После окончания училища С. Г. Горшков получил назначение на Черноморский флот — штурманом эскадренного миноносца «Фрунзе». Этот корабль стал не только его родным домом, но и университетом, крепостью, доброй стартовой площадкой…
А потом был Тихоокеанский флот. Здесь начинали свой славный путь многие флотоводцы, в их числе — С. О. Макаров.
Штурман флагманского корабля минного заградителя «Томск», флагманский штурман бригады, командир сторожевого корабля, а затем эскадренного миноносца — ступени его роста в тот период.
Командование кораблем — один из самых волнующих и памятных этапов в службе С. Г. Горшкова. В должности командира он сполна испытал чувство ответственности за выучку людей и за состояние техники, моральный дух моряков, их быт и досуг. Соединяя взыскательность с вниманием и заботой о людях, он старался сплотить экипаж, добиваясь готовности выйти в любую минуту на задание.
И какими бы в дальнейшем ни доводилось командовать частями, соединениями, флотилиями, ничто не смогло заслонить в его сердце тот ставший в свое время родным корабль, где он впервые испытал свое командирское искусство. Не случайно С. Г. Горшков скажет спустя много лет:
«Командир военного корабля… Высокое, гордое звание! Чтобы по праву занять командирское место на мостике, нужен большой упорный труд. Беспредельная преданность Родине, сильная воля, твердый характер, настоящая любовь к морю, гордость своей профессией, готовность к трудностям и к подвигу и способность постоянно учиться — непременные качества командира корабля».
С началом боев у озера Хасан для кораблей 7-й морской бригады Тихоокеанского флота, которой командовал капитан 3-го ранга С. Г. Горшков, наступили трудные дни. Корабли бригады конвоировали транспорты, доставлявшие из Владивостока в бухту Новгородская войска и боевую технику, а обратно — раненых бойцов, несли дозорную службу. На счету кораблей оказалось немало успешных операций. Действия 7-й морской бригады характеризовались четкостью управления, слаженностью действий, тесным взаимодействием с другими силами.
Семилетняя служба на Тихоокеанском флоте обогатила С. Г. Горшкова командирской практикой, пониманием насущных проблем флота, возможностей Тихоокеанского театра, его перспектив. Уже в те годы молодой командир на занятиях, теоретических семинарах порой удивлял других смелыми взглядами на характер будущего флота.
На Черноморский флот на должность командира бригады эскадренных миноносцев капитан 2-го ранга Горшков вернулся в июне 1939 года. Он прибыл на флот, где началась его самостоятельная морская вахта и где суждено ему было встретить начало Великой Отечественной войны.
Служба на флотах, прохождение всех ступеней командирской деятельности — от командира боевой части до командира бригады крейсеров — подготовили его к тем испытаниям, сквозь которые довелось пройти контр-адмиралу Горшкову за все долгие дни и ночи войны.
Азовская военная флотилия была воссоздана вновь в феврале 1943 года в связи с успешным наступлением советских войск и освобождением ряда городов южной части нашей страны. Командующим снова был назначен С. Г. Горшков. По его запросу на флотилию были возвращены офицеры, уже участвовавшие в боевых действиях на Азовском море. Начальником штаба стал опять опытный моряк капитан 2-го ранга А. В. Свердлов, его заместителем и начальником оперативного отдела — капитан 3-го ранга А. А. Ураган, начальниками других отделов — капитан 3-го ранга А. С. Бархоткин, капитан 2-го ранга Н. К. Кириллов. Политотдел флотилии возглавил капитан 1-го ранга С. С. Прокофьев.
Опираясь на своих помощников, контр-адмирал С. Г. Горшков осуществил ряд удачных операций, о которых в автобиографии написал так:
«Весной 1943 года командовал рядом десантных и набеговых операций на временно занятое немцами побережье для содействия наступающим сухопутным войскам Южного и Северо-Кавказского фронтов. Наиболее крупными операциями флотилии были: десанты в Мариуполь, Осипенко и Темрюк; поддержка с моря частей Северо-Кавказского фронта при освобождении Таманского полуострова и, наконец, крупная десантная операция в ноябре 1943 года по высадке частей отдельной Приморской армии на Керченском полуострове. Этот десант впоследствии перерос в операцию по систематическим перевозкам через Керченский пролив войск, техники и грузов армии».
Каждая из этих операций примечательна по-своему, содержала что-то новое, отличалась гибкостью, зрелостью оперативного решения и главным — одержанной малыми силами победой.
При подготовке и проведении Новороссийско-Таманской наступательной операции прослеживается уже выработанный в прошлых операциях почерк: четкое планирование, тщательная подготовка и внезапность действий. Учитывая, что противник, опираясь на заранее подготовленные рубежи «Голубой линии», начал эвакуацию своих войск с Таманского полуострова на Керченский через Темрюк и пролив, командующий флотилией поставил своим силам задачу прорвать оборону противника, нарушить коммуникации.