Опасной оставалась позиция Али-паши, которого Ушаков обвинял в самовластии и саботаже. В частности, из 12 тысяч войск, которые должны были поставить турецкие паши, они прислали очень мало, ибо опасались владетеля Янины. Сообщая о переписке Али-паши с французами, вице-адмирал докладывал, что ему удалось (видимо, намекая на опалу султана) заставить непокорного пашу обещать прислать столько войск, сколько потребует главнокомандующий, чтобы их число не превышало численность войск других пашей. Понятно, что флагман опасался вероломства палача Превезы. Но Али-паша не торопился выполнять обещания, и момент решительного штурма никак не приближался.
Докладывая Императору о просьбе неаполитанского правительства помочь действиями против Анконы, вице-адмирал ожидал указаний, что делать, пока Корфу не взят и нет провизии. С другой стороны, Нельсон в письме намекал, что английская эскадра при Александрии долго не получает союзной помощи. Однако Ушаков был твердо уверен, что, пока не взят Корфу, нельзя распылять силы. 21 декабря он сделал замечание Селивачеву за его сомнение, сможет ли он с наличными силами не выпустить неприятельские корабли, и напомнил, что поддержкой ему при необходимости послужат корабли турецкого вице-адмирала, с которым следовало договориться о взаимодействии.
Следующий день флагман вновь посвятил просьбам. Он писал Кадыр-бею, чтобы тот снесся с Портой об оплате нанятых для осады 300 албанцев. О доставке продовольствия письма пошли Шукри-Эфенди, Мавро Михайли и Морейскому паше.
А французы проявляли активность на море. 25 декабря сквозь русскую блокаду на остров при поддержке французских кораблей прошла бригантина. При этом завязался бой. 26 декабря Ушаков сделал выговор А. Влито за то, что тот пропустил это судно, которое было удобно перехватить именно легким судам. Селивачеву он дал приказ тщательно защищать Южный пролив с выделенными ему судами. Так как в море виднелись несколько судов, вице-адмирал послал отряд Сорокина для наблюдения за противником в Южном проливе, а капитан-лейтенанта Константинова направил с той же целью к Северному. Селивачева он отозвал за пропуск судна и назначил командовать судами в Южном проливе капитана 1-го ранга Д. Н. Сенявина; в тексте приказа Ушаков обвинил Селивачева в том, что тот помешал шебеке «Макарий» взять неприятельское судно. Капитан-лейтенант Шостак получил выговор за то, что в бою подвел свой фрегат слишком близко к береговым батареям, рискуя получить без необходимости повреждения, которые негде было бы исправлять. Шостаку с фрегатом «Григорий Великия Армении» и шебекой «Макарий» следовало встать вблизи деревень Беница и Горица, чтобы защитить население, мельницы и склады зерна от набегов французов с моря или суши; при появлении неприятельских кораблей следовало отбить их атаку, стоя на шпринге. На время с ним оставались два корабля.
Итак, все суда были в действии. Посему, узнав о стоянке шедшей на подкрепление из Севастополя эскадры Пустошкина при Занте, Ушаков 29 декабря подготовил ордер контр-адмиралу идти к Корфу. На следующий день он приказал лейтенанту И. Бутакову с «новокупленной» бригантиной идти от острова Санта-Мавра к главным силам, взяв запас провизии на две недели. Флагман собирал к острову все, что возможно, чтобы не позволить противнику ускользнуть и разбить его наголову.
Тем временем Томара получил предложение Нельсона направить Ушакова к Анконе в помощь неаполитанцам. 31 декабря посол писал вице-адмиралу, что взятие Корфу остается главным предприятием русской эскадры, и рекомендовал направить к Анконе сильный отряд. Посол сообщал, что Порта посылает Али-паше повеление иметь с Ушаковым дружественные сношения и установить в Парге правление аналогичное тому, что организовали на Ионических островах. Томара считал, что в переговорах с непокорным пашой авторитет Ушак-паши может сыграть роль большую, чем фирманы султана. Он сообщал, что паше Авлонскому велено доставить войска, коих у него до трех тысяч, преимущественно христиан; писал Томара также о подписании русско-турецкого союзного договора 27 декабря и о присоединении к нему англичан.
Только 30 декабря 1799 года эскадра контр-адмирала Пустошкина прибыла к Корфу. Получив это подкрепление, Ушаков мог усилить крейсерство. 3 января он послал Пустошкина с его линейными кораблями, фрегатами «Казанская Богородица», «Счастливый» и 2 турецкими за остров Фано до Авлона, чтобы обнаружить французские корабли (о которых сообщали ранее шкиперы торговых судов) и стараться их взять или уничтожить.
На ночь принимали особые меры предосторожности. От каждого корабля Ушаков требовал вооруженную шлюпку с офицером; эти гребные суда до утра патрулировали стоянку эскадры. Дальше в море направляли трофейные полугалеры. С кораблей на смену посылали новых десантников для обслуживания батарей, направляли продовольствие.