Для обеспечения действий войск с воздуха в распоряжении командующего имелись четыре авиационных и три вертолетных полка. Общая численность личного состава ОКСВ достигла 108,8 тыс. человек, в том числе в боевых частях — 73 тыс. Это была самая боеспособная группировка за весь период пребывания советских войск в Афганистане, однако взгляды на их применение существенно изменились.
В связи со сменой руководства в СССР впервые открыто заговорили об афганской войне как о вредном явлении, навязанном стране и народу небольшой группой старых политиков. В связи с этим наметилась тенденция к постоянному устранению советских войск от активной боевой деятельности, уменьшению частоты и масштабности проводимых ими операций и боев, сужению границ контролируемых районов. Частые операции стали проводиться афганскими частями, а советская сторона осуществляла их авиационное, артиллерийское и инженерное обеспечение. Лишь в исключительных случаях советское командование шло на проведение крупномасштабных операций. Примером тому может служить операция, проведенная в 1986 году по разгрому хорошо оборудованной базы моджахедов в округе Хост.
В этом периоде афганским руководством была начата работа по созданию вооруженных отрядов самообороны путем переговоров с местными вождями племен и старейшинами. Там, где удавалось этого достичь, антиправительственная деятельность прекращалась и жители, уставшие до предела от братоубийственной войны, с радостью возвращались к мирному труду. Большим политическим успехом государственной власти было установление мира с рядом пуштунских племен на границе с Пакистаном. Имелись положительные результаты на переговорах с местными вождями и религиозными авторитетами в целом ряде других районов страны, особенно на севере.
Наряду с этими мероприятиями продолжалась большая работа по укреплению вооруженных сил. Принимались меры по усилению воинской дисциплины, началась решительная борьба с дезертирством, была провозглашена полная свобода вероисповедания. В армии были введены штатные должности мулл и открыты курсы по их подготовке.
Реакция правительственной оппозиции на снижение боевой активности советских войск была неоднозначна. С одной стороны, они воспользовались этим, чтобы расширить сферы своего влияния в стране прежде всего мирным, идеологическим путем. С другой — опасаясь выхода из борьбы больших масс крестьянства, уставшего от войны и стремившегося вернуться к мирной жизни, душманские лидеры были вынуждены постоянно поддерживать напряженность в стране, раздувая пламя гражданской войны. Основные группировки, действующие активно, находились в провинции Лагар, Нангархар, Пактия. И в мае 1986 года под руководством командующего армией генерал-майора В.П. Дубынина в этих провинциях проводится ряд операций, в которых принимали участие советские и афганские войска. В этом же году проводится операция в округе Хост по разгрому базового района оппозиции. Эту операцию планировалось провести только силами афганских войск при поддержке советской авиации. Руководителем при проведении операции был назначен заместитель министра обороны ДРА генерал-майор Наби Азими. В ходе операции стало ясно, что по ряду причин самостоятельно афганские войска не смогут решить задачу, а это приведет к дальнейшему падению их морального духа и авторитета. И советские войска приняли участие в данной операции, прикрывая фланги и тыл афганской группировки, поддерживая их огнем своих средств. При уничтожении мелких группировок оппозиции афганские войска действовали самостоятельно.
Главным событием третьего периода войны стал вывод из Афганистана во второй половине 1986 года шести полков 40-й армии (двух мотострелковых, танкового и трех зенитно-ракетных). В результате чего численность личного состава уменьшилась на 15 тыс. человек, танков — на 53 единицы, БМП (БТР) — на 200 единиц.