Как шаг к выполнению предложения Льютса относительно всех областей Тихого океана, Сомервелл послал в Перл-Харбор своего помощника, генерала Ливи, но Нимиц просто приставил Ливи в качестве советника к штабу адмирала Колхауна. Ливи протестовал, сообщая Сомервеллу, что это было совершенно не то, что нужно. Силы обслуживания, писал он, предназначались только для снабжения флота. По его мнению, нужно было также учредить штаб снабжения театра военных действий, составленный из военно-морских, воздушных и сухопутных офицеров, и этот штаб должен находиться непосредственно при главнокомандующем в регионе, адмирале Нимице.
Генерал Маршалл поддержал предложение Ливи, добавив в заключение, что в секторах Тихого океана командование флота и командование секторов должны теперь быть разделены. Адмирал Нимиц командовал бы секторами Тихого океана, так же как генералы Эйзенхауэр и Макартур командовали своими секторами, но командующим Тихоокеанским флотом должен стать другой офицер, вероятно, Хэлси. Кинг и Нимиц согласились, что идея относительно объединенного штаба имеет смысл, но Кинг был оппозиционно настроен к разделению постов командующего флотом и главнокомандующего силами в секторе, так как это прерывало командную иерархию между ним и флотом. «Я планирую, — сказал он Нимицу, — сосредоточить командование Тихоокеанского флота и областями Тихого океана в руках одного человека — вас».
После месяцев изучения, включая изучение графика поставок и систем планирования в областях Эйзенхауэра и Макартура, адмирал Нимиц 6 сентября 1943 года наконец объявил о формировании Объединенного штаба в Перл-Харборе. Он первоначально имел четыре секции: планирования (J-1), разведки (J-2), операций (J-3) и логистики (J-4). Генерал Ливи возглавлял секцию логистики, которая близко сотрудничала с войсками обслуживания. До конца войны секция логистики оставалась в здании штаба, где генерал Ливи много раз снова оказывался «подключенным» к главнокомандующему во время воскресных утренних концертов, но войска обслуживания стали настолько большими, что секции пришлось переехать в отдельное здание, установленное для него рядом со зданием штаба.
Новая секция разведки тесно сотрудничала с Объединенным разведцентром областей Тихого океана (JICPOA), который был сформирован по воле адмирала Кинга. Разведцентр занимал здание прямо к северу от здания штаба. Донесения из центра обычно поступали к адмиралу Нимицу через коммандера Лейтона, который оставался офицером разведки штаба Тихоокеанского флота. Лейтон просил о службе на кораблях, но Нимиц отказал ему. «Работая за вашим столом, вы можете убить больше врагов, — сказал Нимиц, — чем если бы вы командовали дивизией крейсеров».
Рядом с разведцентром было еще одно абсолютно такое же здание, в котором размещался центр радиоразведки Тихоокеанского флота — станция «Гипо», которая так и не была заменена, несмотря ни на что. Возглавляемое со дня отъезда Рошфора коммодором Уильямом Б. Гоггинсом, она сменила название и переехала из подвала в более просторное помещение, имея в штате более тысячи операторов.
Радиоразведка занималась почти исключительно отслеживанием и анализом радиообмена противника. Как и прежде, ее действия включали анализ перемещения сил, криптологический анализ и перевод японских военно-морских сообщений. Ее криптологи постепенно учились справляться с постоянными изменениями позывных и кодов Японии, особенно с частыми заменами групп случайных чисел; они также взломали другие японские коды. Одним из наиболее полезных для американцев была расшифровка кода, которым пользовались японцы при организации морскими перевозками. Этим кодом не только направлялись караваны судов с сопровождением, но и назначались заранее их дневные позиции. Эта жизненно важная информация передавалась штабному офицеру-оператору командующего подводными лодками Тихоокеанского флота, который наводил субмарины на японские конвои, таким образом увеличивая эффективность их действий.
Однако это преимущество сводилось практически на нет недостатками американских торпед, боевые части которых имели тенденцию преждевременно взрываться — если вообще взрывались. Проблема осложнялась фактом, что взрыватель Mark-6, использовавшийся в торпедах подводных лодок, срабатывал либо при ударе, либо дистанционно от воздействия магнитного поля, когда торпеда проходила под стальным корпусом судна или около него. Подводникам советовали использовать магнитный взрыватель, потому что взрыв под килем мог быть весьма разрушительным, а также потому что часть торпед не попадала прямо в цель, а проходила рядом с ней.
К сожалению, взрыватель часто не срабатывал — особенно когда торпеда была направлена так, чтобы пройти под судном. Адмирал Локвуд, все еще находившийся в Австралии, обнаружил одну из причин этого. Стреляя торпедами через противолодочную сеть, он доказал, что они шли на одиннадцать футов ниже заданной глубины. Когда этот недостаток был устранен, невзорвавшихся торпед стало меньше, но преждевременных взрывов — больше.