Некоторое время старец Нектарий одновременно руководил школой и монастырем, но вскоре он уходит из школы, и переселяется на остров Эгина. Двенадцать последних лет своей жизни он проведет на этом острове, который в скором времени станет местом паломничества для многих верующих. А пока предстояло много работы по восстановлению монастыря… Духовные чада старца рассказывали, что владыка не гнушался никакой работы: сажал деревья, разбивал цветники, убирал строительный мусор, шил тапочки для монахинь. Он был безгранично милостивым, быстро отзывался на нужды бедных, часто просил монахинь отдать последнюю еду бедным посетителям. По его молитвам на следующий же день в монастырь привозили продукты или денежные пожертвования…
Как-то раз к владыке за помощью обратилась бедная пожилая женщина. Она рассказала, что на ее оливковое дерево «напали красные мошки», которые уничтожают листья дерева, просила благословить оливу. Владыка осенил дерево крестом, и, ко всеобщему удивлению присутствующих, с дерева поднялось облако мошек и улетело. Однажды, когда рабочие возили из монастыря известь в деревню, чтобы гасить ее около колодца, вода в колодце кончилась. Сырая известь могла быстро затвердеть, и стала бы непригодной для работы. Старца известили о случившемся. Владыка сам пришел к колодцу и благословил рабочих закончить работу. К всеобщему удивлению, после ухода владыки колодец быстро наполнился водой. Работа была успешно закончена.
Духовные чада старца рассказывали, что благодаря молитвам старца Нектария не только обстановка на острове изменилась в лучшую сторону (прекратились разбой и грабежи), но изменился и климат. Крестьяне не раз обращались за молитвенной помощью к старцу во время засухи: по молитве владыки Нектария благодатный дождь сходил на землю. По свидетельству монахинь, многие почитали владыку как святого: верующие рассказывали, что видели, как во время молитвы он «весь светился». А одна из монахинь однажды удостоилась увидеть, как владыка Нектарий преобразился во время молитвы. Она рассказывала, что когда он молился с воздетыми руками, то был «на две пяди поднятым над землей, при этом лицо его совершенно преобразилось – это был лик святого».
Из воспоминаний монахини Евангелины, записанных в 1972 году Манолисом Мелиносом: «Он был как бесплотный… Имел какую-то особую привлекательность. Весь светился… У него было спокойное лицо. А какую чистоту источал его взгляд! Эти голубые глаза… Казалось, что они говорили с тобой и призывали тебя к Господу… Он был полон любви ко всем, был смиренный, милостивый. Он был человек любящий молчание». Однажды в монастырь приехали паломники из Канады, они попросили, чтобы старец Нектарий помолился об исцелении парализованного родственника. Владыка пообещал помолиться. Спустя некоторое время в одно из воскресений владыку увидели в том самом канадском храме, куда привезли больного. Очевидцы рассказывали, что владыка Нектарий, выйдя из Царских врат, произнес слова: «Со страхом Божиим и верою приступите!» и позвал больного к Причастию. К всеобщему удивлению, больной тут же встал и подошел к владыке. После Литургии старец исчез. Канадец, получивший таким чудесным образом исцеление, сразу же отправился на остров Эгина благодарить владыку Нектария. Увидев в монастыре старца, он в слезах бросился к его ногам.
Старца Нектария отличала не только нескончаемая доброта и любовь к людям и всему живому вокруг него, но и необычайная простота. В монастыре он служил как простой иерей, а архиерейское облачение всегда висело около иконы Божией Матери. Старец питался очень скромно, основной едой были бобы.
Одним из свидетельств духовной высоты свт. Нектария и его любви к Матери Божией является замечательный гимн «Агни Парфене» («Марие, Дево Чистая» с припевом в каждому стиху «Радуйся, Невесто Неневестная»), который написал сам владыка.
В сентябре 1920 года семидесятилетнего старца отвезли в больницу в Афины. Владыку определили в палату для бедных, неизлечимо больных людей. Два месяца врачи пытались облегчить страдания тяжелобольного старца (у него было обнаружено острое воспаление предстательной железы). Владыка мужественно переносил боль. Сохранились свидетельства медицинских работников о том, что бинты, которыми перевязывали старца, источали необычайный аромат.