В 1882 году Макаров занимался разработкой проекта специальных мелководных судов для организации пароходства но Аральскому морю и на реках Аму-Дарья и Сыр-Дарья. Им же был предложен проект быстрого разведения паров из кораблях шхерного отряда с тем, чтобы не через 12 часоз, а через 7,5 минут после приказания можно было давать ход. Решение этого вопроса имело огромное тактическое значение и, казалось бы, требовало помощи Макарову в доведении вопроса до практического внедрения его па флоте. Однако рутинный Морском технический комитет это дело провалил, и вопрос оставался нерешенным.
Макаров приложил много энергии, чтобы внедрить в практику плавания изучение шхер, умение двигаться в них по створам и приметным пятнам.
Будучи в 1883 году флаг-капитаном практической эскадры, Макаров принимал участие в организации первой а истории парового флота перевозки целой сухопутной дивизии на военных судах. Этот первый весьма важный опыт дал много ценных материалов для разработки планов мобилизации. На основе этого опыта, Макаров разработал большое число приспособлений для подъема тяжестей и лошадей, для буксировки ботов и пр., и составил также детально разработанную
13 188-1 году, по поручению начальника эскадры, им разработал проект преобразования Кронштадтского порта, прежде всего с точки зрения обеспечения нпнбыстрейшей мобилизации флота. Основным в проекте было: предназначить Среднюю гавань только для военного флота, а по для торгового, углубить ее, увеличив длину причальной линии, и в этой гавани сосредоточить всю мобилизацию флота. Предложение это получило одобрение начальника I данного Мирского штаба, но осуществлено было лишь после смерти Макарова.
13 том же 1881 'году Макаров разрабатывал вопрос о преобразовании корпуса инженер-механиков флота и, наконец, участвовал в комиссии Главного штаба по обсуждению вопроса «Об участии флота и обороне государства*. В комиссию эту входили только генералы и адмиралы, и лишь один Макаров был капитаном первого ранга.
В 16>85 году, командуя броненосным фрегатом «Князь Пожарским», Макаров представил ряд соображений по сокращению сроков отмобилизования корабля.