Изыскивая и другие пути сообщения для доставки грузов войскам, Скобелев поручил Макарову произвести обследование мелководной извилистой реки Атрек, впадающей в Каспийское море и граничащей в нижнем течении с Персией. Взяв паровой катер и два «киржама», то есть две легкие плоскодонные лодки, Макаров двинулся в путь по Атреку, где еще никогда не проходила ни одна лодка. Река оказалась местами настолько мелководной, что тяжелый катер приходилось волочить по дну, поставив его на полозья, наскоро околоченные из досок. Неприятности причинял и разросшийся по обоим берегам кустарник. Местами приходилось буквально продираться сквозь сплошные заросли.
Макаров прошел вверх по течению около трехсот верст, дойдя до местечка Гудры, дал подробное естественно-историческое описание реки и высказал много впоследствии оправдавшихся соображений о прошлом этой реки и ее происхождении. Он установил также и транспортные возможности реки и опроверг существовавшее мнение о ее непроходимости в течение всего года. По мнению Макарова, зимою и весною по Атреку можно беспрепятственно водить небольшие груженые суда.
Несмотря на трудности перехода и крайне неблагоприятные климатические и местные условия, больных среди сопровождавших Макарова матросов не было.
Во время похода Макаров обнаружил нефтяные источники. В связи с этим его стала занимать мысль о переходе на нефтяное отопление судов военного флота. Эта мысль не покидала Макарова до конца его дней.
Вернувшись из атрекского похода, Макаров застал приказ о назначении его начальником морской части при войсках, действовавших в Закаспийском крае. Помимо обязанностей начальника морской части, на Макарова было возложено еще общее наблюдение за перевозками всех грузов, прибывавших из Астрахани. Немного позже он был назначен начальником гарнизона в Красноводске, а после отъезда генерал-губернатора Анненкова Макарову были поручены также и дела по управлению Закаспийским военным отделом.
По инициативе Макарова в Петровске и в форте Александровском были оборудованы нефтяные базы.
12 января 1881 года после ожесточенной обороны последний оплот текинцев — крепость и город Геок-Тепе были взяты штурмом. Присоединение Средней Азии к Российской империи было закончено.
Скобелев уехал, а Макарову еще пришлось задержаться на Каспии, эвакуируя войска, а также перевозя больных и раненых. Ко дню его отъезда Красноводская железная дорога была проложена уже на 117 километров, работы продолжались чрезвычайно быстро, и вскоре путь достиг Кизыл-Арвата, расположенного в 224 километрах от моря. Перед отъездом в Петербург Макаров представил командующему войсками Каспийского военного округа подробный проект реорганизации всей морской части в Закаспийском крае.
Участие Макарова в Ахал-Текинской экспедиции не было значительным событием в его жизни, но и здесь проявились характерные для него качества: инициатива, изобретательность, пытливая наблюдательность, блестящие организаторские способности и умение в любом новом для него деле находить то, что надо улучшить, исправить, изменить.
ЗАГАДКА МОРЕЙ
«Существовали одни догадки, а Степан Осипович представил вполне точную, весьма поучительную картину всего, что происходит в Босфоре, во всех его слоях».
Полный новых впечатлений и идей, приехал Макаров в середине 1881 года в Петербург. Необходимо было покончить с делами и отчетами Ахал-Текинской экспедиции, а затем приступить к разработке проекта миноносца. Но Макарова отрывают от намеченной им работы и посылают снова на Черное море — в столицу Турецкой империи Константинополь командиром стационера «Тамань»49, находившегося в распоряжении русского посольства. Это полудипломатическое назначение Макаров получил не случайно. В незадолго до этого закончившейся войне „Константин“ и его команда были грозой для турецкого флота. Поэтому назначение Макарова рассматривалось в Константинополе как еще одно подтверждение курса „твердой политики“ по отношению к Турции со стороны царской дипломатии. Должность командира стационера не требовала особого напряжения и считалась в те времена скорее почетной. У Макарова появилась, таким образом, возможность отдохнуть от вечно напряженной обстановки, обычной на военном корабле.
Но бездеятельности Макаров не любил, и желания отдыхать, ничего не делая, у него никогда не было. Лучшим отдыхом для него было чередование одного занятия с другим. Стремление вносить во все, с чем он сталкивался в жизни, как в малое, так и в большое, точность и ясность, привычка не проходить равнодушно мимо любопытных, неразгаданных «явлений — таковы были характерные черты Макарова. И вскоре здесь, в Константинополе, он нашел себе занятие по душе.