Адмирал Нимиц и часть его штаба прибыли в Маджуро два дня спустя, чтобы обсудить предстоящую операцию по штурму Холландиа, которая была отложена до 21 апреля. Неизвестно, ругал ли Нимиц Спрюэнса за то, что тот игнорировал его приказы о нарушении молчания. Во всяком случае, Спрюэнс не остался в Маджуро. Он отправился вместе со штабом в Перл-Харбор, чтобы планировать операцию на Марианских островах. Нимиц вернулся в Перл-Харбор 9 апреля. 13 апреля 58-е оперативное соединение с Митшером в качестве тактического командующего отбыло из Маджуро в юго-западную часть Тихого океана.
Быстроходные авианосцы находились в районе Холландиа с 21 до 24 апреля, но в этом не было необходимости. Генерал Кенни выполнил свое обещание. Совершив ряд налетов, его бомбардировщики и истребители полностью уничтожили Холландиа как японскую авиабазу. По пути обратно самолеты с авианосцев произвели бомбардировку Трука, после которой эта японская база стала настолько беспомощной, что самолетам с Маршалловых островов и островов Адмиралтейства не составляло труда нейтрализовать ее. Перед возвращением к
Маджуро от 58-го оперативного соединения отделилось девять тяжелых крейсеров, чтобы произвести обстрел острова Сатаван, а шесть линейных кораблей адмирала Ли обстреляли остров Понапе.
23 апреля умер Фрэнк Нокс. На пост министра ВМС был назначен Джеймс Форрестол. У Нимица эта перемена, вероятно, вызвала смешанные чувства. Форрестол, без сомнения, был более энергичным администратором, чем Нокс, особенно во время последнего ухудшения здоровья. Но Нокс всегда поддерживал Нимица и его назначение главнокомандующим Тихоокеанским флотом. Однако между Нимицем и Форрестолом существовала напряженность, которая началась еще тогда, когда Нимиц был руководителем Бюро навигации. Тогда, Нимиц выступил против усилий Форрестола призвать на службу своих друзей с Уолл-стрит и назначить на главные командные посты в руководстве флота. Когда Форрестол попробовал получить такую должность для гражданского, побывавшего в тюрьме, Нимиц энергично воспрепятствовал этому на том основании, что это было запрещено уставом.
Во время войны Форрестола оскорбляло то, что он расценил как нежелание Нимица назначать летчиков на важные посты. Нимиц, по его собственному мнению, продвигал их, исходя только из того, насколько они были готовы принять ответственность. Нимиц и Кинг назначили протеже Форрестола, адмирала Тауэрса, заместителем главнокомандующего в основном для того, чтобы ублажить Форрестола. В течение стадии планирования Центрально-Тихоокеанского наступления Форрестол использовал свое влияние, чтобы всячески побуждать или вынуждать Кинга брать командование Тихоокеанским флота в свои руки. Впрочем, таким образом замминистра скорее хотел убрать Кинга из Вашингтона, чем заменить Нимица.
Следующая встреча Кинга и Нимица состоялась в Сан-Франциско 5–6 мая 1944 года. С адмиралом Кингом прибыл адмирал Чарльз М. («Сэвви») Кук, его начальник отдела планирования. Адмирала Нимица сопровождал его главный планировщик, контр-адмирал Форрест Шерман. Был там и адмирал Хэлси со своим начальником штаба, контр-адмиралом Миком Кэрни.
Кинг, по традиции, объяснил планы и решения Объединенного комитета начальников штабов, поскольку они касались операций по всему миру. Наиболее важный из предстоящих действий тогда было вторжение через Ла-Манш в Нормандию, которое должно было начаться уже через месяц. За ним должно было последовать вторжение в южную Францию и наступление на Германию. Так как Объединенный комитет планировал окончание войны с Японией в течение года после поражения Германии, тихоокеанским командующим пришла пора поспешить.
Большая часть обсуждения на этом совещании касалась планов вторжения в Китай и подключения китайской армии более полно к решению военных задач. Как оказалось, главным результатом встречи было решение принять на Тихоокеанском флоте двойную систему командования.
Система выросла из вопроса о том, что делать с Хэлси. Его Южно-Тихоокеанский сектор, оставшийся в стороне от военных действий, постепенно уменьшался до гарнизонного статуса. Его солдаты и несколько кораблей были переданы Макартуру; его морские пехотинцы и большинство военно-морских сил отошли к Нимицу. В такой ситуации опыт, навыки и чин Хэлси пропадали попусту.
Сэвви Кук уже выдвинул предложение. Он предложил разделить командование Южно-Тихоокеанского и Третьего флотов. Первым должен командовать адмирал Ньютон. Адмирал Хэлси, как командующий Третьим флотом, перейдет с его штабом на Перл-Харбор, где они займутся планированием операции на Палау. После завоевания Марианских островов Хэлси примет командование Пятым флотом. Рей Спрюэнс, Келли Тернер, Холланд Смит и Марк Митшер будут все заменены и отправятся в Перл-Харбор, чтобы планировать будущие действия. Их прежние подразделения тогда получат следующие наименования: Третий флот, 3-я Десантная армия, III амфибийный корпус и 38-е оперативное соединение.