Уже в самой ранней из сохранившихся рукописей А. А. можно обнаружить зарождение его философско- методологических взглядов на науку. Говоря о борьбе витализма и механицизма (по международной терминологии XIX в. — механизма, mechanismus) в биологии, он уже в 1917 г. подчеркивал, что это лишь местный (биологический) этап борьбы, проходящий через все естествознание. Речь идет, по его словам, о борьбе двух методологических установок — одна стремится признать лишь наиболее бедные содержанием и наиболее простые законы, а другая желает охватить все многообразие явлений во всей полноте.
Для самого А. А. стимулом к развитию второй установки были идеи пифагорейско-платоновской школы. Но ведь ценность платоновской философии как стимулятора научно-философской мысли, развивающей широкие абстрактно-логические категории, отнюдь не отрицается марксизмом. С другой стороны, и философия марксизма никогда не соглашалась с упрощенно-механическими представлениями о сущности природы (ср. известные слова В. И. Ленина о неисчерпаемости элементарных частиц), с попытками свести многообразие живого к физико-химическим феноменам, а социальную природу человека к биологической и т. д.
В сфере онтологии идеализм в духе Платона—Пифагора привел Любищева не к сомнению в реальности материи, как это произошло, скажем, с некоторыми представителями махизма, но к представлению о многообразии типов реальности.[8
В советской философской литературе такое представление получило название "полифундаментализм" и успешно развивается.] Конкретным стимулом к этим исследованиям послужила необходимость разобраться в вопросе о реальности таксономических категорий в биологии. Результаты этого многолетнего анализа отражены в работе А. А. [64]. Пафос этой работы заключается в том, что, с точки зрения Любищева, кроме реальности лежачего камня существует многообразие реальностей более сложных уровней, в том числе реальность абстрактных научных категорий, реальность интегральных свойств системы. Признание таких типов реальности позволяет избежать соблазна скатиться к отказу от рассмотрения глубинных законов природы, к воззрениям типа "философии случайностей" С. Лема.С другой стороны, расширение типов реальности отнюдь не приводит А. А. к попыткам ввести в науку сверхъестественное,[9
Письмо А. А. к Ю. А. Шрейдеру от 4.8.68 г.: "Я очень близок к совершенному рационализму, утверждающему, что чистый разум принципиально может построить всю Вселенную со всеми ее натурфилософиями и этическими положениями".] но к исследованию законов целостного. В частности, и витализм был, с его точки зрения,— и это очень принципиально,— отнюдь не признанием непознаваемых особенностей живого, но требованием искать специфические законы целостных организмов, интегральные закономерности живого, не сводимые к свойствам составляющих их "кирпичиков". В этом смысле витализмом являются и общекибернетический подход с его поисками общих законов регуляции, не сводящихся к механическому взаимодействию частей, и "ирредукционизм" в общей теории систем, и многое другое, вполне естественно воспринимаемое нами сегодня. Заслуга Любищева в том, что он показал, как в истории биологии витализм часто проявлялся именно в попытках сформулировать общебиологические законы, а не в отрицании познаваемости живого. Наоборот, механизм в биологии, как правило, "обожествлял" слепой случай и ограничивал сферу научного исследования и возможности познания глубинных закономерностей.Вместе с тем он не закрывал глаза на безыдейность многих виталистов, охотно принимавших за объяснение лишь подобие такового. Он считал, что это — дурная традиция аристотелевского направления в науке Средневековья. Настоящая наука начинается там, где в основе знания лежит точно формулируемая теория с указанием сферы ее применимости. Примером такой теории он считал теорию наследственности Менделя. Наоборот, общие рассуждения о роли естественного отбора Любищев считал имеющими право на существование лишь до выяснения точного механизма эволюции.
А. А. Любищев был убежденным рационалистом, сторонником применения дискурсивного анализа к любым явлениям. Не отрицая роли интуиции, "предзнания" при постановке научного исследования, он был убежден, что научная истина может быть доказана только в результате строгого логического анализа всех предпосылок и выводов.
Собственно, платонизм в гносеологических воззрениях Любищева проявляется в подчеркивании необходимости осмысления фактов, освещения их по возможности точной теорией, а не расплывчатыми соображениями о влияющих факторах. Платонизм выступает здесь как стимулирующий фактор, а не как доктрина, требующая принесения почтительных жертв. Платонизм в данном случае приводит к тем же результатам, к которым привело бы и последовательное аристотелианство, — к обязательности поиска универсалий, без которых вещи мертвы.