Нарком придавал большое значение подготовке к проведению десантных операций. Вот что он написал о керченско-эльтигенской высадке моряков: «Десанты высаживать всегда трудно, но особенно трудно там и тогда, где и когда противник их ждет. У нас не было возможности скрыть свои приготовления: мы находились слишком близко от противника. И, разумеется, он понимал, что, не располагая большим количеством крупных десантных средств, мы будем наносить удар через сравнительно узкий Керченский пролив. Другого решения и другого пути у нас не было. И дело не только в нехватке десантных средств — именно здесь можно было действеннее поддержать десант огнем артиллерии с нашего берега». Высадка в Эльтигене прошла успешно. Пять тысяч семьсот пятьдесят солдат и офицеров 18-й армии с оружием и боеприпасами прибыли к месту боев. Передовым отрядом шел 386-й отдельный батальон морской пехоты под командованием капитана Н. А. Белякова. Десантники действовали дерзко и решительно. До 1 декабря десант под командованием Героя Советского Союза В. Ф. Гладкова успешно отражал атаки неприятеля на занятых рубежах. Десантники-эльтигенцы выполнили свою основную задачу обеспечения высадки 56-й армии на главном направлении. Командующий операцией приказал десанту эвакуироваться с плацдарма. Однако кораблям не удалось подойти к пунктам посадки десантников. Тогда черноморцы прорвали вражеский заслон и двинулись на соединение с главными силами по суше. 7 декабря они вошли в Керчь. Появление советских войск в Керчи ошеломило гитлеровцев. Опомнившись, они повели наступление на гору Митридат, где закрепились десантники.
Наращивание сил на Керченском плацдарме проходило в сложной обстановке. К 4 декабря Азовская военная флотилия доставила на Еникальский полуостров 75 тысяч бойцов и офицеров, 128 танков, 764 автомашины, около трех тысяч лошадей, свыше 1300 орудий, свыше семи тысяч тонн боеприпасов. «Нельзя не сказать о тех героях, которые перевозили десанты в шторм и под огнем неприятеля, — писал в своих воспоминаниях адмирал Н. Г. Кузнецов. — Вот почему мне хочется назвать хотя бы некоторых людей Азовской военной флотилии: Героев Советского Союза лейтенанта В. Н. Денисова, младшего лейтенанта Н. П. Кириллова и старшего лейтенанта К. И. Воробьева. Однако героизм был настолько массовым, что нет возможности перечислить всех отличившихся. Следует отметить и усилия инженерных частей сухопутных войск, которые совместно с моряками иногда, казалось, чудом грузили и выгружали тяжелые орудия и танки. Противнику не удалось сорвать наши перевозки».
Нашим бойцам пришлось отойти в порт и занять оборону у причалов. Упорные бои за Керчь продолжались еще несколько дней. Десанты в ходе Керченско-Эльтигенской операции нанесли противнику большой урон. В боях с 1 ноября по 12 декабря 1943 года неприятель потерял солдат свыше дивизии, более ста самолетов, пятьдесят танков. Керченско-Эльтигенская операция стала одной из крупнейших по размаху: она осуществлялась войсками целого фронта с участием Черноморского флота и Азовской военной флотилии. Операция еще раз засвидетельствовала, как важно взаимодействие армии и флота.
После захвата плацдарма на Керченском полуострове Генеральный штаб приступил к разработке операции по освобождению Крыма. Замысел операции заключался в одновременном наступлении на Симферополь и Севастополь со стороны Перекопа и с Керченского полуострова. Черноморский флот и Азовская военная флотилия содействовали наступлению Отдельной Приморской армии на первом этапе борьбы и всему фронту — на последнем. В основу директивы Генштаба по освобождению Крыма вошли все предложения, разработанные Главным морским штабом под руководством адмирала Н. Г. Кузнецова.
В преддверии этой важной операции была освобождена Одесса — один из важнейших черноморских портов. Одесская операция началась с того, что в Николаеве высадился небольшой десант, в который входили 56 моряков из батальона морской пехоты и 12 бойцов сухопутных войск. Командовал десантом старший лейтенант К. Ф. Ольшанский. В течение двух суток десантники отбили 18 ожесточенных атак, уничтожили около 700 фашистских солдат, два танка. Правительство высоко оценило подвиг десантников — все 68 человек получили звание Героя Советского Союза.
Сражение за Крым началось утром 8 апреля 1944 года наступлением войск 4-го Украинского фронта (командующий — генерал армии Ф. И. Толбухин). Враг отчаянно сопротивлялся, но задержать победное шествие наших войск не смог. Не менее успешно развернулось наступление Отдельной Приморской армии (командующий — генерал армии А. И. Еременко). Большую помощь в перевозке войск этой армии через Керченский пролив оказала Азовская военная флотилия.
10 апреля 1944 года была освобождена Одесса. В тот день вместе с Москвой салютовала одержанной победе и эскадра Черноморского флота.
Штурм севастопольской крепости осуществлялся одновременными ударами с трех направлений. Сжать кольцо блокады с моря и воздуха возлагалось на Черноморский флот.