Выход из проливов тоже был непростым. «Восток – дело тонкое». Всё лето дипломаты препирались. 28 октября фрегат Ф.Ф. Ушакова поднял паруса, вышел в Мраморное море, а затем у о. Тенедос встретился с фрегатом «Северный Орёл». 14 января 1788 года суда прибыли в Месссину, а через десять дней в Ливорно, где предстояло выдержать карантин ок.40 суток (такие были обстоятельства в Средиземном море, чума никого не щадила). Следовательно, активные действия с фрегатами могли быть возобновлены не ранее конца февраля. Опять же, обратим внимание современного читателя – что значит после отсутствия вблизи дружественных берегов в течение более года, стать в карантин ещё на 40 суток вблизи от процветающего и дружественного побережья. Никому не пожелаешь…
Таким негостеприимным оказался Константинополь для Ушакова в первое посещение. Кто мог предположить в то время, что всего через двадцать один год Фёдор Фёдорович придет сюда, теперь уже из Черного моря, с целой русской эскадрой на помощь Блистательной Порте. И совсем по другому тут будут встречать и его, и всех русских. Действительно, ход истории предсказать трудно.
В Ливорно, выдержав назначенный карантин, приступили к ремонту фрегатов, несмотря на то, что императрица требовала скорого возвращения. Ремонт и загрузка попутных товаров продолжались до марта. При этом в марте к русским неожиданно обратился посланник Марокко с просьбой доставить его на родину. Т.Г. Козлянинов согласился и отправил для этого два своих фрегата в надежде установить дружественные отношения с новым государством. Он планировал встретиться с этими фрегатами на обратном пути в Россию у Гибралтара. 3 августа с оставшимися фрегатами он вышел к Гибралтару. В начале сентября встретили «марокканцев», которые однако имели течь в корпусе, не позволяющую преодолеть Атлантику. Было решено – всему отряду вернуться в Ливорно, где вновь зазимовать. Некоторые участники событий (адмирал А.С. Шишков, см. «Записки адмирала Шишкова…») утверждают, что решение зимовать было принято Т.Г. Козляниновым потому, что он увлекся дочерью российского посланника в Ливорно и должен был на ней жениться.
Как бы там ни было, но за зиму были отремонтированы все корабли и отряд отправился в Россию 11 марта 1779 года. 14 мая благополучно прибыли в Кронштадт. Очевидно, это был один из самых «ранних» переходов российских кораблей через Атлантику. Прежде россияне, как правило, переход осуществляли летом, во время наиболее благоприятной погоды и в Кронштадт приходили в июне – августе. Скорее всего, Т.Г. Козлянинов хотел реабилитироваться за вынужденную «зимовку» в Ливорно.
Почти три года продолжался этот поход в Средиземное море. Команды приобрели огромный опыт плавания в Атлантике и в Средиземном море. Приобрел этот опыт и Ф.Ф. Ушаков. Три года вдали от родных и близких. Три года без отпусков, на соленой и некачественной пище и воде. Три года во враждебном окружении, в готовности в любой момент вступить в смертельную схватку со стихией и с врагами. Подобные нагрузки не каждому по плечу.
Таким образом, все попытки провести в Чёрное море определённое количество фрегатов (проведено 8 ед.) можно считать первой и самой «дешёвой» попыткой создать Черноморский флот или же, так усилить созданную ранее Азовскую флотию, чтобы противостоять туркам. Единственным пригодным местом базирования судов оставался Таганрог, других баз просто не существовало. Далеко не всё удалось, однако привело к совершенно ясной мысли – надо найти место для строительства своих малых и больших кораблей на побережье Чёрного моря, надо создавать систему базирования для них.
По возвращении из Средиземного моря, 24 мая Ф.Ф. Ушаков был назначен командиром корабля «Святой Георгий Победоносец». Получается, что даже кратковременного отпуска не получил.
В декабре 1799 года по поручению Адмиралтейств-коллегии был командирован в Рыбинск и Тверь для доставки в Санкт-Петербург корабельного леса. Капитан-лейтенанту Ф.Ф. Ушакову предстояло принять командование над караваном речных судов с лесом для строительства кораблей в Санкт-Петербурге. Корабельный дубовый и сосновый лес заготавливали в центральной России и по рекам, в том числе по Вышневолокской водной системе, доставляли к месту назначения. Командировка в Рыбинск для Ф.Ф. Ушакова была приятной, поскольку город находился всего в 30 верстах от его родного дома, в котором он не был уже более четырёх лет. Поэтому скорее всего командировка была совмещена с отпуском капитан-лейтенанта.
Побывав дома и оформив купчую на приобретение от своего отца родового имения сельца Бурнакова (В.Д. Овчинников, 2014), в марте Ф.Ф. Ушаков принялся за организацию доставки леса. Как всегда в подобных случаях пришлось преодолеть ряд проблем. Тем не менее в середине июня лес был благополучно доставлен в Санкт-Петербург.
В августе указом Адмиралтейств-коллегии Ф.Ф. Ушаков был назначен командиром императорских яхт.