№ 316 (Ин. 2133). Physicorum octo libri, seu de naturali auscultatione и In tres libros de anima iuxta Principis Peripateticorum Doctoris Angelici doctrinam expositio («8 книг по физике, или О послушании природы» [Иоанникия Лихуда]) и «Презентация в трех книгах о душе Аристотеля согласно учению Фомы Аквинского» [Иоанникия Лихуда]). Последняя четверть XVII века. (После 1689 года. Комментарии Иоанникия Лихуда к аристотелевской физике и психологии.)
№ 319 (Ин. 3144). [Сборник.] Opinio et argumenta de animae rationalis immortalitate Joannis Lichudis («Рассуждения и доводы Иоанникия Лихуда о бессмертии разумной души»). 1690. (В сборник включен «Tractatus in Libros Aristotelis Stagiritae de Mundo et Caelo».)
№ 324 (Ин. 3149). Liber varii argumenti et de varijs materiis Rhetorices tractat ubique latine et graece («Книга о разных вещах, относящихся к риторике, везде по-латыне и по-гречески»). Начало XVIII века. (Вторая книга риторики Иоанникия Лихуда.)
№ 329 (Греч. 184). To tes vasilikes euglottias palation… («Черты царского красноречия, или Риторические упражнения. Ясное изложение всей риторики, составленное грешным иеромонахом Иоаникием Лихудом»). (Риторика Иоанникия Лихуда.) 1712.
№ 480. «Акос, или Врачевание, противополагаемое ядовитым угрызением змиевым» – сочинение братьев Лихудов, «переведшагося со еллинскаго на славенский диалект Николаем Симеоновым, Алексием Кирилловым и Феодором Поликарповым, учениками вышереченных учителей». Конец XVII века (– начало XVIII века).
Фонд 173. Московская духовная академия. Опись 3. № 3. Риторика братьев Лихудов. Книга 4‐я, до конца. Начало XVIII века. («Риторика» Иоанникия Лихуда на греческом и русском.)
Фонд 250. Розанов Н. П. Папка 1. № 4. [
Фонд 310. Собрание рукописных книг В. М. Ундольского. Опись 2. № 1013. Риторика Софрония Лихуда в переводе иеродиакона Козьмы Святогорца, 1698 года. 4 книги. (Перевод риторики Софрония Лихуда на церковнославянский, выполненный Козьмой Ивиритом, начало XVIII века.)
Фонд 728. Софийское собрание. № 1557. Палата царского благоязычия. (Перевод риторики Иоанникия Лихуда на церковнославянский. После 1712 года.)
Фонд 906. Греческие рукописи. Собрание.
Греч. 152. [Сборник.] Софроний Лихуд. «Логика» и «Физика» 1690 года. Москва. (№ 172). (В том числе фрагменты «Логики» Софрония Лихуда и комментарии Иоанникия Лихуда по общей физике.)
Греч. 506. Софроний и Иоанникий Лихуды. Сборник сочинений. Начало XVIII века. Новгород, школа Лихудов. (№ 507). (В том числе фрагменты «Риторики» Софрония Лихуда.)
Фонд 52. Сношения России с Грецией. Опись 1. 1679. Д. 7. Марта 18. Дело по челобитью Московского патриарха Иоакима о пропуске по прежнему в Москву духовных и светских греков.
Фонд 52. Сношения России с Грецией. Опись 2. Д. 658. Грамота к царю Федору Алексеевичу от Досифея, Иерусалимского патриарха. Май 1682 года.
Фонд 89. Сношения России с Турцией. Опись 1. Кн. 20. Мая 6 1681 года – 9 сентября 1682 года. Отправление в Царьград в послах окольничаго Ильи Чирикова и дьяка Прокофья Возницына для подтверждения с Портою учиненного между Крымским ханом и Россиею в Крыму на 20 лет перемирия.
Фонд 89. Сношения России с Турцией. Опись 1. Кн. 21. Мая 6 1681 года – 30 июня 1682 года. Статейный список бытности в Царьграде послов окольничего Чирикова (на дороге умершаго) и дьяка Возницына.
Фонд 159. Приказные дела новой разборки. Опись 2. Часть 2. Д. 2991. 1685–1699 годы. Дела об иеромонахах братьях Иоанникии и Софронии Лихудах: о происхождении греческого рода Лихудов (Лихудиев) и о службе его представителей при константинопольском и болгарском дворах; и т. д.
№ Кр-388/Б-5636/112. Сборник слов похвальных. Конец XVII века. (В том числе «Слово похвальное на преславное рождество тишайшаго и богом венчаннаго, нашего великаго государя, царя и великаго князя Петра Аликсиевича всея великия и малыя и белыя России и иных многих царств и земель северных восточных и западных самодержца державнейшаго)
№ 5636/422. Софрония Иеромонаха Лихудиева… о силе риторичестей, или О риторице божественней же и человечестей. 1699. (Риторика Софрония Лихуда в переводе Козьмы Ивирита.)
Акты, собранные в библиотеках и архивах Российской империи Археографической экспедицией императорской Академии наук: указатель: В 4 т. СПб., 1836–1838.