В соответствие с новой судебной системой в 6 регионах страны действуют (функционируют) апелляционные суды. Апелляционные суды, состоящие из 4 коллегий – гражданской, уголовной, военной и административно-экономической коллегий, действуют (функционируют) по соответствующей территориальной юрисдикции (в основу построения системы судов второй инстанции положен принцип экстерриториальности, при котором границы судебных территорий не совпадают с границами административно-территориальных образований). В организации судов Нахичеванской АР, входящей в судебную систему АР было учтено, что Нахичеванская АР находится вне основной территории страны. Так, ВС Нахичеванской АР в отношении судов Автономной Республики является инстанцией апелляции. Решения ВС Нахичеванской АР в кассационном порядке рассматриваются ВС Азербайджанской Республики.
Впервые институт апелляционного производства был заложен в УПК АР, который вступил в силу с 1 сентября 2000 г… По мнению Ф. Ф. О. Бабаева[31]
, введение апелляционного производства в национальный уголовный процесс связано как с ратификацией государством Конвенции о защите прав человека и основных свобод, содержащей право каждого на апелляцию по уголовным делам, и иных указанных международных правовых актов, провозглашением в Конституции АР права каждого осужденного за преступление и потерпевшего от преступления на пересмотр приговора вышестоящим судом, а также в связи с восприятием идеи современного состязательного уголовного процесса, вводя в него апелляционное производство и более полной реализации права на судебную защиту (предполагает вторичное рассмотрение дел по существу, обеспечивает быстроту и четкость в осуществлении правосудия, формирует единообразную судебную практику, уменьшает вероятность судебных ошибок). Историческое значение для совершенствования судебной деятельности имеет Указ Президента АР от 19 января 2006 г. № 352 «О модернизации судебной системы в АР и применении Закона АР «О внесении изменений и дополнений в некоторые законодательные акты АР».В соответствии с п. 1 ст. 132 Конституции АР, в Республике создан Экономический Суд – вышестоящий судебный орган по рассмотрению экономических споров. В качестве апелляционной инстанции он осуществляет надзор за деятельностью соответствующих специализированных судов, а также рассматривает апелляционные жалобы и апелляционные протесты на решения, вынесенные по рассмотренным делам местных экономических судов и суда по экономическим спорам, возникающим по международным договорам.
Верховный суд Азербайджанской Республики
является высшим судебным органом по гражданским (в том числе экономическим спорам), уголовным, административным и другим делам, отнесенным к производству общих и специализированных судов; он осуществляет правосудие в кассационном порядке, дает разъяснения по вопросам судебной практики. ВС АР состоит из Пленума и кассационной коллегии. ВС АР организует гражданскую коллегию, административно-экономическую коллегию, уголовную коллегию и военную коллегию. В состав ВС АР входят председатель ВС, его заместитель, председатели коллегий и судьи. Количество судей ВС АР определяется в соответствии с п. 32 ст. 109 Конституции АР. Судьи ВС АР назначаются Милли Меджлисом по представлению Президента АР. Решения апелляционных судов рассматриваются ВС АР в кассационном порядке.C целью правильного применения законов, совершенствования законодательства и подготовки научных предложений при ВС АР функционирует Научно-консультативный совет (ст. 78 Закона «О судах и судьях»).