В конце 1944 года настроение Менгеле стало ухудшаться. Он понял, что война, скорее всего, проиграна. Он боялся, что все его научные открытия достанутся победителям.
К нему во второй раз приехала его жена, Ирена. Они жили в отдельном домике, ему полагалась прислуга. Они гуляли, собирали черную смородину, и Ирена варила из нее джем. Она не задавала лишних вопросов, Менгеле ничего лишнего не рассказывал.
17 января 1945 года под грохот артиллерии наступающей Красной армии Менгеле покинул Освенцим. Было приказано уничтожить все материалы проводившихся в лагере экспериментов. Наиболее важные бумаги Менгеле взял с собой.
Первые советские солдаты вошли в Освенцим днем 27 января и обнаружили тела шестисот пятидесяти узников, расстрелянных эсэсовцами.
Менгеле получил назначение в концлагерь в Силезии, где с начала 1942 года над советскими военнопленными проводились опыты в сфере подготовки бактериологической войны. Но там он долго не задержался. Остановить наступление советских войск было уже невозможно. Менгеле двигался на запад вместе с отступающими частями. Он выбросил личные документы и сменил мундир офицера СС на китель офицера вермахта.
2 мая Менгеле оказался в Судетах, в военном лазарете № 2/591. Среди врачей нашелся знакомый с довоенных времен доктор Ганс Отто Калер. Он тоже занимался вполне официальными исследованиями близнецов у того же профессора во Франкфурте-на-Майне.
В тот же день, 2 мая, по радио сообщили о том, что Гитлер мертв. Менгеле попросил старого приятеля устроить его в штат лазарета. Здесь в лазарете он сошелся с одной медсестрой, которой очень доверял. Он даже передал ей свои лагерные записи. Он понял, что в плену медсестру держать не станут и принадлежащие ей бумаги никого не заинтересуют.
Лазарет передвигался на запад. Врачи надеялись, что на них вообще никто не обратит внимания. Но в конце июня американцы всех задержали и отправили в лагерь для военнопленных. Как и предполагал Менгеле, медсестру сразу отпустили.
Когда он оказался в плену, Менгеле спасло то, что у него не было обычной для эсэсовцев татуировки — им под мышку наносили группу крови.
В свое время он убедил начальство, что в татуировке нет смысла: профессиональный врач в любом случае сделает элементарный анализ крови, прежде чем начинать переливание. Впрочем, его жена говорила, что Менгеле просто не захотел портить татуировкой свою гладкую кожу. Менгеле боготворил собственное тело и подолгу рассматривал себя в зеркало.
Иозеф Менгеле, лагерный врач из Освенцима, был включен в список военных преступников, составленный комиссией ООН по военным преступлениям. Оставшиеся в живых узники Освенцима описывали польским, французским, югославским, чешским и британским властям врача-эсэсовца, который проводил преступные эксперименты на живых людях.
Но в послевоенной неразберихе Менгеле удалось ускользнуть. Список разыскиваемых преступников распространялся по лагерям для интернированных солдат вермахта, но, вероятно, попадал не во все лагеря, и, надо полагать, не все союзнические офицеры внимательно его изучали.
Американцы старались быстрее освободить бывших солдат вермахта, чтобы они занялись восстановлением разрушенной Германии. Старые друзья снабдили Менгеле фальшивыми документами и отправили работать в деревню, считая, что там его не станут искать. Крестьяне охотно нанимали молодых парней, не успевших снять форму вермахта.
Хозяйство было небольшим — выращивали картофель, пшеницу, держали дюжину молочных коров. Хозяева уставили весь дом горшками с геранью. Менгеле жил в спартанской обстановке: в комнате была только кровать и умывальник.
Хозяева запомнили Менгеле как человека, который съедал все, что ставилось на стол, и выпивал целый литр молока. Говорил он мало. Никогда еще он так много не работал. Он был крепок и со всем справлялся. Не умел только доить коров. Он выполнял все, что ему приказывали, и пребывал в хорошем настроении. К нему никто не приходил, и он не покидал ферму. Хозяева сочувствовали Менгеле, молодому парню, которому приходится скрываться.
Только один раз Менгеле почувствовал непосредственную угрозу. На ферму пришли двое немецких полицейских. Он показал свои фальшивые документы, и они ушли.
В 1946 году Менгеле попросил хозяев подписаться на местную газету. Он увидел, что его имя мелькает в газетах. Бывший комендант Освенцима давал показания на Нюрнбергском процессе. Он рассказывал о медицинских экспериментах и о роли Менгеле. В декабре 1946 года американцы посадили на скамью подсудимых двадцать три врача-эсэсовца. Семерых приговорили к смертной казни, пятерых — к пожизненному заключению.