28 мая 1777 года Адмиралтейств-коллегия готовила благодарственные грамоты, которыми следовало объявить Орлову-Чесменскому, Спиридову и Грейгу о награждении их деньгами за победы на Средиземном море. Полагая, что мужество и военные знания Грейга привели к истреблению турецкого флота в Чесменской бухте, Адмиралтейств-коллегия определила выдать ему из пожалованной на флагманов суммы «против прочих преимущественно», то есть больше в 1,5 раза. Высочайшим указом 23 июня 1777 года он был уволен в отпуск в Шотландию на четыре месяца с сохранением жалованья, причем для переезда дан кетбот или малый фрегат. Фактически Грейг отплыл на бомбардирском корабле «Страшный». 12 июля вице-адмирал был на борту, корабль вышел в море и 10 августа прибыл в Эдинбург.
29 сентября, по возвращении Грейга на борт, «Страшный» сразу же пошел обратным маршрутом, 12 октября миновал Копенгаген и 16 октября прибыл на Кронштадтский рейд. По прибытии Адмиралтейств-коллегия вновь поручила ему 2-ю флотскую дивизию и главное командование Кронштадтским портом.
18 января 1778 года Адмиралтейств-коллегия поручила командование дивизиями вместо Чичагова и Грейга А. Н. Сенявину и A. B. Елманову. Но и забот по руководству Кронштадтским портом, по внедрению усовершенствований в кораблестроение было немало. К примеру, в 1778 году принято предложение Грейга оборудовать крюйт-камеры фонарями новой конструкции.
В период «вооруженного нейтралитета», когда Англия продолжала действовать на основании своего Навигационного акта 1651 года, произошел инцидент, о котором в обществе говорили как о попытке англичан сжечь русские корабли. 11 мая 1780 года, когда флот стоял в Кронштадте, на корабле «Благополучие» появился дым. Следствие установило, что загорелся кулек с пенькой, углями и смолой. Виновных не нашли. Но 20 марта 1781 года подобный случай произошел на фрегате «Мария», где загорелась завернутая в парусиновую койку сажа, пропитанная маслом. В обществе появились слухи об измене Грейга.
Екатерина II в рескрипте 22 апреля 1781 года писала:
«Г. вице-адмирал Грейг! По случаю произшествия (пожара) на фрегате „Мария“, Мы повелеваем вам объявить всем на оном находящимся, чтоб они конечно открыли виновнаго тому произшествию, ибо если они не найдут его в течение времени от вас им на то определенного, то неминуемо подвергнут себя наказанию; да и действительно воля наша непременная есть, чтоб вы их в таком случае отдали под суд за оплошность и не наблюдение должности в деле таковой важности. О всем, что по сему происходить будет, вы должны уведомить Нас особо, кроме доношений о том и коллегии».
24 апреля в другом послании Грейгу Императрица человеколюбиво рекомендовала лучше освободить десять виновных, чем осудить одного невинного. Сама Екатерина II вспомнила, что похожий случай произошел на береговом складе с пенькой. Назначенная комиссия, в которую входил Грейг, провела восемь опытов и установила, что при определенном сочетании сажи с маслом она через некоторое время самовозгорается. Рескриптом от 28 апреля Императрица поздравила Грейга:
«Господин вице-адмирал Грейг. Поздравляя вас с открытием причины произшествию на фрегате „Мария“, желаем, чтоб люди невинные из экипажа того судна, содержащиеся под стражею по сему делу, освобождены были. Впрочем, уверены Мы, что вы не оставите принять всякие осторожности впредь от подобных случаев».
Вице-адмирал И. Л. Голенищев-Кутузов, член комиссии, в тот же день писал И. Г. Чернышеву о значении открытия:
«Может быть, не только для нас, но и всей Европе оказали мы услугу! Сколько невинных людей, может быть, пострадало! Признаюсь вам, что я такой причине пожар на корабле „Благополучие“ приписываю».
Со временем в практику всех флотов вошло правило не хранить вместе сажу и масло.