В этой должности он пробыл менее полутора месяцев. На зиму яхты были введены в галерную гавань, разоружены, а командиры и матросы определены «в прежние команды». Зимой Фёдору Фёдоровичу предложили вновь отправиться за корабельным лесом. Однако, после личного обращения к вице-призиденту Адмиралтейств-коллегии графу И.Г. Чернышёву (президентом с 1762 года был наследник престола Павел Петрович), капитан-лейтенант Ф.Ф. Ушаков был переведён в Кронштадт, в корабельную эскадру Балтийского флота. Понятно, что ему хотелось плавать…
Так миновал 1780 год. В начале следующего года Ф.Ф. Ушаков получил известие о смерти на 71-м году жизни отца Фёдора Игнатьевича. Для решения имущественных вопросов он ещё раз побывал дома.
Свой второй поход в Средиземное море Фёдор Фёдорович выполнил, будучи капитан-лейтенантом, в качестве командира уже не фрегата, а корабля «Виктор» в составе эскадры контр-адмирала Я.Ф. Сухотина во время, так называемого, «вооруженного нейтралитета».
«Вооруженный нейтралитет» был объявлен Россией во время войны Англии с Испанией и Францией, поддержавших США в борьбе за независимость (1779–1783 гг.). Военные действия развернулись на огромных пространствах – в Северной Америке, в Вест-Индии, в Ост-Индии, на океанских коммуникациях между ними. Важнейшей задачей воюющих государств стало обеспечение морских перевозок. Транспорты с войсками, оружием и имуществом, а также различными товарами сопровождались целыми эскадрами. Одновременно осуществлялась блокада портов противника и перехват его судов в море. Возникла серьезная угроза судоходству нейтральных стран.
Россия с самого начала войны за независимость США заняла осторожную позицию. Она отказалась предоставить за деньги войска Англии для подавления восстания в Северной Америке. Захват Англией судов нейтральных держав с конфискацией грузов послужил поводом для Екатерины II объявить 10 марта 1780 года вооруженный нейтралитет. Россия возглавила «Лигу нейтральных держав», в которую вошли, кроме неё, Швеция и Дания. В 1781 году к лиге также присоединились Австрия, Пруссия и Нидерланды, в 1782 году – Португалия, а в 1783 году – Королевство Обеих Сицилий. Декларация о вооруженном нейтралитете давала (объявляла) право нейтральным державам вести торговлю со всеми воюющими государствами, перевозить на своих судах принадлежащие им товары, за исключением оружия и военного имущества. Декларация имела большое значение для мировой торговли, в том числе позволила США продолжать торговлю с европейскими странами.
Для силовой поддержки декларации Россия в период 1780–1784 гг. направила в крейсерство в Норвежское море, в Северное море, вдоль западноевропейского побережья Атлантического океана и в Средиземное море тринадцать! эскадр. Данный факт по непонятным причинам не нашёл до сих пор достойного освещения и анализа в истории. Более того, он оказался искаженным. Например, в одном из самых солидных исторических трудов – в «Морском атласе» – сообщается о направлении лишь трех эскадр (т. III, Военно – исторический, описание к картам, с. 362. М., 1959).
Так вот, в одну из тринадцати эскадр под командованием контр-адмирала Я.Ф. Сухотина и вошёл корабль Ф.Ф. Ушакова. Командир эскадры хорошо знал Ушакова по совместной службе в Азовской флотилии ещё в русско-турецкую войну. Они отправились в Средиземное море на смену эскадре под командованием контр-адмирала И.А. Борисова, направленной туда годом раньше. Императрица отдала указание о подготовке эскадры в составе 5 кораблей и 2 фрегатов в конце февраля 1781 года. На этот раз, в отличие от направленной ранее эскадры контр-адмирала И.А. Борисова, предписывалось не зимовать в Средиземном море, а дойти до Ливорно, и «…если возможно стараться вернуться в Россию». В путь отправились необычно рано – 28 мая. Однако до Англии добрались только к 26 июля. Далее, никуда не заходя (по тем временам тоже необычное явление для русских мореходов), к середине августа прибыли в Ливорно. В Атлантике разминулись с возвращающейся в Россию эскадрой И.А. Борисова. Переход осуществляли в зоне военных действий в полной готовности вступить в войну.
Ещё по выходу из Балтийского моря на кораблях началась цинга. На корабле Ф.Ф. Ушакова она уносила жизни матросов практически ежедневно. 29 июля при проходе Гибралтара умер корабельный лекарь К. Миленберн. Всего на переходе в Ливорно на корабле умерло 47 человек (Овчинников, 2014).