Начало четвертому периоду было положено в декабре 1986 года Чрезвычайным пленумом ЦК НДПА, который провозгласил курс на национальное примирение. К этому времени здравомыслящим людям стало ясно, что военного решения афганской проблемы не существует. Принятие курса «национального примирения» отражало реально сложившуюся в стране обстановку, когда невозможно было достичь окончания войны военными средствами. Однако воплощение политики примирения в жизнь стало возможным только после проведения по инициативе Советского Союза целого комплекса предварительных мер, создавших для этого необходимую почву. Главным и решающим шагом было согласованное с афганским руководством решение правительства СССР о начале вывода советских войск из Афганистана при условии прекращения вооруженной помощи афганским мятежникам со стороны Пакистана и других стран. Новое политическое мышление, предусматривающее отказ от военных методов решения спорных международных вопросов, с которым выступил Советский Союз, привело в Женеву за стол переговоров правительства Афганистана и Пакистана при участии СССР и США. Результатом этих переговоров стало подписание Женевских соглашений по вопросам политического урегулирования положения вокруг Афганистана.
Начиная с января 1987 года советские войска практически прекратили наступательные боевые действия и вели бои только в случае нападения на них мятежников. Исключение составляет проведенная в 1987 году крупнейшая за все время войны в Афганистане совместная операция советских и афганских войск «Магистраль» в провинции Пактия по доставке народно-хозяйственных грузов из Гардеза в Хост с разгромом крупных сил мятежников, блокировавших дорогу, в которой участвовали силы пяти дивизий. В последующем действия советских войск свелись к контролю за основными жизненно важными участками дорог, подготовке и обеспечению выхода из Афганистана.
В 1988 году правительство Наджибуллы лихорадочно искало пути претворения в жизнь политики национального примирения. В партийной жизни основной задачей стало укрепление и консолидация рядов НДПА. Во внешней политике был взят курс на развитие отношений со всеми странами, неприсоединения ни к каким блокам. В военной области продолжились мероприятия по превращению армии в силу, способную самостоятельно защитить существующую в стране власть. Однако ни одно из проведенных мероприятий на практике не приблизило конец войны.
Оппозиция на призывы правительственной политики национального примирения ответила отказом. Ее лидеры заявили, что будут продолжать «джихад» до тех пор, пока последний советский солдат не покинет территорию Афганистана. Они усилили агитационную работу среди местного населения, повысили интенсивность вооруженной борьбы, провели серию террористических актов.
Сложной и трудноразрешимой задачей в политике примирения и прекращения огня являлся вопрос отношений с шиитским Ираном и вооруженными отрядами его приверженцев и единоверцев в самом Афганистане. Иран не признал Женевского соглашения четырех сторон, отказавшись от его подписания в качестве пятой заинтересованной стороны. Он не поддавался влиянию — международных авторитетов и не собирался отказывать в военной помощи оппозиции, а также ликвидировать на своей территории центры по подготовке моджахедов. В этих условиях 7 апреля 1988 года советское правительство приняло решение о полном выводе ограниченного контингента советских войск из Афганистана. Вывод был осуществлен в два этапа. На первом (с 15 мая по 16 августа 1988 г.) численность войск была уменьшена в два раза. Затем, после трехмесячного перерыва, необходимого для решения ряда организационных задач, наступил второй этап, длившийся три месяца (с 15 ноября 1988 г. по 15 февраля 1989 г.).
Вывод войск на обоих этапах планировался и проводился как крупномасштабная армейская операция, в которой участвовало большое количество сил и средств. Благодаря этому вывод войск был осуществлен успешно. Вооруженные формирования оппозиции, готовясь к широкомасштабной борьбе за власть внутри страны, не препятствовали выходу соединений и частей 40-й армии. 15 февраля 1989 года последняя часть покинула территорию Афганистана. Так была перевернута еще одна страница истории многострадального советского народа, задуманная и начатая несколькими политиками в Кремле, а написанная кровью и потом многих тысяч простых людей на земле Афганистана.
Вооруженные формирования оппозиции
Предварительная агентурная разведка и оперативное прогнозирование обстановки, расстановки правительственных и оппозиционных сил, а также ряд других факторов советским руководством до начала ввода войск в Афганистан проведен был крайне поверхностный.
В Афганистане советские войска встретились с необычным для них противником в лице воинских формирований правительственной оппозиции. Ими руководили партии и организации различной политической и идеологической направленности — от промонархических до ультралевых. История их формирования и развития была достаточно бурной.