Чем больше сведений о противнике получал адмирал Нимиц от разведки, тем больше он убеждался в правильности заявления адмирала Хэлси, что японский флот был «побежден, рассеян и сломлен». Стало очевидным, что битва за залив Лейте была последним крупным морским сражением Второй Мировой войны. Тем не менее военно-морскому флоту США предстояло еще немало сделать для помощи морским пехотинцам, сухопутным частям и военно-воздушным силам при выполнении их задач в тихоокеанском регионе.
После вынужденной передышки и пополнения на Улити 38-е оперативное соединение получило Задание присоединиться к рейду на Токио, осуществляемому 21-ой бригадой бомбардировщиков В-29. Авианосцы Хэлси должны были обеспечить сопровождение, что позволило бы бомбардировщикам, базирующимся на авианосцах, повысить точность своих ударов за счет бомбардировок с низкой высоты, главной целью которых должны были стать авиазаводы. Эту задачу, которая была очень по душе Хэлси, пришлось отменить, поскольку в поддержке 38-й оперативной группы крайне нуждались силы генерала Макартура на острове Лейте.
После битвы в заливе Лейте Макартур приказал находящимся под командованием генерала Кенни частями Дальневосточных ВВС освободить авианосцы Седьмого флота, подвергавшиеся сильному обстрелу, от ответственности за поддержку сухопутных сил. Но эта задача оказалась непосильной для базировавшихся на земле самолетов генерала Кенни, поскольку Таклобан, единственный аэродром на острове Лейте, не мог обслуживать достаточное для решения этой задачи число самолетов. Инженеры армии США пытались увеличить размеры аэродрома в Таклобане и построить другие, но их усилия потерпели неудачу из-за муссонов с их проливными дождями и неподходящего грунта. Японцы между тем перебрасывали самолеты из Японии через Формозу на всепогодные аэродромы на острове Лусон. И результате они получили такое большое преимущество в небе над Лейте, что генерал Макартур был вынужден обратиться за помощью. Нимиц приказал Хэлси нанести удары по аэродромам на Лусоне и другими действиями поддерживать американские войска на Лейте. В то же время он потребовал от Макартура «освободить силы Третьего флота, как только ситуация позволит:>то сделать». Вице-адмирал «Слью» Маккейн заменил па посту командующего 38-м оперативным соединением вице-адмирала «Пита» Митшера, который улетел в Соединенные Штаты в необходимый для него отпуск.
Летчики 38-го оперативного соединения поддерживали войска Макартура в течение месяца. За это время они уничтожили около 700 самолетов, потопили 3 крейсера, 10 эсминцев, много транспортных и вспомогательных судов. Они отправили на дно целый конвой, отправлявшийся к Лейте, утопив при этом 10 ООО японцев. Однако американцам не удалось восстановить полное превосходство в небе над Лейте. Камикадзе повредили
7 авианосцев из оперативной группы, а из состава Седьмого флота подбили 2 линкора, 2 крейсера, 2 транспортных судна и 7 эсминцев. Один из эсминцев затонул. После особенно жестокого рейда летчиков-самоубийц, произведенного 25 ноября, 38-е оперативное соединение было выведена на базу на Улити. Оно находилась в море и участвовало в сражениях почти непрерывно в течение трех месяцев.
В конце ноября 1944 адмирал Нимиц и члены его штаба встретились в Сан-Франциско с адмиралом Кингом и делегацией офицеров из Вашингтона и других мест. Кинг и Нимиц согласились, что Хелси и его подчиненные нуждаются в продолжительном отпуске. Нимиц сказал, что планирует вернуть флот обратно Спрюэнсу, как только 38-е оперативное соединение и десантная группа Третьего флота будут освобождены от поддержки Макартура. Операция продлилась дольше ожидаемого, поскольку превосходство японцев в воздухе и плохая погода на Лейте заставили генерала передвинуть намеченную дату вторжения на Лусон с 20 декабря 1944 на 9 января 1945. Этот сдвиг означал, что планируемая дата вторжения на Иводзиму должна быть перенесена с 20 января на 19 февраля, а дата для Окинавы — с 1 марта на 1 апреля. Любая дополнительная задержка сдвигала бы операцию по взятию Окинавы на сезон тайфунов, а это подвергало бы опасности флот, участвующий в ее поддержке.
Армия планировала начать вторжение на Кюсю осенью, после операции на Окинаве. Кинг и Нимиц полагали, что вторжение на Окинаву, за которое придется заплатить многими жизнями, на самом деле может оказаться необязательным. Они были убеждены, что японцы потерпят поражение в результате блокады и бомбежек, а для этих операций желательно иметь базу на китайском побережье напротив Японии. Нимиц предложил вторгнуться в Китай в районе залива Ханькоу, к югу от Шанхая.