Вечером 26 января флагман по обыкновению приказал собрать по вооруженной шлюпке с каждого корабля для ночного патрулирования; в крейсерство к востоку, между островом Видо и албанским берегом, вышли полугалеры майора Маниота и гардемарина Драгиевича. Ничто не предвещало необычного. Но в исходе двадцать первого часа четыре ракеты, пущенные с одного из дозорных судов, сообщили о выходе больших судов. Ушаков немедленно приказал отправиться в погоню кораблям «Захарий и Елисавета» и «Богоявление»; те направились к Южному проливу, где началась пальба. Вскоре появился сигнал полугалеры о бегстве крупных кораблей. Ушаков послал мичмана Метаксу на турецкий контр-адмиральский корабль, но турок отказался идти, и пришлось отправить турецкий фрегат и фрегат «Панагия Апотуменгана». Вернувшийся после полуночи Драгиевич сообщил, что видел два судна, одно из них большое, которые шли к северному проливу без огней. Утром на обычных местах не увидели «Женерё», бриг и галеру.
В тот же день, 27 января, Ушаков писал о бегстве «Женерё» Томаре. Он надеялся, что крейсирующая эскадра контр-адмирала Пустошкина перехватит неприятеля. Вице-адмирал сокрушался, что не может взять остров. По-прежнему не хватало войск, а те, что уже прибыли, оказались без запаса пороха, пуль и провизии. Не было осадной артиллерии. Истощался запас снарядов к существующим пушкам, и ради экономии приходилось редко стрелять по крепости. Почти все труды по осаде лежали на эскадре. После отправки в крейсерство Пустошкина, а также русского и турецкого фрегатов к Бриндизи, флагман располагал столь небольшими силами, что не мог осуществлять серьезные предприятия и с трудом обеспечивал блокаду и деятельность батарей. Вице-адмирал, опасаясь обвинений в бездействии, вполне резонно писал, что никто не может вообразить взятие такой крепости только силами флота, но все же он продолжает работы и намечает скоро атаковать Видо.
Ушаков располагал всего двумя тысячами российских солдат против трех тысяч французских в крепости; албанских войск к тому времени насчитывалось всего три-три с половиной тысячи, вчетверо меньше обещанного. Как человек предусмотрительный, вице-адмирал полагал, что этого недостаточно.
Тревогу вызывало положение Неаполитанского королевства. Разгром его армии грозил выходом французов к Корфу по суше. Возрастала опасность высадки десанта. Подкрепление гарнизону Корфу сделало бы штурм крепости невозможным.
Верховный визирь Юсуф Зия-паша в письме рассыпался в похвалах вице-адмиралу, сообщал, что султан выделил Ушакову на расходы тысячу червонцев, и надеялся на успех во взятии Корфу. Адресат его был менее любезен и в ответном послании писал, как мало войск выделили паши, о нехватке пороха, свинца, провизии и о том, что недостаток войск препятствует взятию острова. О том же он вновь напоминал Али-паше и морейскому губернатору.
Тем временем появилась новая задача. Томара 29 января направил Ушакову копию письма Кушелева; тот поручал доставить на Мальту гарнизон из войск генерал-поручика Германа, который направлялся по суше к берегам Адриатического моря. Ввиду особого беспокойства за судьбу Неаполитанского королевства следовало одно-два судна держать в Отранто для доставки известий из Неаполя. Кроме того, коммодор Смит опять приглашал русско-турецкую эскадру, правда, уже не к Александрии, а к восточной стороне Кандии (Крита). Все это грозило дальнейшим дроблением сил. Единственным утешительным стало сообщение, что из 3 французских кораблей, предназначенных для действий против Корфу, два со штормовыми повреждениями вернулись в Анкону, а судьба третьего оставалась неизвестной.
С другой стороны, еще 30 января Ушаков не знал, что сталось с 2 кораблями и 2 фрегатами, посланными в погоню за «Женерё». Блокирующая эскадра стала еще меньше.
Тем не менее осадные работы продвигались. К 30 января полковник морской артиллерии Юхарин южнее крепости, у церкви Святого Пантелеймона, устроил батарею на 13 больших и несколько меньших орудий; с 10.00 эти орудия начали обстрел крепости. Французы готовили вылазку, но, так как со всех кораблей был свезен десант, отказались от крупных действий, ограничившись перестрелкой с албанцами.
Все же противник еще способен был нанести контрудар, и 1 февраля Ушаков вновь писал Али-паше, требуя прислать его сына Мустафу-пашу с четырьмя тысячами воинов либо определенно отказать в помощи. Судя по тексту письма, Али-паша в предшествующем послании обвинил русское командование в больших потерях войск, и вице-адмиралу пришлось отвечать, что сведения о гибели на батареях одновременно десятков солдат неверны. Отмечая храбрость албанцев в бою, он сетовал, что они не докладывают ему о своих действиях и потерях.