20 октября был издан и указ о вооружении эскадры В. Я. Чичагова для охраны Балтики. Так как правительство России не рассчитывало вести войну одновременно на севере и юге, лучшие корабли и людей направляли Грейгу, а на Балтийском море оставалось мало сил, которые предстояло удвоить прибывавшим из Архангельска новопостроенным кораблям.
28 октября Адмиралтейств-коллегия вызвала Грейга, чтобы обсудить высочайший указ и принять решение о подготовке судов для экспедиции. Было решено выделить корабли «Трех Иерархов», «Чесма», «Саратов» (100-пушечные), «Ярослав», «Владислав», «Елена», «Мстислав», «Всеслав», «Святой Петр», «Кир-Иоанн» (74-пушечные), «Вышеслав», «Родислав», «Болеслав», «Мечеслав», «Изяслав» (66-пушечные), фрегаты «Возмислав», «Подражислав», «Премислав», «Брячислав», «Надежда благополучия», «Слава», бомбардирские корабли «Перун» и «Гром». В числе восьми катеров отправляли пакетбот «Поспешный» и три строящиеся, а остальные следовало приобрести в Англии или «где способнее». Предстояло выписать к весне 1787 года из Англии 330 30-фунтовых пушек и 100 24-фунтовых карронад для вооружения в первую очередь 100-пушечных кораблей. В соответствии с императорским указом от 20 октября были приняты также решения о снабжении эскадры, о транспортных судах и т. п.
Так как для доставки на Средиземное море войск и необходимых грузов казенных транспортов недоставало, было решено нанять коммерческие. Императрица предпочитала в таком важном деле обойтись без иностранцев. Об этом свидетельствует высочайший указ Грейгу в октябре о том, чтобы нанять отечественные суда с командами из отечественных же водоходцев, принятых добровольным наймом. 29 октября последовал указ о передаче судов и имущества, подготовленных для кругосветного плавания, в распоряжение Архипелагской экспедиции.
19 декабря 1787 года Императрица подписала указ Грейгу о приобретении пушек Карронской компании для 4 100-пушечных кораблей. Корабли эти готовили также в Архипелагскую экспедицию. Грейг использовал весь свой опыт — он не только улучшал артиллерию на новых кораблях, но и постарался применить на них замки вместо фитилей; для предохранения от обрастания подводную часть всех отправляемых на Средиземное море кораблей обшивали медью.
С 8 января 1788 года Императрица сообщила Грейгу о выделении войск для Архипелагской экспедиции. Соответствующий указ в тот же день был отдан Военной коллегии; в нем Грейга именовали главным Начальником морских и сухопутных сил, на Средиземное море отряженных. 12 февраля Грейга известили высочайшим указом, что для командования сухопутными силами на Средиземном море назначен генерал-поручик Заборовский.
На кораблях не хватало моряков, и 15 января 1788 года Грейгу по его представлению было разрешено назначенных для строения каменной гавани рекрутов по мере завершения работ переводить в матросы. 17 марта младшими флагманами определили вице-адмирала В. П. Фондезина, контр-адмиралов Т. Г. Козлянинова и А. Г. Спиридова[4], а других командиров следовало назначать по согласованию с Грейгом. Императрица выделила необходимые средства и торопила флагмана, ибо от Архипелагской экспедиции зависел исход войны с Турцией. 13 мая высочайшим указом она предписала адмиралу:
«Из назначенного для отправления на Средиземное море флота три 100-пушечныя корабля, как скоро готовы и на рейду выведены будут, прикажите тотчас по снабдению их всем потребным не теряя ни малого времени послать их вперед под командою вице-адмирала Фондезина, дабы они до прибытия вашего с прочими в Копенгаген могли успеть потребную для перехода чрез Зунд разгрузку сделать, и прошед оный вас в Копенгагене дожидаться. О дне отправления их Нас уведомите».
Уже на следующий день, 14 мая, Грейг донес коллегии, что приказал Фондезину вывести на рейд корабли «Саратов», «Трех Иерархов», «Чесма» и транспорты, назначенные для разгрузки кораблей в Зунде, и обещал приложить все старания к скорейшему их отправлению.