23 июля 1935 года последовал новый арест. На этот раз власти обвинили архиепископа Онуфрия в том, что он слишком часто обращался к верующим со словом проповеди, что благословил совершить несколько постригов в монашество, а также в том, что он оказывал материальную помощь нуждающимся и, в частности, освободившимся из заключения священнослужителям. Во время обыска у владыки были изъяты сделанные им выписки из книг святых отцов и духовных писателей, а содержание их было сочтено следователями контрреволюционным. Все выставленные против него лжесвидетельства архиепископ категорически отвергал. Но приговор суда все-таки состоялся. 9 декабря 1935 года архиепископа Онуфрия приговорили к десяти годам заключения в исправительно-трудовой лагерь. Владыка мужественно принял это решение. В марте 1936 года архиепископ Онуфрий был отправлен этапом на Дальний Восток, и вскоре, 1 июня 1938 года, был расстрелян в тюрьме г. Благовещенска. Погребён в безвестной общей могиле. Реабилитирован архиепископ Онуфрий 6 августа 1990 года, а в 2000 году причислен к лику святых новомучеников земли Русской. Память его совершается 1 июня по новому стилю. В этот же день в России празднуют Международный день защиты детей. Интересно, что святой Онуфрий при жизни очень любил детей, черпал в общении с ними утешение и радость посреди своей многострадальной жизни.
В 2013 году исполнилось 75 лет со дня мученической кончины святого.
В силу того, что исповедническое служение святого епископа Онуфрия проходило во многих городах России и нынешней Украины, и служение это оставило неизгладимый след в памяти народа церковного, его почитают во многих епархиях и Русской, и Украинской Православных Церквей. «Своим» святым он по праву считается в Криворожской, Харьковской, Кировоградской, Одесской (Украина), Старооскольской, Белгородской, Курской (Россия) епархиях. Поэтому как святой, мученически пострадавший на Хабаровской земле, архиепископ Онуфрий может законно считаться небесным покровителем и Хабаровского края. Более того, церковные даты памяти святых устанавливаются, как правило, в дни их кончины, а в христианском понимании смерти – в дни их перехода в вечность. Священномученик Онуфрий перешел в вечную жизнь и пострадал мученически в далеком 1938 году именно на Хабаровской земле (в то время Благовещенск был административно отнесен к краю, а не являлся только лишь Амурской областью), что имеет непосредственное отношение к его почитанию на Дальнем Востоке, и, особенно, в Хабаровском крае. Святой Онуфрий писал в одном из своих писем, что святые, по своем отшествии в вечность, являются как бы ангелами-покровителями тех мест, где жили сами, а также и живущих там людей. В Хабаровской земле святой Онуфрий совершил свой высший подвиг – мученически пострадал за Христа. Поэтому несомненно, что его духовное присутствие и покровительство здесь наблюдается особенным образом. Он – один из небесных покровителей Хабаровского края.