1858 — первым из отечественных художников удостоен ордена Почётного легиона за серию пейзажей «Богатства России». Избран почётным членом МХО. Под влиянием И. К. Айвазовского и по приглашению российского правительства в Феодосию вернулся Габриэл Айвазовский (Гайвазовский). Начало совместной деятельности братьев по основанию армянского Халибовского училища, его открытие в съёмных помещениях. На выставке в Московском училище живописи и ваяния экспонировалась картина «Буря» (1857, ГТГ), которая была передана художником в дар МУЖВ. Турецким султаном награждён орденом «Меджидие» 4-й степени. Написаны картины «Вид на Везувий в лунную ночь», «Сражение у Бомарзунда», «Парусник у берегов Крыма в лунную ночь», «Море в лунную ночь», «Вид в Ореанде», «У берегов Ялты», «Портрет бабушки Ашхен»; графические композиции «Старый Крым. Фонтан», «Вид Георгиевского монастыря», «Лунная ночь. Всадник».
1859 — награждён греческим орденом Спасителя 3-й степени. Написаны картины «Лунная ночь в Крыму», «Башни на скале у Босфора», «Осада Севастополя», «Парусник».
1860 — смерть матери Рипсиме Айвазян (Гайвазовской), происходившей из армянской семьи (1784—1860). Разрыв с супругой Ю. Я. Гревс, уехавшей жить в Петербург и не желавшей вернуться в Феодосию.
1861 — аудиенция у императора Александра И; персональная выставка в Санкт-Петербурге и Феодосии. На выставке в Императорской академии художеств Санкт-Петербурга представил картину «Буря под Евпаторией 2 ноября 1854 года», основанную на реальных событиях; восторженный отзыв о ней Ф. М. Достоевского. Написаны картины «Буря под Евпаторией 2 ноября 1854 года», «Берег моря», «Море ночью», «Вид из Ливадии».
1862 — завершено строительство каменного двухэтажного здания Халибовского училища, в котором по решению братьев Айвазовских были также размещены аптека и больница. При Училище учредили и типографию, первую в истории армян Крыма. Написаны картины «Дарьяльское ущелье», «Лунная ночь в Константинополе», «Обоз чумаков», «Ветряные мельницы в украинской степи при закате солнца».
1863 — написаны картины «Лунная ночь. Окрестности Ялты», «Спокойное море».
1864 — императором Александром II художнику пожаловано потомственное дворянство. Написаны картины «Буря на Ледовитом океане», «Кораблекрушение», «Море», «У берегов Ялты», «Туманное утро в Италии», «Сотворение мира», «Всемирный потоп».
1864—1865 — персональная выставка в Санкт-Петербурге.
1865 — в Феодосии при мастерской художника и под его руководством открылась организованная им художественная школа «Общая мастерская». Удостоен права штатного профессора ИАХ, возведён в чин статского советника, награждён орденом Святого Владимира. Из типографии феодосийского Халибовского училища, которую курировали братья Айвазовские, вышла монография «История Крыма», написанная Ованесом Тер-Абрамианом — личным секретарём архиепископа Габриэла Айвазовского. Написаны картины «Кораблекрушение», «Буря на Северном море», «Вид Амальфи», «Вид Одессы с моря».
1866 — созданы полотна «Вид из Ливадийского парка на Ялту», «Заход солнца на море», «Окрестности Ялты ночью», «Морской пейзаж в Крыму», «Ялта», «Закат».
1867 — персональная выставка в Одессе. К пятидесятилетию художника составлен его биографический очерк. Написаны картины «На острове Крит», «Морской вид», «Штиль на море», «Взрыв Аркадионского монастыря на Крите в 1866 году».
1868 — персональная выставка в Москве. Написаны картины «Морской берег. Прощание», «Вид Тифлисаот Сейд-Абада», «Дарьяльское ущелье в лунную ночь», «Бурное море», «Дорога от Млета до Гудаура».
1868—1869 — предпринял длительную поездку по Кавказу и Закавказью, посетил Осетию, Дагестан, Грузию, Армению, создал цикл из двенадцати живописных произведений. Поездка в Армению по договорённости с католикосом всех армян. Написаны картины «На Военно-Грузинской дороге», «Буря у Алушты», «Дарьяльское ущелье», «Бурное море», «Стычка ширванцев с мюридами на Гунибе», «Вид Кавказа с Казбека на расстоянии».
1869, ноябрь — поездка в Египет на открытие Суэцкого канала. Написаны картины «Великая пирамида в Гизе», «Прощание», «Украинский пейзаж с чумаками при луне», «Цепи Кавказских гор. Вид с Каранайских гор на Темир-хан-Шуру, на Каспийском море», «Вид Тифлиса».
1860-е — написаны картины «По дороге в Ялту», «Тихое море. Скалистый берег».
1869 — 1870— персональная выставка в Тифлисе, Санкт-Петербурге.
1870 — избран членом ОВПХ. Написаны картины «Река Риони. Грузия», «Ледяные горы в Антарктиде», «Вечер в Каире».
1871 — персональная выставка в Москве. Написаны картины «Феодосия в 1771 году», «Корабль в бурном море. Восход солнца», «Ночь на Украине».
1872 — персональные выставки в Ницце и Флоренции. Поездки во Францию и в Италию. Написаны картины «Парусники у Крымских гор», «Шторм на пляже», «Корабль на мели», «Бушующее море», «Золотой Рог», «Спасающиеся от бури», «Буря».
