1844 — окончание европейского путешествия, по итогам которого художник удостоен золотых медалей от папы римского Григория XVI и от Парижской академии художеств. Осенью вернулся в Россию, тем самым опровергнув данные о своей гибели при кораблекрушении и некрологи парижских и петербургских газет. Получил звание академика, указом Николая I причислен к Главному морскому штабу как художник с правом ношения мундира Морского министерства, в его обязанность вменено написание видов портов России и ее приморских городов. Написаны картины: «Порт ла Валетта на острове Мальта», «Венецианская лагуна. Вид на остров Сан-Джорджо», «Венеция», «Свеаборг», «Кронштадт. Форт „Император Александр I“», «Спасающиеся от кораблекрушения».
1845 — избран почетным членом Амстердамской, Римской и Парижской академий художеств. По поручению Русского географического общества участвовал в экспедиции под началом адмирала Ф. П. Литке — в плавании к берегам Малой Азии, Турции, островам Греческого архипелага, сопровождая семнадцатилетнего Великого князя Константина Николаевича — шефа российского флота. Впервые побывал в Константинополе.
Лето — поселился в Феодосии, приступил к строительству собственного дома на городской набережной. Написаны картины «Неаполитанский залив», «Часовня на берегу моря», «Морской вид с часовней на берегу», «Генуэзская башня», «Галатская башня в лунную ночь», «Море», «Бухта „Золотой Рог“. Турция»; исполнены графические произведения «Представление русской экспедиции во главе с великим князем Константином Николаевичем и адмиралом Ф. П. Литке турецкому султану», «Вид на скалистый берег со стороны моря», «Севастополь. Вид города с северной стороны», «Феодосия. Генуэзская башня», «Остров Родос», «Набросок пейзажа».
1846 — написаны картины «Вид Константинополя при лунном освещении», «Вид Одессы в лунную ночь», «Морское сражение при Наварине 2 октября 1827 года», «Русская эскадра на севастопольском рейде», «Георгиевский монастырь. Мыс Фиолент», «Морское сражение при Выборге 29 июня 1790 года», «Морское сражение при Ревеле 2 мая 1790 года», «Петр I при Красной горке».
18 мая — открытие первой феодосийской выставки. Чествование художника флотом России — эскадрой военных кораблей во главе с флагманом «Двенадцать апостолов» под командованием будущего адмирала В. А. Корнилова (1806–1854).
1847 — получил звание «профессора живописи морских видов» Санкт-Петербургской Императорской академии художеств. Персональная выставка в Санкт-Петербурге, Одессе, Феодосии. Написаны картины «Петербургская биржа», «Часовня на берегу моря», «Лунная ночь у взморья», «Портрет А. И. Казначеева»; графическая композиция «Корабли Черноморского флота в кильватерной колонне».
1848 — персональная выставка в Московском училище живописи и ваяния. Женился на гувернантке Юлии Гревс. Написаны картины «Чесменский бой 25–26 июля 1770 года», «Бриг „Меркурий“ после победы над двумя турецкими судами встречается с русской эскадрой», «Наваринский бой», «Бой в Хиосском проливе 24 июня 1770 года», «Вид Леандровой башни в Константинополе», «Южная ночь. Крым», «Закат на море», «Вечер в Крыму. Ялта», «Портрет сенатора А. И. Казначеева (1788–1880), предводителя дворянства Таврической губернии».
1849 — написаны картины «Буря на море ночью», «Лунная ночь», «Гурзуф ночью», «Вид на Москву с Воробьевых гор».
1850 — выставка в Одессе, персоналии — Айвазовский и Иордан. Написаны картины «Девятый вал», «Неаполитанский залив в лунную ночь», «Гавань» («В гавани»), «Ураган на море», «Овцы на пастбище».
1851 — в Московском училище живописи и ваяния открылась персональная выставка художника, состоялось его знакомство с А. К. Саврасовым. Персональная выставка в Одессе. Написаны картины «Приезд Петра I на Неву», «Утро», «Сигнал бури», «Закат на море», «Морской берег», «Суда на рейде»; создано графическое произведение «Море у скалистого берега».
1852 — написаны картины «Феодосия. Восход солнца», «Феодосия. Лунная ночь», «Набережная восточного города», «Крым».
1853 — принят в действительные члены Русского географического общества. «Портрет И. К. Айвазовского» исполнен В. А. Тропининым. Написаны картины «Синопский бой 18 ноября 1853 года. (Дневной вариант)», «Синопский бой 18 ноября 1853 года. (Ночь после боя)», «Аю-Даг. Гурзуф», «Море. Коктебель», «Бурное море ночью», «Лунная ночь. Купальня в Феодосии».
1854 — персональная выставка в Симферополе, Севастополе, Петергофе, Санкт-Петербурге. Написаны картины «Тонущий корабль», «После бури», «Малага. Морской пейзаж».
1855 — написаны картины «Морской бой», «Морской вид», «Вид Венеции со стороны Лидо», «Вид Амальфи близ Неаполя», «Восход солнца в Феодосии», «Вид Одессы в лунную ночь», «Овцы, загоняемые бурею в море» (датировка предположительная).
1856 — поездка во Францию. Написаны картины «Трапезунд с моря», «Вид на Константинополь и бухту Золотой Рог», «Сильный ветер», «Закат на море».