Ушаков, наблюдавший штурм, в тот же день послал капитана 2-го ранга Поскочина с кораблем «Святая Троица», фрегатами «Сошествие Святого Духа», «Счастливый» и судном «Красноселье» к острову Кефалония с задачей взять крепость и батареи, по возможности без кровопролития, и овладеть французским имуществом. Вице-адмирал сообщал, что с населением уже есть договоренность о совместных действиях. 16 октября остров был занят без боя, а гарнизон бежал в горы, преследуемый жителями, и там сдался.
Наиболее сложную самостоятельную задачу Ушаков поставил капитану 1-го ранга Д. Н. Сенявину. Считая Сенявина способным офицером, он отдал ему 18 октября 1798 года ордер с кораблем и фрегатом, присоединив турецкие корабль и фрегат, идти для освобождения острова Санта-Мавра. 20 октября Ушаков предписывал поторопиться с овладением островом и идти сразу после установления на нем порядка к Корфу. Сам командующий также выступал в Корфу, намереваясь зайти по пути на Кефалонию.
Выходя в плавание, вице-адмирал направил прямо к Корфу отряд капитана 1-го ранга И. А. Селивачева с 2 кораблями и фрегатом для блокады острова, чтобы не допустить доставки гарнизону подкреплений и грузов. Ушаков предписывал установить связь с местными уважаемыми жителями и постараться склонить французов к сдаче. В подкрепление Селивачеву были даны турецкие корабль и два фрегата. 29 октября для поддержки к Корфу были направлены корабль «Святая Троица» и два лучших турецких фрегата под командованием капитана 2-го ранга И. С. Поскочина.
Сам Ушаков задержался в пути. 21 октября он заходил на Кефалонию, чтобы учредить там порядок и местное самоуправление, и 29 октября направился к Корфу. Однако пришлось зайти 31 октября к Санта-Мавре, где французский гарнизон проявил твердость. Сенявин с помощью местных жителей подготовил лестницы, фашины и все прочее, необходимое для штурма. Но штурмовать не пришлось. 1 ноября Ушаков направил гарнизону крепости предложение капитулировать. Очевидно, появление всей эскадры под флагом известного флотоводца сыграло свою роль: в тот же день французы направили двух офицеров для переговоров. 3 ноября капитуляция была подписана, 5 ноября Сенявин принял крепость. 3 ноября Ушаков и Кадыр-бей выдали открытый лист на самоуправление также жителям Каламо и Кастро, входившим в Ионические острова. 7 ноября, отправив пленных в Патрас, эскадра Ушакова направилась к Корфу, оставив на время у острова Санта-Мавра корабль «Святой Петр» и фрегат «Навархия» для принятия артиллерии, снарядов и припасов с берега. Вице-адмирал уже готовился к тому, что взятие Корфу окажется нелегким.
Ушаков рапортовал Павлу I о действиях эскадры и отличившихся при взятии островов. Известия его доходили до Петербурга нескоро. Только 28 ноября было подписано повеление Павла I наградить орденами офицеров эскадры за взятие Цериго. Ушаков получил бриллиантовые знаки ордена Святого Александра Невского. 13 декабря последовал указ о награждении участников взятия острова Занте, 8 января 1799 года — за взятие Санта-Мавры и Кефалонии. За взятие Занте Ушаков 21 декабря 1798 года был награжден орденом Святого Иоанна Иерусалимского и получил командорство в 2000 рублей.
Любопытно, что командующий участвовал во взятии всех островов, от Цериго до Корфу. Посылая вперед отряд, сам он прибывал позднее, в решающей момент. Следовательно, высокие награды были им заслужены.
Кроме Ионических островов, появились проблемы на материке. Жители городов Парги и других обратились к Ушакову с просьбой взять население под покровительство. 19 октября 1798 года он послал обращение к жителям бывших владений Венеции, что Россия и Оттоманская Блистательная Порта берут их под покровительство на тех же правах, что и жителей островов. 25 октября вице-адмирал обратился к жителям Парги и Паксо с предложением вести совместную борьбу против французов. Но в тот же день войска албанского правителя Али-паши из Янины после разгрома французского отряда захватили город Превезу и устроили резню. На следующий день вице-адмирал направил Али-паше Янинскому в письме сообщение, что русско-турецкое командование берет под покровительство население островов и прибрежных городов, желающих содействовать в борьбе с французами. Но жители Парги прислали к Ушакову депутацию, прося защитить город, ибо Али-паша отказался признать особые права паргиотов. 29 октября вновь вице-адмирал писал паше Янинскому, что берет под защиту Паргу, поднявшую флаги союзных держав, и требовал освобождения российского консула Ламброса, захваченного в Превезе. В письме Томаре он сообщал, что поведение Али-паши внушает тревогу и на островах и просил, чтобы Блистательная Порта повлияла на пашу.
Особую остроту ситуации придавало то, что именно на помощь Али-паши приходилось рассчитывать Ушакову при взятии Корфу, ибо своих войск было немного. Вскоре все эти трудности проявились на практике.
Корфу