битва за Сталинград не была бы выиграна без Волжской флотилии «смертников».
В потоке самых различных грузов, транспортировавшихся по Волге, нефтепродукты занимали самое важное место. От них зависела боеспособность фронтов.