Уже 12 ноября Ле-Жоаль проверил боеспособность союзной эскадры. «Женерё» при умеренном южном ветре направился в Южный пролив и вел перестрелку с кораблем «Троица», когда же «Захарий и Елисавета» попытался приблизиться, то француз по ветру под всеми парусами отошел к крепости. Вскоре он повторил попытку, на сей раз против русского флагманского корабля. Здесь сражение оказалось более серьезным. Из-за дальности большие пушки действовали навесным огнем. После перестрелки, в которой «Святой Павел» показал свое преимущество, «Женерё» возвратился под крепость с повреждениями: на нем была разбита кормовая галерея, сбит гик с флагом, сделано несколько пробоин и убито 8 человек, тогда как «Святой Павел», кроме нескольких перебитых снастей, ущерба не понес, а на «Троице» ядро пробило бизань-мачту. Флагман приказал лавировать в готовности, кроме патрульных, кораблю «Магдалина», фрегатам «Николай» и турецкому, но после отхода противника они вернулись на свои места.
13 ноября флагман дал приказ капитану Кикину высадить десант из сотни гренадер и мушкетеров, которым предстояло при помощи местных жителей выдвинуться к крепости и постараться, изображая большую силу, заставить французов оставить внешние укрепления. Началось оборудование батареи. У Кикина и артиллерийского лейтенанта Ганфельда было всего 128 человек, которые к 15 ноября установили на холме у деревни Мандуки севернее крепости батарею из 2 картаульных единорогов, 53-фунтовой гаубицы, 2 такого же калибра мортир и 4 малых полевых пушек. В тот же день началась канонада. Батарея и орудия крепости вели перестрелку днем и ночью. Французы делали вылазки, но с кораблей сразу посылали подкрепление, так что на батарее бывало не менее 300 человек, которые отбивали атаки, а местные жители и турки, расположенные поблизости, пресекали попытки французов захватывать продовольствие в соседних деревнях.
В отличие от других островов, где французы быстро капитулировали, на Корфу они собирались защищаться и совершали набеги на ближайшие деревни для пополнения запасов провианта. Посему корфиоты разделились на сторонников и противников французов. Сторонники исходили из того, что деревни противников французы разоряли; кроме того, они не доверяли туркам. В частности, возникла опасность, что жители деревни Горицы могут выступить в поддержку французов, чтобы не подвергаться их набегам и разорению. Ушаков, зная об этом, 15 ноября обратился к жителям с посланием. Он обещал защиту от нападений, но угрожал, что, если жители Гориц присоединятся к неприятелю, высаженные на берег албанцы сожгут деревню.
Очевидно, население предпочло выступить против французов. Около полудня 17 ноября посланцы деревень Беницы и Горицы прибыли на «Святой Павел» и обратились к Ушакову с просьбой о защите. При недостатке сил флагман не торопился с сооружением батареи южнее крепости, ибо наличные корабли были заняты, и ожидал прибытия подкреплений. Но жители просили дать для начала две-три пушки с небольшим числом людей и обещали, что им в помощь будет до двух тысяч вооруженных людей. Ушаков согласился. 17 ноября, отдавая ордер лейтенанту М. И. Ратманову о перевозке на шебеке «Святой Макарий» грузов для постройки батареи у церкви Святого Пантелеймона, вице-адмирал сообщал ему, что батарею будут сооружать сами жители. Постройку он поручил инженеру Маркати, а пушки, артиллеристов и офицеров следовало выделить капитану 2-го ранга Поскочину. Батарею соорудили в одни сутки; не дожидаясь подкреплений, Маркати открыл по крепости огонь, причинивший ей значительный ущерб.
Французы не смирились. 20 ноября, до прибытия союзных подкреплений, около шестисот человек французских войск атаковали южную батарею. Полторы тысячи местных жителей, непривычные к бою, сразу рассеялись, и 17 защитников батареи, включая поручика Кантарино и инженера Маркати, были взяты подавляющим противником; только 2 канонира и 2 солдата успели бежать и спастись на борту шебеки. Во время первой вылазки из крепости оборонявшиеся перестреливались с северной батареей, а позднее направили на нее тысячный отряд. Но здесь они встретили отпор. На батарее были 310 русских, сотня турецких воинов, 30 албанцев капитана Кирко и несколько местных жителей под общей командой капитана Кикина. Островитяне разбежались при подходе неприятеля. Французы атаковали решительно с трех сторон, но были встречены ружейно-пушечным огнем. Бой продолжался до вечера. Защитники штыками отбросили нападавших и вернулись на батарею, куда уже прибыло подкрепление с эскадры. Французы потеряли свыше сотни человек только убитыми; русские лишились 31 человека убитыми, ранеными 72, в том числе трех офицеров. После этой вылазки французы не решались более атаковать батарею и ограничивались набегами в южную часть острова за продовольствием. Но и здесь они получали отпор от десантных войск и расположенных поблизости албанцев.
После сооружения батарей возникла новая проблема. На эскадре не было избытка боеприпасов, и пришлось отдать приказ экономить снаряды, пока не пришли остальные корабли.