А далеко в океане, в 400 милях западнее Мидуэя, 16-е оперативное соединение в тот вечер отказалось от преследования противника и снова развернулось на восток. Среди доводов в пользу этого решения Спрюэнс указал на общую усталость экипажей и необходимость заправить эсминцы, но для офицеров в планшетной штаба была очевидной и более убедительная причина. Спрюэнс, продолжая двигаться на запад, вскоре оказался бы в пределах досягаемости бомбардировщиков на острове Уэйк. И Спрюэнс, и штаб Нимица знали, что японцы накапливали на Уэйке бомбардировщики для переброски их на Мидуэй. И при поддержке этих самолетов Ямамото мог устроить 16-му соединению засаду. То, что он затевает нечто в этом роде, стало очевидным, когда американские станции радиоперехвата уловили и передали в Перл-Харбор посланный открытым текстом призыв о помощи, который мог быть послан с тонущего корабля, причем из точки, расположенной западнее 16-го оперативного соединения. Нимиц предупредил Спрюэнса, чтобы тот не обращал внимания на эту столь явную, последнюю и отчаянную попытку Ямамото заманить американцев в клещи своих флотов.
— Иногда подобные уловки бывают весьма очевидными, не так ли? — сказал Нимиц.
Хорошие новости 6 июня воистину стали в большой степени компенсацией за очень плохие новости. «Йорктауна который вели на буксире в Перл-Харбор со спасательной командой на борту и эскортом из шести эсминцев, был торпедирован подлодкой. Эсминец «Хэмман», пришвартованный к борту авианосца для снабжения электроэнергией спасательных работ, был тоже торпедирован и затонул.
— Если японская подлодка смогла подойти и торпедировать «Йорктауна, окруженный пятью или шестью эсминцами как раз для того, чтобы эту подлодку не подпустить, то с тактикой наших подлодок что-то не в порядке, — с отвращением прокомментировал Нимиц.
Оставалась надежда, что авианосец, уже переживший одну торпедную атаку, переживет и вторую. Однако на следующее утро во время завтрака Нимиц лишился и этой надежды, прочитав радиограмму кэптена Бакмастера: «В результате вчерашней атаки «Йорктаун» затонул в 5:00».
Утром 8 июня штаб КТФ и станция «Гипо» получили ошеломляющий удар, прочитав присланную главнокомандующим депешу, где утверждалось, что кто-то, очевидно, дал в прессу утечку информации о перехваченном японском оперативном плане кампании по захвату Мидуэя. Их опасения подтвердились, когда в Перл-Харбор доставили экземпляр «Чикаго трибьюн» от 7 июня. На первой полосе красовалась статья длиной в целую колонку с заголовком: «На флоте знали о японском плане удара на море». Датированная «Вашингтон, 7 июня», статья начиналась так: «Как сообщили сегодня вечером надежные источники в военно-морской разведке, состав японских ударных сил, с которыми американский флот сражался западнее острова Мидуэй в величайшей битве этой войны, был хорошо известен американскому флотскому командованию за несколько дней до начала сражения».
Далее в статье описывался порядок развертывания японских флотов, перечислялись названия главных боевых кораблей и составы эскадры вторжения, Первой и Второй авианосной ударной эскадры. Хотя в статье и не упоминался взломанный код, прочитавшие ее агенты японской разведки обязательно заподозрили бы подобную утечку и усилили бы меры криптографической безопасности. А США из-за этого могли бы потерять бесценный источник информации, сделавший американскую победу у Мидуэя возможной.
Расследование установило, что статью написал в Чикаго корреспондент «Чикаго трибьюн» Стэнли Джонстон, а его «источником» стала, разумеется, показанная ему Мортоном Селигмэном копия плана Ямамото. К счастью, ни один японский — а также немецкий или итальянский — шпион не прочел этот номер «Чикаго трибьюн», и японцы продолжали использовать код JN25, лишь время от времени что-то к нему добавляя или изменяя. Поскольку большое жюри признало, что Джонстон не нарушал законов, он не был подвергнут публичному суду — что также хорошо, потому что это неизбежно привлекло бы внимание японцев к незамеченной утечке информации. А многообещающая флотская карьера Селигмэна была погублена. Его обошли повышением в звании до кэптена, и он уволился с флота в 1944 году.
За свою победу при Мидуэе адмирал Нимиц получил поздравления со всего мира, за исключением стран Оси. Армейские и флотские офицеры, а также другие военные специалисты признали битву за Мидуэй решающей в том смысле, что она подорвала японское военное превосходство на Тихом океане, более или менее уравняв силы противников. Те, кто лучше разбирался в фактах, указывали, что самые серьезные потери Япония понесла не в авианосцах или самолетах, а в опытных пилотах. Военные аналитики предсказывали, что США вскоре сменит оборонительную тактику на наступательную.