На некоторое время он весь ушел в работу. Хотел забыться, рассеять свои грустные мысли. Да, Турция оказалась такой же отсталой и невежественной, как и Иран, а ее улемы (как он мог надеяться на них!) равнодушными к интересам народа, чуждыми всему новому. Они его победили?.. О нет! Не так легко заглушить великие идеи… Ахундов не отказался от мысли провести реформу мусульманского алфавита при своей жизни. В 1870 году он писал редактору иранской газеты "Хакаик": "Не видя исходи, я отчаялся в возможности видеть прогресс всей нации и просвещение всего народа. Теперь я обращаюсь к знати и спрашиваю Вас: неужели знати не нужно просвещение? то есть находите ли Вы необходимым по крайней мере для знати мусульманской нации использование благ европейских наук и техники? Я уверен, что Ваш ответ будет только "да", и ни в коем случае "нет". Но если это так, напрашивается вопрос: почему же Вы предпочитаете, чтобы знать изучала технику и науки европейских народов не на наших языках (арабском, тюркском, фарсидском), а на языках европейских? Если знать мусульманских народов будет изучать европейские науки и технику на европейских языках, то, несомненно, встретятся огромные затруднения, а результаты будут ничтожны. Ибо наша знать не будет иметь возможности объяснить свои цели своим соплеменникам и соотечественникам на европейских языках. Если мусульманские народы пожелают воспользоваться плодами приобретенной знатью науки и техники, они всегда будут зависеть от французов и англичан и будут вынуждены приглашать их к себе на родину, приступать к этому делу только при их содействии. Но это не только неудобно, но и прямой вред, не стоит говорить об этом. Вы журналист, понять это зависит от Вашего воображения и старания. Итак, это мало принесет пользы. Лучше всего, чтобы великие мужи мусульманских народов открыли дарил-элм, или, как говорят европейцы, академию, и приняли бы в его состав в качестве членов, лучших ученых и просвещенных людей. И поручить им, чтобы они постепенно перевели на арабский, тюркский и фарсидский языки науки и искусства европейских народов. А потом знать мусульманских народов будет, учиться у избранных преподавателей всем этим наукам и искусствам". Наука и искусство должны создаваться на родном языке каждого народа. Никакой зависимости от иностранцев нельзя допустить. Только руками национальных ученых, просвещенных людей, всей душой связанных с родным народом, должны создаваться культурные ценности каждой нации. Ахундов делал самые отчаянные попытки найти путь к просвещению народа, но все они встречали в аристократических кругах полное непонимание и равнодушие. Проект алфавита, осуществление которого уже в нашу эпоху явилось, по выражению В. И. Ленина, подлинной революцией на Востоке, был отвергнут. Но великий писатель не пал духом. В глубине души он чувствовал, что дело не только в алфавите. Одной реформой его не искоренить все зло, которое тяготеет над народами мусульманского Востока. Нет! Нет! Надо искать и другие пути. Но как?
Постепенно Ахундов понял, что без сокрушения деспотизма он никогда не добьется своей цели.
В этом убеждало его и нарастание революционного движения в России, крестьянские волнения, охватившие почти всю страну. Примеры Белинского, Герцена, Чернышевского, бесстрашно выступавших против крепостнического гнета, неустанно боровшихся за свободу русского народа, вдохновляли и звали Ахундова на открытую борьбу с феодализмом.
Радищев написал замечательное произведение "Путешествие из Петербурга в Москву". Грибоедов заклеймил мир Фамусовых и молчалиных в "Горе от ума", Герцен громко бил в свой "Колокол", призывая народ бороться против рабства и гнета. Чернышевский во имя свободы отправился на каторгу.
В новом произведении Ахундов решил рассказать о подлинных врагах народного счастья и свободы. В 1864 году он приступает к созданию философско-политического трактата под названием "Письма индийского принца Кемалуддовле к иранскому принцу Джелалуддовле и ответ последнего". В этом трактате в весьма интересной и новой для азербайджанской литературы форме полемических писем дана беспощадная критика деспотического феодального государства, основ религии ислама и вообще религиозного учения.